《港澳居民来往内地通行证》正式启用
1999年1月1日，《港澳同胞回乡证》停止签发。1月15日，《港澳居民来往内地通行证》正式启用。[26]《港澳居民来往内地通行证》俗称回乡证，是定居在香港、澳门的中国公民来往内地使用的通行证件，由中华人民共和国公安部出入境管理局根据《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》[27]签发，并委托香港中国旅行社受理香港居民申领通行证的申请，委托澳门中国旅行社受理澳门居民申领通行证的申请。《港澳居民来往内地通行证》正式启用当天，有关方面对通行证启用所需的人员、设备和场地等都做了充分的准备。通行证的启用使港澳居民来往内地与港澳地区更为方便。[28]
公安部委托香港、澳门中国旅行社于1999年1月1日起受理通行证申请，授权广东省公安厅审批、签发。根据有关法律和法规，具有中国国籍的香港、澳门居民不管是否持有外国护照或旅行证件，只要未向国籍管理机关申报为外国人，均可申请通行证。18岁以下的港澳居民可申领3年期有效证件，18岁以上（含18岁）的港澳居民可申领10年期有效证件。香港居民可亲自到香港中国旅行社证件服务中心办理，申请人需提交申请表，纯白色背景彩色近照及照片数码档案光碟，香港居民身份证正、副本和有效的香港特区护照或其他中国国籍证明文件。[29]
同时，出于对现实情况的考量，依据《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第十五条规定，对被认为有可能进行抢劫、盗窃、贩毒等犯罪活动的，或编造情况、提交假证明的，或是精神病患者，不发给通行证。如果持证人有上述规定情形之一的，证件要予以吊销。依据《中华人民共和国出境入境边防检查条例》第八条规定，国务院公安部门、国家安全部门通知不准出境、入境的中国公民和法律、行政法规规定不准出境、入境的中国公民，边防检查站可以扣留或者收缴其出境、入境证件。依据《中华人民共和国反恐怖主义法》第三十九条规定，入境证件签发机关、出入境边防检查机关对恐怖活动人员和恐怖活动嫌疑人员，有权决定不准其出境、入境，不予签发出境、入境证件或者宣布其出境、入境证件作废。
中华人民共和国成立以后，为了保卫国家安全与维护社会治安，开始封锁边境口岸，并在边境上建立了边防检查站，对粤港澳人员实施出入境管制。[30]1951年1月30日，广东省人民政府颁布了《关于沿海旅客进出入国境的布告》（粤公边字第6号），规定从1951年2月15日起，所有旅客出入境前均须向所在地或目的地的县、市以上人民公安机关申请出境或入境，经核准并取得通行证后，方准出入。其后，通行证的形式几经变化。1951年8月，中华人民共和国公安部制定公布了第一个港澳同胞往来内地管理法规，规定港澳同胞返回内地须于每次入境前向原籍或目的地公安机关申领《中华人民共和国出入境通行证》，一次有效；1956年起，改为凭港澳签发的身份证件在入境时向深圳或拱北口岸的边防检查站申领一次有效的入出境证件《港澳同胞回乡介绍书》，有效期限为3个月。[31]1979年7月10日，广东省公安厅宣布，从1979年8月1日起，把一次有效的《港澳同胞回乡介绍书》改为3年内多次使用有效的《港澳同胞回乡证》，其证件大小与护照相同。1981年12月，《港澳同胞回乡证》由3年多次有效改为10年多次有效，只要在回乡证有效期内，港澳同胞可以持证随时从全国各开放口岸入出境。1988年，广东省公安厅出入境管理处配合公安部对《港澳同胞回乡证》进行改革，实施了港澳儿童申领《港澳同胞回乡证》的办法，并通过电脑验证、在相片页上增加过塑和条纹码等措施，提高了防伪性能，加快了证件的查验速度。由于每本《港澳同胞回乡证》在查验页用完时需更换新证，对于经常需要过境的人，他们的证件每使用数个月便需更换，十分不便，因此1999年1月，公安机关开始签发《港澳居民来往内地通行证》，代替《港澳同胞回乡证》。
《港澳居民来往内地通行证》与《港澳同胞回乡证》相比具有许多优点，其大小与信用卡相同，携带方便；过关手续简便，持证人不必再填出入境登记卡，检察机关不用再在证件上加盖出入境查验章；管理水平提高，通行证设置机读码，出入境边防检查机关用机器查验证件，验证时证件上的有关资料即可输入计算机管理系统，可避免人工输入时可能造成的错误；证件使用率大大提高，成人持用证件有效期为10年，可在有效期内不限次数来往内地和港澳两地。
吴嘉玲案
1999年1月29日，吴嘉玲案作为回归后第一个香港居留权（以下简称居港权）案，香港特区终审法院裁决具有永久身份的香港人在内地出生的子女拥有永久居港权，而非婚生子女同样享有居港权。
