一六三零年的大朝会崇祯格外高兴一些，不但一举解决了台湾问题、接连挫败了毛文龙和袁崇焕两大军事阴谋集团的阴谋诡计，更是平息了陕北高迎祥起义和三镇起义，一时之间，不由得得意忘形。
崇祯看着满朝文武，面有喜色道：诸位爱卿，如今四海升平，百姓安居乐业，朕可否与太祖皇帝相比否？周延儒出列道：陛下圣明威震四海，不但可比太祖皇帝，即便汉武大帝、唐宗宋祖亦不在话下。其他大臣也都纷纷附和。
史可法站出来正色道：如今外有辽东尚未收复，鞑子蠢蠢欲动；西北尚有吐鲁番部、叶尔羌汗国不在化内；西南则乌思藏、朵甘、安南三处，虽名义上归附朝廷，实则是独立王国，何谓四海升平也？内有白莲教余孽神出鬼没，陕北灾情愈演愈烈，前日成都又兼地震，死伤无数，何谓安居乐业？
崇祯听后忙端正了坐姿，收起喜色道：先生所言甚是，是朕得意忘形了，爱卿可谓朕之魏征也，当时时进谏，刺朕得失，诸位爱卿当勠力同心，方开万世太平也！
史可法才道：陛下圣明！周延儒等人也纷纷道了圣明。崇祯这才说：开始吧。
周延儒才又出列道：陛下，去岁都察院、大理寺、刑部抄没犯官家资，上缴户部共计1345.96万两、单单抄没毛文龙及其同党、袁崇焕及其同党共合计6230.11万两，抄没山西范家计1032.61万两，已经尽数上缴户部、郑芝龙按规定上缴一千万两，也已经递解户部，共计8576.07万两；各地戍卫军、野战军军饷支出2998万两、辽东军饷支出221万两、官员俸禄支出2133.36万两、各地赈灾支出892万两、农田水利建设支出369.11万两，合计支出6613.47万两，归属于户部的结余为1962.6万两。
崇祯笑着对罗喻义说：罗尚书这下可不必为了钱发愁了，也不要总是盯着朕的府库司了吧。罗喻义忙笑着说：这都是陛下筹谋得当，本来这些贪官所得都是民脂民膏，陛下不过令其物归原主而已。崇祯道：既然爱卿知道本是民脂民膏，那各处赈灾万万不可迁延懈怠，务必尽最大努力，不可使一人因灾而死，因灾而贫。罗喻义忙道：臣遵旨。
程国祥又接过话来道：陛下，皇家钱庄收入3525.98万两、路桥缮营局收入1023.2万两、农业局收入359万两、实业局（瓷器局、天津造船厂、江南造船厂、马尾造船厂、织造局等）收入19982.65万两、兵事局收入2645万两、市舶司收入6973.65万两、城乡缮营局收入2931万两、税司收入8793.1万两、贸易局收入6879.32万两、医馆局收入582万两、笔录司收入812万两、土地局收入1654.3，合计收入56161.2万两；格物处研究支出3395.6万两、农业局支出169万两、实业局支出6921万两、城乡缮营局支出1076万两、兵事局支出1254.6万两、路桥缮营局支出568万两、贸易局铁轨马车支出267.9万两、朝廷赎买粮食支出756万两、内务处支出213万两、医馆局支出216万两、其他杂项支出2136万两（包括平息叛乱、鞑子两次入关的经济损失），合计支出19303.7万两，府库司合计结余36857.5万两。
崇祯高兴的说：好啊，好啊，如今驰道的建设业已放开，即方便了各地商贸流通，朝廷又不必投入过多财力，只是铁轨马车关系重大，且获利颇丰，目前一时还不可放开，如今这么多钱老是结余出来，放在皇家钱庄里也不是办法，诸位爱卿看看可还有什么大的项目要实施的？
徐光启出列道：陛下，如今格物处诸司还在原三大营营处格物研究，诸司目前不但人手很多，而且各项研究亦多，地方显得狭小不少，臣请依各司分别新建办公及研究场所，还望陛下恩准。
崇祯点点头道：恩，准了，尤其是兵司，可将研发之处迁至隐秘安全之地，既要预防外贼，又要预防内贼，此事交徐爱卿办理即可。
徐屺也出列道：陛下，如今铁轨马车京师至应天府已经全线贯通，臣以为目前财力完全可以支撑同时兴建多条铁轨马车。崇祯便问：爱卿以为当修哪几条？徐屺道：目前西北多事，可以修建贯通京师——太原——西安的铁轨马车，既可以配合土地局的政策实施，又可以吸收多余的流民，以工代赈，可谓一举两得；此外，松江乃商贸重地，泉州、福州也是如此，可自应天——松江——泉州——福州修筑一条沿海的铁轨马车，必定可以大大获利，在配合开海贸易，势必事半功倍。
崇祯道：可以，而且既然要修，就索性沿着海岸一直修过去，直接连同澳门、广州等处，岂不更妙。徐屺道：陛下雄心伟略，臣不及也。
众人又一一商议了一番，众人这才退下，仍只是留下了内阁及军机处大臣几人进入东暖阁。周延儒首先说：陛下，如今洪总督、朱巡抚已经在辽东实施军改，不过洪总督仍兼兵部侍郎、军机处侍郎，恐不得分心。
崇祯道：可拟出人选来了？张采出列道：陛下，内阁推南居益接任，军机处推张凤翔接任，还请陛下独裁。崇祯想了想问：这南居益可是叔后公后人？张采道：正是，南叔后之孙也。崇祯道：叔后公才华横溢，著作等身，且南家世代书香门第，后人必不会错，定南居益吧，至于张凤翔...
