翼再次拿出那一小块面包屑，然后发现面包屑上有木炭的痕迹，在场的人中能使面包屑上沾染木炭的只有一个人：旗本一郎。
旗本一郎是美术大学的学生，所以在画画的时候，会用面包屑代替橡皮，因为面包的吸附能力很强，可以把碳粉吸附掉，而橡皮做不到这一点。但是最主要的一点还在于证据和动机。
于是，翼在柯南跟着小兰去安慰夏江的时候并没有跟过去，而是选择了独自行动。翼趁大家不注意进入了一郎的房间，在一郎的画架上发现了一块沾了不少木炭的面包，一支木炭笔，还有一沓夏江的素描画。翼的嘴角不由得扬起，似乎已经明白了呢。然后，翼听到了一声尖叫声，在内心吐槽一下柯南的死神之力后，翼撇了撇嘴，但还是跑向尖叫声传来的地方。
因为距离原因，当翼到达现场的时候，人已经到齐了，包括死了的旗本龙男，因为所有人都怀疑是小武干的，所以翼跟着小五郎和柯南一起跑向关着小武的仓库，打开门之后，却发现，小武已经逃出去了。
所有人都在餐厅，旗本家众人一片混乱，小五郎脑子突然好使了，说：“我们到仓库时，仓库门是开着的，也就是说，有人把小武从仓库中放了出去，而夏江当时和小兰以及柯南在一起，除了她们之外，所有人都有嫌疑。”现场更加混乱，所有人都在互揭老底，一郎却突然说要去厕所。
二十分钟后，一郎仍然没有回到餐厅，在众人焦急等待的时候，突然停电了，小五郎让小兰带着柯南和翼去找一郎，在小兰以及翼和柯南跑去找一郎的时候，几人听到了一声惨叫。小兰焦急的说：“是一郎的声音。”几人不由加快了脚步。由于处于黑暗中，所以柯南悲催的撞到了墙。
当灯再次亮起，翼、小兰还有柯南就看见一郎躺在地板上，大腿中了一刀，凶器是一把菜刀，就在一郎的旁边放着。翼小声说了一句：“自掘坟墓的小把戏。”
虽然翼说得很小声，但站在翼旁边的柯南还是听到了，把翼拉到一旁，问：“你之前突然不见是不是去找线索了？”翼自然不会隐瞒，说：“嗯，还记得我们之前捡到的面包屑吗，那块面包屑上沾着一些木炭，而只有一郎的房间里有木炭笔。”虽然翼并没有说得特别具体，但柯南已经明白了一切。
小五郎把大家带到了配电室，配电室上有一个简单的计时器，根据蜡烛的燃烧程度来看，这个计时器已经放在那儿很长时间了，也就是说所有人都有作案的时间，和之前一样，所有人都被列入了嫌疑人名单。
之后，小五郎决定找到小武，把整艘船翻了个遍也没找到，在柯南提议到房间找找的时候，翼悄悄问铃木管家：“一郎先生是不是曾经想要和夏**姐结婚，但是被豪藏老爷拒绝了啊？”铃木管家很惊讶的说：“你是怎么知道的，这些应该只有我和当事人知道啊。”于是，翼已经确认了杀人动机，然后，翼继续跟着小五郎继续搜查众人的房间。
在祥二的房间中，几人找到了装菜刀的箱子，里面少了两把菜刀，一把已经在一郎受伤的现场找到了，还有一把没有找到，这更坚定了翼的推理，而在秋江的房间中，翼和柯南意外发现了衣柜中躲着的小武。于是，翼和柯南就瞒住了小五郎，准备上麻醉针。
五分钟后，柯南喊住了准备离开的小五郎。小五郎以为柯南有事要说，所以就进了房间，然后就悲催的被麻晕了。
在把小五郎的姿势摆好之后，柯南就又一次跑了出去，对小兰等人说：“小兰姐姐，叔叔他说有重要的事要宣布，请大家在十分钟以后到秋江小姐的房间来。”之后，柯南就又跑回了秋江小姐的房间。