这个案件的起因是香港特区入境事务处拘留了一批香港人在内地生育的子女。每一个当事人的父母至少一方是香港永久性居民。拘留是因为入境时他们向入境事务处要求获得根据《基本法》第二十四条第二款规定的居港权。入境事务处处长不认可他们的权利并将其拘留。4个典型的上诉人分别代表了不同的情况。
1997年7月10日，吴嘉玲由父亲代表，向香港特区高等法院指出香港《入境条例》中的有关修订违宪。据誓章称吴嘉玲于1997年7月初来香港，她的来港方式在法律修订前并非偷渡罪行，但在条例修订后，她的行为被追溯为犯罪。这一点是她指称违宪的其中一个理由。之后提出同样司法复核的人士增多。在兴讼与讼两方同意下，香港特区高等法院决定在申诉人中选出代表兴讼人，而其他申诉人依情况被归纳为其中一个或多个代表兴讼人之中。此案的代表为吴嘉玲、吴丹丹（两者都不是由法律援助署协助下兴讼），徐权能（立法前来港代表，成人代表，不能依家庭团聚申请单程证代表），张丽华（非婚生子女代表，立法后来港代表，逾期居留代表）。
同期间，入境事务处企图尽快遣返未申请司法复核的人士。部分被拘留人士亦指入境事务处的拘留为非法，要求申请人身保护令，获得高等法院接纳。入境事务处其后停止同类做法，让被拘留人士知道有法律申诉的机制。另外，因为无证子女的父或母其中一方不是《基本法》指定下的香港永久性居民，为了子女诉讼而逾期居留，入境事务处不时派人搜查居所并拘留他们。在高等法院开审后，不断有无证子女父母向法律援助署查询提出司法程序的法援，法律援助署在得到入境事务处同意暂停拘留法援申请者情况下，向有意申请法援者表示暂时无须提出司法程序或申请法援。也有些无证子女父母担心他们自身会被遣返，或其子女会于司法程序败诉后遣返，所以从未到过司法机关或法律援助署提出任何实质要求，而事实证明他们的司法权利最终受损。
在对吴嘉玲案的判决中，高等法院原讼法庭、上诉法庭和终审法院均认为“所生”不关注出生的合法或非法问题。无论是婚生，还是非婚生，都是父母所生。终审法院还在判决中扼要阐述了目的规则。他们认为，解释《基本法》这样的法律时，法院均会采用考虑立法目的这种取向，此方法已被广泛接纳。法院之所以有必要以这种取向来解释《基本法》，是因为《基本法》只陈述一般原则及表明目的，而不会流于讲究细节和界定词义，故必然有不详尽及含糊不清之处。在解决这些疑难时，法院必须根据《基本法》本身及《基本法》以外的其他有关资料确定《宪法》所宣示的原则及目的，并把这些原则和目的加以贯彻落实。
在上诉期间，因为兴讼代表律师提出，修订条例的追溯力导致一些在立法前来港的无证子女被法律追溯为偷渡罪，违反国际人权法案的刑事不追溯原则。香港特区政府的代表律师向香港高等法院上诉法庭保证，永不追究此批无证子女的偷渡罪行。上诉法庭接纳此保证为合理解释，并在多个事宜维持原判，裁定居留权证明书并无违宪。
因此，终审法院对吴嘉玲案做出判决，令香港永久性居民所生子女都享有居港权，不论婚生或非婚生，不论是否有单程证，亦不论是否出生于内地。其中判决要点包括各申诉人就是香港永久性居民；《基本法》第二十二条的“中国其他地区的人”并不包括香港人所生子女。各申诉人在出生时其父母是否已得到香港永久居民资格，与各申诉人是否已经成年，其是否有永久居民资格无关。居留权证明书规定不违宪，但不得规定需贴在单程证上[32]，在施行时不能无理拖延香港永久性居民行使居留权。此条例的追溯力是违宪的。吴嘉玲在来港时并没有犯偷渡罪，只是被后来的立法推定为犯罪，纵使她得到永不刑事追究的保证，这都造成民事上的不公平，例如她可以被他人说成为偷渡犯，在诽谤法上她的法律追究权利会被贬损。此法例在子女是婚生与否方面的歧视是违宪的。代表张丽华是非婚生子女，其父母为事实婚姻，只是没有注册。张丽华的母亲在她出生后第二日死去，所以无法令张丽华成为婚生子女，此条例根本剥夺了张丽华及其他被代表者的香港永久居民资格。
同日，终审法院判决陈锦雅及其他80人在对入境事务处处长一案中获胜。在陈锦雅一案中，终审法院采用了与吴嘉玲案相同的方法。法庭依照《基本法》字面上的解释并采取宽松的态度来判定上诉人的权利，终审法院对入境事务处处长加入“时间要求”是否合宪做出裁定，裁定无论上诉人的父母在上诉人出生前或后获得永久居民身份，每一位上诉人都可依据《基本法》第二十四条第二款第（三）项成为香港永久性居民；《入境（修订）（第二号）条例》的附加要求与《基本法》第二十四条的规定有抵触，所以是违宪、无效的。
