崇祯道，恩，爱卿所言甚合朕心，只是此两处如何没有安排？说完指了指台湾和琼州（海南），杨嗣昌忙道，这琼州地理偏远、交通不便，过去多为流放犯人之地，且当地蛮夷众多，不服教化，只归并两广署理，至于台湾，之前北部被西班牙人占据，前些年被荷兰人赶跑，现在荷兰人盘踞在此，南部则由郑芝龙、李旦和颜思齐占据，此人虽为我汉族，但是以海盗为营生，目前东南海上贸易几乎为之垄断，故台湾一直只以澎湖市署理，其实不过挂名而已，内阁诸公以为陛下登基以来，不尚虚名，故革除之，暂未列其中。
崇祯点点头说，恩，这郑芝龙能否被招降？杨嗣昌面有难色，崇祯知道现在人太多，杨嗣昌必定是有不可言说的话，便转移话题道，琼州目前虽为蛮夷之地，但是既然已经开海，往南洋之地贸易，若从琼州出发可节省不少力气，又可以此作为中站之地，可与此地设琼州督抚各衙门。
朱舜水连连称是，崇祯又说，给事中既为掌侍从、谏诤、补阙、拾遗、审核、封驳诏旨，驳正百司所上奏章，监察六部诸司，弹劾百官，记录编纂诏旨题奏，监督诸司执行情况之所，不便同在六部，可与军机处加设正七品行走，以各科给事中兼任，方可不入窠臼。
崇祯似乎又想到了什么说，东蒙和察哈尔暂不设行省，仍为招抚使司，令孙承宗为察哈尔招抚使司提督、察哈尔招抚使司戍卫军总兵；吴三桂为东蒙招抚使司提督、东蒙招抚使司戍卫军总兵；祖大寿为察哈尔招抚使；袁崇焕为辽东总督、辽东戍卫军总兵、辽东巡抚、东蒙招抚使。
朱舜水便道，陛下圣明。崇祯又说，可按朕补充的，交刑名司刊布政令，发布天下，待京察之时，将各级官吏一一补充，令都察院把眼睛都睁大了，京察务必从严考核，能者上劣者下。
一一筹谋完毕，已经到了中午了，崇祯便留诸位一起在偏殿用午膳，用完后，众卿都告退了，唯独留下杨嗣昌，崇祯问，刚才说道郑芝龙，卿似乎有难言之隐，不妨道来。
杨嗣昌道，陛下圣明，这郑芝龙乃是福建泉州人，自小家境贫寒，所以不满十七便偕其弟芝虎、芝豹依附其舅黄程，在澳门从事海外贸易。天启三年，黄程派郑芝龙跟随日本平户华侨李旦之舶，押送货物远赴日本，从此便侨居长崎，寄身李旦门下，以父事之。李旦资本雄厚，专门从事海外贸易，是当地华侨的首领。后来李旦便交给郑芝龙一部分资产和船只让他到南洋做生意。不数年，郑芝龙便成为巨贾，往来中国、日本间，俨然成为华侨领袖。
杨嗣昌看看崇祯，见他认真的听着，便继续道，郑芝龙以领袖华侨之资格，晋谒已退隐的前幕府将军德川秀忠，秀忠亲问以中国事，大喜，赐赉优渥。又由于郑芝龙熟悉海外事情，又善外交，为受到日本肥前国诸侯松浦氏优遇，并介绍平户藩之家臣田川昱皇之女田川松缔婚。
杨嗣昌继续道，到了天启四年(1624年)，郑芝龙被李旦派到澎湖，担任荷兰人的通事。不过，荷兰人为了垄断对日贸易，指使一些中国船只在中国沿海掠夺，这郑芝龙也是和荷兰人合作的海贼之一，为荷兰人执行在台湾海峡上截击前去马尼拉的中国帆船的海盗任务。后来郑芝龙也不单拦截中国商船，葡萄牙、西班牙等商船亦在其掠夺之列。
天启五年(1625年)，郑芝龙离开荷兰人，正式开始了亦商亦盗的海上生涯。李旦死后，他在台湾的产业和事业便都归了郑芝龙。后来郑芝龙又收服了自日本而来的颜思齐等人，势力大增，又从福建招徕了郑兴、郑明、杨耿、陈晖、郑彩等部将。
前年，闽南发生旱灾，郑芝龙率船队袭击福建漳浦，劫掠金门、中左所(今厦门)和广东靖海、甲子等地，后来因为与荷兰人的矛盾增大，又加上我水师的不断围剿，郑芝龙多次请求招安，又拒绝招安，如此反复多次了。
又自陛下开海以来，各商队都各自雇佣武装护卫商船，郑芝龙处境更加不利，又派人前来请求招安，此事还处在秘密接洽阶段，且此人性情反复无常，故而尚未禀告陛下。
崇祯沉默良久问，依卿观察，此次招安是否真心？杨嗣昌说，前些年李旦的另一个代理人许心素已经归顺朝廷，还劝降了几个比较大的海盗集团，这许心素向来不服郑芝龙，是死对头，这次挑动荷兰人攻击郑芝龙就是此人所为，想来郑芝龙日子不甚好过。
崇祯问，现在具体负责招安的是何人？杨嗣昌道，目前右佥都御史熊文灿负责此事。崇祯道，那便升熊文灿为福建总督、福建戍卫军总兵，督办此事。
杨嗣昌又问，听朱阁老的折子，似乎南京留守各部亦在裁撤之列？崇祯道，那是自然，那些人要么就是死脑筋不会变通，又整天做道德文章，批天斗地，但是又在士子中人望颇高，先帝不厌其烦，才打发他们过去，此一时彼一时了，朕既然要效法太祖皇帝，便容不得这些空谈之人，给他们换换地方，历练一番，见见民间疾苦，能适应的就继续干，不适应的就发回原籍即可。
崇祯又接着说，至于京营，朕亦有考虑，虽以军制，但只设三师的编制即可，可以优先将各种先进火器和其他装备入列，就算是做新武器的实验吧，又可护卫京畿，还可替代锦衣卫，以为炫耀武力之用，一举三得，此事卿还需亲自办理。
杨嗣昌道，臣观戚昌国素通军事，且又名门之后，一体忠君，可为京营总兵。崇祯道，既然爱卿提拔，那便依爱卿吧。
两人正说这，内侍来报道，陛下，吴有性院士已在门外恭候。崇祯道，外边天寒地冻的，赶快宣进来。杨嗣昌正待告退，崇祯笑着说，爱卿不如留下，一会儿朕还有事。
附：崇祯二年（1628年）改革“崇祯变法”格物处臣工名册
格物处：大臣一（正一品）；侍郎四（从一品）；都司佥事/祭酒（正二品）；院士（从一品，有品无职）；侍者（正四品，有品无职）
徐光启：阁臣、格物处大臣、工部尚书、中极殿大学士
宋应星：格物处侍郎领农司事、农业局总办
方以智：工部侍郎、格物处侍郎领笔录司事
孙元化：格物处侍郎领兵司事、兵事局总办
张景岳：格物处侍郎领医司事
茅元仪：京师大学堂祭酒
徐亮采：工部侍郎、格物处工司都司佥事、路桥缮营局总办、城乡缮营局总办
院士：毕懋康、吴有性、宋应星、李之藻、徐霞客、张景岳、茅元仪、方以智、龙华民、汤若望、孙元化、程国祥等159人