十分钟之后，所有人齐聚在秋江小姐的房间。柯南看着翼，虽然对于翼不想帮忙的行为很不爽，但还是拿着变声器，用小五郎的声音说：“在这艘船上犯下三起凶杀案的人我已经找到了。”
旗本祥二很是着急的说：“到底是谁？请你快点说。”旗本麻里子说：“一定就是小武。”旗本秋江也跟着附和说：“一定就是他。”
柯南倒是不着急，说：“大家先不要急嘛，在我说出凶手的名字之前，请大家先回忆一件事情。”柯南稍微顿了顿，之后才继续说：“首先呢，是从里面反锁的房间，也就是豪藏老爷遇害的房间，在大门的地板上沾满了血迹，因此豪藏老爷是在房间外面被杀，而逃入房内，将门反锁，死在了房间里。而且大家也看到房间外面的花了。”
旗本秋江说：“对啊，说的没错，那朵花是小武的，凶手当然就是他了。”
柯南继续说：“但这就奇怪了，如果豪藏老爷是在外面被杀的话，走廊上却没有发现任何血迹。”旗本祥二说：“那一定是凶手为了拖延尸体被发现的时间，而将地擦干净了。”
柯南并没有因为说话被打断而生气，而是说：“我所谓的奇怪就在这里，凶手会擦血迹却不会把掉落的花捡起来，如果凶手下手后匆忙逃跑，而没看见花掉落，那是可以理解的，但是凶手是把地擦干净之后才走，花不管是在行凶的时候掉落，还是在擦地板时掉落，他都应该会看见。所以我认为犯人是为了嫁祸给小武而故意把花放在地上。”
听完这句话，所有人都一脸震惊，柯南并没有在意他们的表情，而是接着说：“再来呢，就是甲板上杀龙男的事，这件事和栽赃花的事件，以及利用计时器关灯制造伪证这件事是不相关的，如果凶手是同一个人的话，第二件事可以说是突发状况，是凶手原本没有预料到的，但是，龙男为什么会被杀呢？关键就在这个箱子里。”
柯南看了一眼翼，翼立刻明白了柯南的意思，小心的举起了小五郎的手，用小五郎的手把箱子推到桌子上，并将其打开。旗本祥二震惊的说：“这是我的菜刀箱子！”
柯南说：“大家看，箱子里少了两把刀，一把在第三现场找到了，但是还有一支到哪儿去了呢？这就是关键，柯南听到的两个声音，其中笨重的声音是龙男被凶手打的声音，那么之前的水声呢？”
柯南再次顿了一下，然后接着说：“大家想到了什么没有？那水声，正是那支菜刀掉落在水里的声音。凶手丢掉凶器的时候，不巧被龙男看到，于是呢，他只好杀人灭口。”
旗本麻里子提出了疑问：“可是，为什么第二件凶杀案发生的时候，小武从仓库中消失了呢？”旗本秋江继续附和着说：“对，说的没错，所以嫌疑最大的还是小武。”
柯南耐心解释：“大家不要忘了仓库的门是从外面锁上的，从里面根本打不开。”旗本麻里子似乎明白了，问：“那是谁把门打开的？”
柯南说：“是凶手开的。因为杀死龙男是个意外，也就是在小武被关的时候发生的，但是好不容易让小武变成嫌犯，这样就证明了凶手不是小武，所以凶手只好把小武放了，因此凶手就是开门的人。只有这样做，他才能把龙男的事也嫁祸了小武。”
旗本麻里子问：“那为什么小武他要逃跑呢？”之后小武从衣柜里走了出来，柯南也说出了凶手的真正身份——旗本一郎，在柯南推理完之后，旗本一郎无力的跪倒在地。（中间的推理过程写起来真的很累，所以我就直接省略了。）
第二天，船到达了东京，小五郎等人无奈的跟着去警察局做笔录，刚回到家的翼直接躺在了床上，觉得自己似乎忘掉了什么，与此同时，阿笠博士家，阿笠博士看着正在吃猫粮的小森（小森之前引爆摩天楼事件中翼救下的猫，至于名字，我只解释一句，森是森谷帝二的森）