1999年5月18日，香港特区行政长官董建华会同行政会议决定将提请第一次全国人民代表大会常务委员会解释《基本法》。根据《基本法》第一百五十八条，全国人民代表大会常务委员会授权香港特区法院在审理案件时对本法关于香港政区自治范围内的条款自行解释。香港法院在审理案件时需要对《基本法》关于中央政府管理的事务或中央和香港关系的条款进行解释，而该条款的解释又影响案件判决，终审法院应请全国人民代表大会常务委员会进行解释。香港特区政府直接向国务院提交报告，请求全国人民代表大会解释《基本法》。6月，全国人民代表大会常务委员会对《基本法》做出解释，只有香港人在内地所生的婚生子女才享有居港权；全国人民代表大会常务委员会做出的有效和有约束力的解释，香港法院有责任依循；同时确认不论以何种事由要求进入香港特区，均须依照国家有关法律、行政法规的规定，向其所在地区的有关机关申请办理批准手续，并须持有有关机关制发的有效证件方能进入香港特区。7月12日，公安部出入境管理局与香港特区入境事务处就香港永久性居民在内地所生中国籍子女申请赴香港定居受理审批程式问题达成共识。7月16日，香港特区立法会通过香港特区政府提出的《入境条例》附表一的决议案。修订是根据全国人民代表大会常务委员会的解释，确定了拥有居港权人士的资格。
依据1999年1月29日香港特区终审法院做出的该案判决，申请人属于香港《基本法》规定的的香港特区永久性居民而享有居留权。这势必意味着承认香港永久性居民在内地出生的子女来港前先获得有效签证批准不是必须的，也不再要求子女出生时父母的香港永久性居民身份；更可理解为是香港特区终审法院宣告了自己有权宣称全国人民代表大会以及全国人民代表大会常务委员会的行为无效，如此会造成极其严重的后果。首先，香港特区政府做出估计，依此判决内容执行下去，在未来10年内将有100多万人口从中国内地移居香港，这样的人口增长速度将给香港带来巨大的社会负担。[33]其次，内地人口在短期内大量涌入香港特区，在对基本人权保障、居住环境改善和法治安全维护等多个方面都会构成巨大冲击。全国人民代表大会常务委员会于1999年6月26日对《基本法》第二十二条和第二十四条的相关内容做出解释，该解释在重申《基本法》立法原意的同时，也明确尊重了香港特区法院的判决的基本立场，最终化解了香港特区法院判决可能给香港社会发展造成的负面影响。
对吴嘉玲案的判决被中央政府认为是香港特区法院第一次行使《基本法》第一百五十八条[34]规定的解释权，但结果却出乎中央政府意料之外，由此也引发了内地和香港法律界的激烈争论。其实，香港《基本法》第一百五十八条所确立的解释机制是一个充满了法律智慧与政治妥协的制度设计，在《基本法》解释的环节也体现了对于“一国两制”的基本构想的落实。这一条规定全国人民代表大会常务委员会拥有解释《基本法》的权力，而香港特区法院对自治范围的条款进行解释、全国人民代表大会常务委员会对涉及中央政府管理的事务或中央和香港特区关系的条款进行解释的区分则是在《基本法》解释的操作层次上的一种分工。[35]这样的规定既保证了我国《宪法》所确立的全国人民代表大会常务委员会解释《宪法》和法律的基本权力，[36]也尊重了香港普通法实践中由法院行使法律解释权的传统。
香港《基本法》第一百五十八条第一款是根据《宪法》的规定而对《基本法》解释权做出的总括性规定，即“本法的解释权属于全国人民代表大会常务委员会”。这意味着全国人民代表大会常务委员会的解释权是整体的、不可限制的。[37]其中第二款是一个授权条款，即“全国人民代表大会常务委员会授权香港特别行政区法院在审理案件时对本法关于香港特别行政区自治范围内的条款自行解释”。而第三款则是确立了一个“先诉审查机制”，即“香港特别行政区法院在审理案件时对本法的其他条款也可解释。但如香港特别行政区法院在审理案件时需要对本法关于中央人民政府管理的事务或中央和香港特别行政区关系的条款进行解释，而该条款的解释又影响到案件的判决，在对该案件作出不可上诉的终局判决前，应由香港特别行政区终审法院请全国人民代表大会常务委员会对有关条款作出解释。如全国人民代表大会常务委员会作出解释，香港特别行政区法院在引用该条款时，应以全国人民代表大会常务委员会的解释为准。但在此以前作出的判决不受影响”。第四款则规定了一个前置程序，即“全国人民代表大会常务委员会在对本法进行解释前，征询其所属的香港特别行政区基本法委员会的意见”。
