虽然朱棣取得了这场战争的胜利，但他依然纠结，他纠结的是如何对建文皇帝定位问题。在明代实录中，建文皇帝被定义为一个昏聩、残害手足、不遵循洪武皇帝遗愿的人，甚至建文皇帝篡夺了本应该属于永乐皇帝的皇位，如此一来，朱棣的靖难之役似乎名正言顺。光有这些还不够，建文时代大多数文献被焚毁，以致于今人研究建文一代的历史是那么艰难，虽然没有过多的史料对建文皇帝进行描述，但我们透过历史的脉络依然可以看到一个温文而又残酷、意志决绝而又步履维颠的皇帝孤然的落寞。
永乐皇帝开始不畏余力的展示他的正统性，他开始重新修建大报恩寺，这确实有欲盖弥彰之嫌，朱棣对此也很清楚，他要的就是堵天下悠悠众口。不光如此，更加残酷的还在后面，让我们还是回到南京城破的最初阶段。
南京城破在文人心目中不亚于一场改朝换代，对于一些人来说，1402年南京城破跟1645年的南京城破没有任何区别。的确如此，在那个年代，为此殉节的大有人在，甚至有跟此事无关的农民置身水中。在他们心目中，那个好皇帝不见了，在文人心中，他们的那个政治梦想破灭了，在南京城熊熊的大火中无情破灭了。
洪武皇帝虽然没有给他的孙子留下一帮武将，但是却留下了一帮铮铮铁骨的文臣，如果你看一下名单，就会发现这是一个多么豪华的阵容。
黄子澄、齐泰、方孝孺、景清、连楹、卓敬、练子宁、铁铉、暴昭、陈性善、王彬、宋忠、崇刚、陈迪、黄魁、颜伯玮、王省、胡闰、高翔、王度、戴德彝、谢升、丁志方、甘霖、董镛、陈继之、韩永、叶福、王艮、高逊志、廖升、魏冕、邹瑾、龚泰、周是修、程本立、黄观、王叔英、林英、黄钺、曾凤韶、王良、陈思贤、龙溪六生、台温二樵、程通、黄希范、 叶惠仲、黄彦清、蔡运、石允常、韩郁、高贤宁、王璡、周缙、牛景先、程济。
这批文臣不仅是明帝国最后的绝唱，更是结束了中国古典意义上的士大夫精神，此后的士大夫们从气质上来说都跟前代不同，这场政治变动在士大夫的眼中丝毫不亚于宋元两朝的灭亡，他们心目中的那个明王朝的确已经灭亡了。
很快，明王朝历史上最震撼的事情发生了，这批儒生要么被处死，要么自杀殉节，朱棣不知道这些大儒是整个民族的灵魂，大儒杀之不祥。在洪武的那个恐怖年代，朱元璋也对这些大儒礼敬有加。虽然悲剧发生了，但这些儒生在国初的舞台上进行了一次最精彩的表演，他们终于有机会来诠释心中的理想与信念。
无论朱棣如何的遮掩、如何的粉饰，他都逃不过一个“篡”字。华夏最核心的思想就是正统，一个庞大而复杂的国度需要的不是英明睿智的领袖，而是能够保持稳定的传承秩序。如今的永乐皇帝却打破了这种秩序，面对儒生的反对，他没有像他的后世子孙万历皇帝那样消极应对，而是以铁血的政策来镇压。
《礼记·檀弓下》有记载：
公仪仲子之丧，檀弓免焉，仲子舍其孙而立其子，檀弓曰：“何居？我未之前闻也。”趋而就子服伯子于门右，曰：“仲子舍其孙而立其子，何也？”
伯子曰：“仲子亦犹行古之道也。昔者文王舍伯邑考而立武王，微子舍其孙腯而立衍也。夫仲子亦犹行古之道也。”
子游问诸孔子，孔子曰：”否，立孙。”
这是《礼记·檀弓下》中的记载，意思是公仪仲子的长子逝世，仲子不立其孙而立其另一个儿子，檀弓就此问伯子，伯子拿文王和微子来举例证明仲子的决策是正确的，但孔子却说出如此截然相反的观点，那就是立孙乃是符合正统的决策。
《礼记》乃儒家十三经之一，从这里可以看出孔子对于在嫡长子不在情况下立嫡孙问题给予了明确答复。
朱棣的行为有违华夏正统，它只能在帝国的运行中偶尔为之，这种行为不可成为国家政治运行的常态，一旦成为常态只会陷入无休止的纷争中。