张采接过话来道：张凤翔现为四川都指挥使，可令其留任现职即可。崇祯点点头说：便依爱卿所奏。文震孟又出列道：陛下，经过多日审问，袁崇焕已经供出同谋多人，现将名册呈递陛下。
崇祯接过王承恩递过来的名册，看后面色不由得凝重许多，其他大臣心里也“咯噔”一下，不知道上边都写了谁的名字，崇祯用手指点点桌子说：触目惊心啊，没想到对朕，对朝政不满者有这么多，既然这些人一心背弃朕，朕亦无皇恩加诸其上了。
文震孟又道：袁崇焕还招供之前宁锦大捷其实只斩鞑子不足百人，且失了大小凌河，但是却欺君上奏称大捷，且两次广宁失守皆是其内应里应外合所为，其勾连鞑子，以山西范家为纽带，私自贩卖火器给鞑子也是事实。
崇祯道：好一个辽东总督袁崇焕！背弃祖宗、背弃朝廷，其中任何一条都是赦无可赦的死罪！文爱卿不必操心此事了，朕自会让锦衣卫上门，请这些人去诏狱见面的，只是袁崇焕此贼，没有说其他的吧？文震孟道：只是，只是...
崇祯道：只是什么？文震孟道：只是袁崇焕想要在拜见陛下一次。史可法道：这如何使得？崇祯摆摆手道：总是君臣一场，那朕就在武英殿见他一次吧。
众人这才退下，朱由检对陆遥说：先生对这名单有何看法？陆遥道：其他都还好办，只是这里边还有钱谦益，钱谦益可是东林魁首，一旦治罪，只怕天下士子寒心。朱由检道：难道东林党就可以逍遥法外？陆遥道：自然不是，我的意思是对钱谦益应该想个其他法子，如果能有更自然的办法更好了，不必打打杀杀。朱由检笑着说：先生说的我明白了。陆遥又问：那对其他人该如何？朱由检道：全部杀了，三族内男子皆斩首，女子皆流放。陆遥有些不忍心道：一人犯错，怎么可以牵连家人？朱由检道：先生不能有妇人之仁啊，或许到了先生的那个时代不是这样了，但是现在还不行，难道要留着男丁为其父祖报仇吗？陆遥叹了口气说：好吧。
崇祯便宣来骆养性，将名单交给他说：按此名单上抓捕这些人，下诏狱严审，看看还有没有同党！参与袁崇焕谋逆之事者皆抄家、斩首，三族内男子皆斩首，女子皆流放。
骆养性领旨去了，一连几天，兵部侍郎、军机处粮饷司都司佥事薛文周，詹事府少詹事宋师襄，都察院左佥都御史宋祯汉、庞尚廉，锦衣卫辽东千户所千户孙钤，百户胡一魁，福建都指挥使、台湾巡检司都指挥使祖大弼，察哈尔招抚使祖大寿等接连被抓，赵率教虽然已经死了，但是仍开棺戮尸，夷灭三族，一时之间，诏狱里人满为患，鬼哭狼嚎，京城内外大小官员人心惶惶。
一六三零年正月二十日，袁崇焕在武英殿拜见崇祯，崇祯道：你可知罪！袁崇焕道：臣有罪，臣知罪，不过臣有罪于社稷，却无罪于陛下。崇祯知道他说的是让他杀毛文龙，让他背黑锅的事，便道：尔之功过，朕自有分寸，朕知道你仅有一子，令其为国子监荫监，替你袁家保留香火，可算抵了你的功了？
袁崇焕这才哭倒在地说：罪臣有负皇恩，罪臣私心过重，死而无憾！崇祯便道：你可知因为你的私心，导致京师周围多少家庭流离失所？这些百姓都恨不得生吃你肉，生喝你血，朕不得不借你之肉，你之血，以平民愤，你可服？袁崇焕道：罪臣服！服！所谓人之将死其言也善，罪臣只望陛下能发疯图强，振兴我大明也。
崇祯又道：恩，不过你死前，还要为朕办一件事，朕要你将你之忏悔写成文字，朕要将之公布天下，以令天下震悚！
一六三零年二月三日，崇祯帝颁袁崇焕十一条大罪与天下，同时颁袁崇焕亲自写的《忏悔录》：袁崇焕身为辽东总督，付托不效、专恃欺隐、以市米则资盗、以谋款则斩帅、纵敌长驱、顿兵不战、援兵四集、尽行遣散、及兵薄城下、又潜携喇嘛、坚请入城。依律当剐，抄没家产，并夷灭三族，凡三族内男子皆斩首，女眷入教坊司为奴。但念及尚有恩于社稷，准免其子袁兆基一死，赐国子监荫监。
据载，袁崇焕在押往法场的路上时，刽子手便开始一刀刀的割他的肉，路上的百姓纷纷出钱向刽子手出价争买袁崇焕的肉食用，穷人直接从刽子手那里抢他的肉生食，而他的一块肉往往又被撕扯成好几块，场面极度血腥和残忍。到法场时袁崇焕已经断气，骨肉都被抢没了只剩下头颅，崇祯便命人将他的头颅巡视边关，震慑边将。袁崇焕最后一共被剐了3543刀，他的肉被近万人抢食。
此后多日，祖大寿、祖大弼、薛文周等也纷纷被押上刑场。