对于香港《基本法》制度和实践的理解需要充分理解“一国两制”伟大实践的历史背景和香港特殊的现实条件。与港英政府时期相比，香港特区法院依据《基本法》获得了更多的权力，也被赋予了更为重要的角色。香港回归的历史时刻通过《基本法》将香港原有的法律制度吸纳入中国法治体系，在实现香港原有法律制度和中国法律制度有机结合的同时，也让中国的法律制度更加具有包容性。[38]因此，全面理解香港《基本法》第一百五十八条所规定的《基本法》解释机制也要结合中国现行宪法的制度和实践，对《宪法》在特别行政区效力有正确的认识，在此基础上全面客观地理解全国人民代表大会常务委员会解释《基本法》的权力。香港《基本法》在制度设计上是一个创举，而这种制度设计需要在实践中进行检验，也需要在实践中进行发展，而其成功运作则需要创造性的实践。[39]
香港特区政府驻北京办事处成立
1999年3月4日，香港特区政府驻北京办事处（以下简称香港特区驻京办）成立。中央政府各部门及各省、自治区、直辖市的代表，香港特区全国人大代表、政协委员及港商代表等500多人出席了当天的成立仪式。
国务院副总理钱其琛在成立仪式上代表国务院对香港特区驻京办的成立表示祝贺。钱其琛指出，香港回归祖国后，与内地在政治、经济、文化等各方面的联系日益紧密。香港特区驻京办的成立，将有利于香港特区政府与中央政府各部门及各省、自治区、直辖市人民政府进行工作联系，对于香港与内地在各个领域进行广泛而深入的交往，以及增进两地人民之间相互了解，都将发挥重要的促进作用。
香港特区行政长官董建华在致辞时表示，香港回归祖国，使“一国两制”得以成功实践。在经济方面，香港虽然受到国际金融危机的冲击，但最终渡过难关，除了凭自己的能力，还有一个非常重要的原因，就是有祖国作为后盾，有祖国强有力的支持。中央政府对于所有属于香港的内部事务，完全没有干预。相反，中央政府一再表示，一定会不惜一切代价维持香港的繁荣稳定，这给予香港市民以极大的鼓舞。香港的前途和国家的前途紧密联系在一起。香港特区政府成立香港特区驻京办是与祖国加强沟通联系十分重要的一环。
香港特区驻京办原隶属政制事务局，后于2007年7月1日决策局重组后划入新成立的政制及内地事务局。香港特区驻京办设主任一名，下辖副主任一名及经济事务、贸易及联络组，入境事务组，新闻及行政组3个组别。经济事务、贸易及联络组专门负责内地与香港特区经贸之间的沟通联系事宜，入境事务组主要是处理与香港特区有关的入境事务，新闻及行政组主要负责宣传香港及新闻联络。
香港特区驻京办的主要职责是为香港特区与中央政府及各省、自治区、直辖市建立沟通联系的重要桥梁；是向中央政府等准确提供香港特区的资料，使之更加了解香港的最新发展，特别是落实“一国两制”、“港人治港”、高度自治的情况。同时香港特区驻京办也向香港特区政府各部门汇报内地的最新发展。
香港特区驻京办的成立有利于建立起香港特区政府与中央政府及其他部委的双向沟通渠道，以及加强与各地方政府和非政府机构以及其他驻京办的联系，向它们提供有关香港特区的资料及向香港特区政府汇报内地的最新发展，向内地推广香港；还有利于协助在内地的香港市民与香港特区设于内地的非政府机构处理内地居民来港探访、工作、投资、就读的申请；也更加便于香港特区处理部分香港对外事务。
《关于内地与香港特别行政区法院相互委托
送达民商事司法文书的安排》生效
1999年3月30日，最高人民法院以司法解释的形式公布《关于内地与香港特别行政区法院相互委托送达民商事司法文书的安排》（以下简称《安排》），从即日起生效。根据双方约定，《安排》也于同日通过修改后的香港特区高等法院规则在香港特区实施。《安排》解决了内地与香港特别行政区法院之间如何送达民商事司法文书的问题。这是香港回归后内地与香港特区在司法协助方面签署的第一个具有重要意义的法律文件。[40]
《安排》由最高人民法院审判委员会第1038次会议于1998年12月30日通过。这也是两地审判机关本着积极的、建设性的态度，经过多次协商，对解决两地民商事司法文书送达的具体方案所达成的共识。
香港回归前，内地向香港境内当事人送达民商事司法文书的途径很多，主要通过海牙送达公约、外交途径、“粤港协议”、邮寄、诉讼代理人、公告等方式送达，但送达率和送达效力不甚理想。据统计，截止到1998年7月，内地民商事司法文书通过各种途径送达后，尚有400多件不能或者没有办法送达香港当事人。“送达难”成为内地法院审理涉港案件的主要障碍。[41]
香港回归后，如何在“一国两制”方针下，尽快在内地与香港特区之间建立起高效、便捷的送达机制，及时完成涉港案件的审理，成为内地司法界乃至普通百姓十分关心的问题。香港特区政府也多次表达了解决两地送达问题的迫切愿望。根据《基本法》第九十五条[42]的规定，双方本着积极的、建设性的态度，提出了解决两地民商事司法文书送达的具体方案和建议。经过多次协商、修改，在征求有关方面意见后，起草了《安排》，并在起草的过程中始终注意遵循“一国两制”、“协商、有效”和“五十年不变”的原则。
根据两地法院达成的协议，内地与香港特区法院相互委托送达司法文书须通过各高级人民法院和香港特区高等法院进行，相互送达的文书仅限于民事、商事文书，并以两地互换的司法文书样本为准，送达规定两个月内完成。遇有不予送达的情形，可以个案处理。双方委托送达费用互免。
相互送达的司法文书在内地主要包括起诉状副本、上诉状副本、授权委托书、传票、判决书、调解书、裁定书、决定书、通知书、证明书、送达回证等；在香港特别行政区包括起诉状副本、上诉状副本、传票、状词、誓章、判案书、判决书、裁决书、决定书、通知书、法庭命令、送达证明等。《安排》还指出，将来如果双方认为有增减司法文书种类的必要时，可以再增加。
《安排》提出了我国区际司法协助的新思路。最高人民法院作为内地司法机关的代表与香港特区的代表就两地有关的司法协助问题进行协商，对于协商的成果，内地由最高人民法院以司法解释的形式予以公布，由内地法院执行；香港特区由立法机关修改或制定相关的法例以保证两地司法协助的进行。这表明内地与香港特区的司法协助方式有了重大突破。[43]《安排》的最重要突破在于内地与香港在司法机关互不隶属同一“法律区域”的情况下，香港与最高人民法院代表一起讨论两地司法协助问题，这对推动内地与香港特区的法律关系和经济民事关系发展是有意义的。此外，《安排》还大大加深了对《基本法》的理解，为内地与香港共同实施《基本法》找到共同的方法，保证两地司法协助事宜的有序进行。
时任最高人民法院副院长唐德华在公布这项司法解释时说，《安排》是一个具有历史意义的法律文件，改变了香港回归前内地与香港民商事司法文书送达不便和送达周期长、效率低的状况，对及时、公正解决相互间民事、经济纠纷提供了便捷、有效的保障，具有重要作用。《安排》的签署和实施也体现了我们对维护包括香港同胞在内的两地当事人合法权益的高度重视。这项司法解释的公布，标志着“一国两制”方针在两地司法协助领域得到落实，对促进和加强两地今后的司法协助具有重要意义。[44]
全国人民代表大会常务委员会关于
《中华人民共和国香港特别行政区基本法》
第二十二条第四款和第二十四条第二款第（三）项的解释
1999年6月26日，第九届全国人民代表大会常务委员会第十次会议通过全国人民代表大会常务委员会关于《基本法》第二十二条第四款和第二十四条第二款第（三）项的解释。
第九届全国人民代表大会常务委员会第十次会议审议了国务院《关于提请解释〈中华人民共和国香港特别行政区基本法〉第二十二条第四款和第二十四条第二款第（三）项的议案》。国务院的议案是应香港特区行政长官根据《基本法》第四十三条和第四十八条第（二）项的有关规定提交的报告提出的。鉴于议案中提出的问题涉及香港特区终审法院1999年1月29日的判决对《基本法》有关条款的解释，该有关条款涉及中央管理的事务和中央与香港特区的关系，终审法院在判决前没有依照《基本法》第一百五十八条第三款的规定请全国人民代表大会常务委员会做出解释，而终审法院的解释又不符合立法原意，经征询全国人民代表大会常务委员会香港特区基本法委员会（以下简称香港特区基本法委员会）的意见，全国人民代表大会常务委员会决定，根据《宪法》六十七条第四项和《基本法》第一百五十八条第一款的规定，对《基本法》第二十二条第四款和第二十四条第二款第（三）项的规定，做出如下解释：
一、《基本法》第二十二条第四款关于“中国其他地区的人进入香港特别行政区须办理批准手续”的规定，是指各省、自治区、直辖市的人，包括香港永久性居民在内地所生的中国籍子女，不论以何种事由要求进入香港特区，均须依照国家有关法律、行政法规的规定，向其所在地区的有关机关申请办理批准手续，并须持有有关机关制发的有效证件方能进入香港特区。各省、自治区、直辖市的人，包括香港永久性居民在内地所生的中国籍子女进入香港特区，如未按国家有关法律、行政法规的规定办理相应的批准手续，是不合法的。
二、《基本法》第二十四条第二款前三项规定，香港特区永久性居民为：“（一）在香港特别行政区成立以前或以后在香港出生的中国公民；（二）在香港特别行政区成立以前或以后在香港通常居住连续七年以上的中国公民；（三）第（一）、（二）两项所列居民在香港以外所生的中国籍子女。”其中第（三）项关于“第（一）、（二）两项所列居民在香港以外所生的中国籍子女”的规定，是指无论本人是在香港特区成立以前或以后出生，在其出生时，其父母双方或一方须是符合《基本法》第二十四条第二款第（一）项或第（二）项规定条件的人。本解释所阐明的立法原意以及《基本法》第二十四条第二款其他各项的立法原意，已体现在1996年8月10日香港特区筹委会第四次全体会议通过的《关于实施〈中华人民共和国香港特别行政区基本法〉第二十四条第二款的意见》中。
本解释公布之后，香港法院在引用《基本法》有关条款时，应以本解释为准。本解释不影响终审法院1999年1月29日对有关案件判决的有关诉讼当事人所获得的居港权。此外，其他任何人是否符合《基本法》第二十四条第二款第（三）项规定的条件，均须以本解释为准。
全国人民代表大会常务委员会行使解释法律权来自《宪法》并载于《基本法》。《宪法》第六十七条第四款赋予全国人民代表大会常务委员会解释法律的职能和权力，此项权力涵盖属全国性法律的基本法，因此解释法律权属于一般性和不受约制的权力。《基本法》第一百五十八条第一款赋予全国人民代表大会常务委员会的一般解释法律权，显然是就《基本法》做出具权威性且对香港特区所有机构均具约束力的解释的权力。普通法制度与属宪法这个较大的框架内的一项全国性法律的结合，乃是《基本法》序言所述“一国两制”原则的一个重要方面。
全国人民代表大会常务委员会做出1999年6月26日的解释，乃是行使《宪法》所赋予的权力，且并无借助任何条款放弃该项权力或将之转让给本院或任何其他法院。反之，《基本法》第一百五十八条第二款授权香港法院在审理案件时的授权范围是有限制的。《基本法》第一百五十八条第三款则规定香港法院在有需要的情况下有责任请全国人民代表大会常务委员会做出解释。如全国人民代表大会常务委员会做出解释，香港法院在引用该条款时，应以全国人民代表大会常务委员会的解释为准。但在此以前做出的判决不受影响。
香港特区首届区议会选举
1999年11月28日，香港特区首届区议会选举投票日，816503名选民投票，投票率为35.82％，为历届区议会选举之冠。与大众息息相关的这次区议会选举，被普遍视为2000年第二届香港特区立法会选举的“前哨站”，因而受到前所未有的关注。香港两个主要党派都派出大量竞选人角逐，有的甚至推出党派主席参选。当天一早，各助选团纷纷前往投票点投票。
香港特区政府大力鼓励选民积极投票，在港岛、九龙的各闹市区，在新界及将军澳、东涌等新市镇，有政府民政事务处选举宣传车的高音喇叭进行选举宣传。
选举当天中午，香港特区行政长官董建华与夫人一起到港岛中环圣若瑟书院投票站投了票。董建华表示，香港特区首届区议会选举对香港来讲具有重大意义，区议会是市民与政府沟通的重要渠道，新一届的区议会将应对21世纪更高的挑战。香港特区政府将为区议会提供额外的资源，更加主动回应市民的意见，满足社区的需要。他对这次选举的结果很有信心。
香港特区政务司司长陈方安生也到投票站投票。陈方安生表示，在投票进行4个小时之后，显示出投票率比1994年同期高，说明市民选举意识提高了，尤其是香港特区政府今年会对区议会再多拨些资源，这对整个社会来说是一件好事。
1994年，时任港英政府港督的彭定康推行政制改革方案，取消行使委任议员制度，除当然议员[45]外，其他议员改为进行全面直选。对此，香港立法会在1999年3月11日通过《区议会条例草案》，就地方行政区的宣布、区议会的设立、组成及职能、选举区议会议员的程序以及有关事宜做出了法律规定，并恢复了被港英政府在回归前取消的区议会委任议席。香港特区政府称此举原意为平衡区议会，让少数社群也能进入区议会，确保他们的声音得到反映；同时可以吸纳更多无界别人士进入区议会。这却被民主派议员抨击为谬论、民主大倒退。事实上，区议会作为地区咨询组织，理应为当区居民做实事，它与立法机关角色的立法会职能和性质不同。
首届区议会选举进行顺利，市民踊跃投票。选举共选出议员519名，其中民选议员390名，当然议员27名，委任议员102名。首届区议会的任期为2000年1月1日至2003年12月31日，为期4年。区议会就影响有关的地方行政区内的人的福利事宜，包括与食物及环境卫生服务有关的事宜；有关的地方行政区内的公共设施及服务的提供和使用；香港特区政府为有关的地方行政区制订的计划是否足够及施行的先后次序；为进行地区公共工程和举办社区活动而拨给有关的地方行政区的公帑的运用等事项向政府提供意见。在就有关目的获得拨款的情况下，承担有关的地方行政区内的环境改善事务和有关地方行政区内的康乐及文化活动促进事务。区议会主席和副主席在每届选举之后举行的首次会议上从其议员中选出。香港特区行政长官在咨询区议会后，可就该区议会履行其职能方面发出一般指示，区议会必须执行。
区议会的制度安排是合理而有效的，是适合香港社会发展需要的。区议会重建的意义表现在4个方面[46]。一是确立了区议会的地位。在区议会的重建过程中，区议会获得了法定依据和自身的稳定性，从而成为香港政制架构中一个重要的部分。二是明确了区议会的性质。从新的区议会的组成、产生和职能来看，它仍然保持了基层代表机构和地方行政组织的双重性质，既代表香港市民对与自己切身利益有关的周围事务管理发表意见，又执行行政长官的指示，管理基层社会的周遭事务。三是规范了区议会的组成、选举、职能和运作程序，使区议会的设置更加规范、有效，进而使区议会这样一种制度安排更加完善。四是加强了区议会的功能。区议会获得了更多的对市政服务、社区环境卫生和文娱康体活动进行咨询和监察的权力，并且有更多的区议员加入到其他与民生有关的咨询机构中。
刘港榕案
1999年12月3日，香港特区终审法院驳回刘港榕等17人的居港权上诉，确立全国人民代表大会常务委员会行使解释法律权具有法律约束力。
申请人刘港榕与另外16人反对香港入境事务处处长向他们发出的遣送离境令。他们认为，根据《基本法》第二十四条第二款第（三）项，他们拥有居港权。这17人中，有些以非法途径进入香港，有些则是持双程证进入，其中还有一人是从外国回国途中停留。17人中有5人在他们出生时，其父母至少一方已拥有香港永久性居民身份，其他12人则是在其出生后，父母其中一方才拿到香港永久性居民身份。他们全于1999年1月29日前进入香港，即终审法院下达吴嘉玲、吴丹丹诉香港入境事务处处长案的判决书前。该案连同终审法院在陈锦雅等诉入境事务处处长案的判决，确认《入境（修订）（第二号）条例》，《入境（修订）（第三号）条例》部分违宪而无效。原讼法庭拒绝申请人的司法复核和人身保护令申请，但上诉法庭却推翻原审法官的裁决。之后，全国人民代表大会常务委员会在1999年6月26日接受并颁布对《基本法》第二十二条第四款和第二十四条第二款第（三）项的解释。
该解释对《基本法》第二十二条第四款进行了部分订明。《基本法》第二十二条第四款中关于“中国其他地区的人进入香港特别行政区须办理批准手续”的规定，是指各省、自治区、直辖市的人，包括香港永久性居民在内地所生的中国籍子女，不论以何种事由要求进入香港特区，均须依照国家有关法律、行政法规的规定，向其所在地区的有关机关申请办理批准手续，并须持有有关机关制发的有效证件，方能进入香港特区。各省、自治区、直辖市的人，包括香港永久性居民在内地所生的中国籍子女，进入香港特区，如未按国家有关法律、行政法规的规定办理相应的批准手续，是不合法的。
终审法院在本案中确认全国人民代表大会常务委员会有权对《基本法》做出解释，而且该解释对香港法院有约束力。由此，终审法院在上述两个案件中推翻了《基本法》第二十二条第四款和第二十四条第二款第（三）项的解释。终审法院最后以大比数批准执行对申请人的遣送离境令。
这个案例的重要性在于它被视为香港法律史上一个内地和香港之间法制关系的转折点。[47]在法理上，全国人民代表大会常务委员会行使解释法律权取代了终审法院在吴嘉玲案中对《基本法》第二十二条第四款和第二十四条第二款、第三款的意见。香港终审法院在刘港榕案中第一次承认全国人民代表大会常务委员会对《基本法》的解释是无限制且无先决条件的。虽然依据《基本法》第一百五十八条第三款，解释权没有追溯效力，但终审法院认为，这样的观点揭示了1997年7月1日生效的《基本法》的立法原意。《基本法》的有关解释带有特定的含义。全国人民代表大会常务委员会行使解释法律权来自《宪法》，并载于《基本法》，属于一般性和不受约制的权力，且全国人民代表大会常务委员会在对本法进行解释前，已征询其所属的香港特区基本法委员会的意见。因此从任何角度看，都是合理、合法的。
中英联合联络小组举行最后一次会议
1999年12月7日、8日，中英联合联络小组在香港举行第47次也是最后一次会议。会议回顾了1985年5月以来的各项工作，讨论了多项引起关注的事情，双方代表都同意，联络小组的工作对1997年7月1日香港政权顺利交接做出了积极贡献。两年半过去，香港整体发展十分积极。
中英联合联络小组中方首席代表吴红波大使与英方首席代表包雅伦大使，在会议后举行的联合记者招待会上都对这次会议表示满意。双方一致认为，中英联合联络小组已经完成了历史使命，将予以解散，而联合联络小组卓有成效的工作为进一步发展中英关系创造了有利条件。
吴红波指出，这一天是中英联合联络小组具有历史意义的日子，经过14年7个月的工作，终于结束了最后一次会议。作为中英两国为解决香港问题而设立的联合机构，中英联合联络小组工作时间之长，涉及问题之多、之复杂，在中英关系史上是没有先例的，在现代外交史中也是少见的。虽然落实《中英联合声明》的工作极富挑战性，其处理的许多问题在国际上都没有先例，但通过中英合作都解决了。落实《中英联合声明》，需要信心、决心及超凡的耐心，需要中英双方的互相理解及通力合作。虽然双方的价值观及处事方式有所不同，但彼此之间有着共同利益，确保了香港的长期繁荣稳定。
关于工作体会，吴红波谈及4点，其一，“一国两制”是解决香港问题及确保香港繁荣稳定的关键；其二，“一国两制”为中国的既定国策，中国政府坚决落实《中英联合声明》的决心不会动摇；其三，香港人有能力、有智慧管理好香港，在香港特区政府的领导下，香港明天会更好；其四，发展中英两国关系应以大局为重。
英方首席代表包雅伦表示，中英联合联络小组的工作具有历史意义。他对香港回归后“一国两制”顺利落实感到满意，并对香港的前途表示乐观。
1984年12月19日，中英两国签署了《中英联合声明》。两国政府同意成立联合联络小组和中英土地委员会，处理香港回归前的过渡安排。1985年5月27日，中英两国互换批准书，协议随即生效。中英联合联络小组在《中英联合声明》生效时正式成立。《中英联合声明》附件二中列明了中英联合联络小组的职责包括就《中英联合声明》的实施进行磋商；讨论与1997年政权顺利交接有关的事宜；就双方商定的事项交换情况并进行磋商。中英联合联络小组是联络机构而不是权力机构，在香港、伦敦和北京开会，每年至少在上述三地各开会一次。中英联合联络小组的工作到2000年1月1日为止。中英联合联络小组成立后，共举行了47次全体会议，其中18次在香港举行，15次在英国伦敦举行，14次在北京举行。中英联合联络小组为香港的平稳过渡、繁荣稳定，保证《中英联合声明》得以有效执行和1997年香港政权的顺利交接做出了重要贡献。
吴恭劭、利建润案
1999年12月15日，香港特区诉吴恭劭、利建润案由香港特区终审法院做出终审判决。
本案发生在1998年1月1日的一场香港公开示威活动中，吴恭劭、利建润手持被涂污了的中华人民共和国国旗及香港特区区旗沿途挥舞。事后查明，两人手持的两面旗帜均被严重涂污。游行终结时，吴恭劭和利建润把国旗与区旗缚在香港特区政府总部外的栏杆上。[48]
吴恭劭和利建润两人随即被控违反《国旗及国徽条例》（以下简称《国旗条例》）第七条及《区旗及区徽条例》（以下简称《区旗条例》）第七条，构成侮辱国旗、侮辱区旗两项罪名，被定罪及各判缴纳保证金2000港元，并判处守行为规范12个月。两人向香港特区高等法院提出上诉，称其所行使的是表达自由的权利，并认为《国旗条例》和《区旗条例》违反了《公民权利和政治权利国际公约》第十九条和《基本法》第三十九条而无效。高等法院随即就这两条法律是否违反《公民权利和政治权利国际公约》和《基本法》进行检视，做出判决，称这两条法律违反《基本法》，撤销了对于两人的定罪。控方遂向终审法院上诉。一项刑事诉讼，因其涉及《基本法》所规定的基本权利与法律是否违宪的问题，遂成为重要的宪法诉讼。
终审法院同意在涉及表达自由或言论自由的宪法性问题时，法院应该采纳较宽松的解释，亦认为《国旗条例》及《区旗条例》对发表自由的限制是有限度的而并非广泛的。为保护作为国家独有象征的国旗以及作为香港特区独有象征的区旗，该限制是必要的，而且并没有超乎相关的范围或程度。事实上，有一些《公民权利和政治权利国际公约》的缔约国，如意大利、德国，也把侮辱国旗列为刑事罪行。据此，终审法院做出终审判决，吴恭劭和利建润两项罪行、罪名成立。
终审法院判决吴恭劭和利建润有罪，在香港并没有产生争议。[49]一方面，终审法院对于表达自由的保护，未因这一判决而受损。通过区分对于表达方式的限制和表达内容的限制，法院发展出新的规则。当限制仅仅局限于表达方式时，所需要证明其正当性的程度相对较低，而当表达方式的限制可能影响表达内容时，其所需要的证明程度相对较高。另一方面，终审法院表现出了与其最高法院位置相应的审时度势与大局观。在判决书中，终审法院多次提到，香港处于新的宪制秩序下。尽管这种宪制秩序还不稳定，但其基本特点是必须考虑到香港是中国的一部分。香港作为特区，决定了其必须力求统一与自治之间的平衡。香港所处的宪制秩序与回归前是不同的。终审法院所考虑的，不仅仅是简单的“表达自由”及其限制，更需要考虑香港所处的时代、环境和未来的发展方向。因此，这一判例的价值，或许还将在未来的香港与内地关系中得到更多的揭示。[50]
香港特区高等法院原讼法庭就取消两个市政局做出判决
1999年12月23日，香港特区高等法院原讼法庭就反对取消两个市政局的司法复核许可申请做出裁定，香港特区政府提出的《提供市政服务（重组）条例草案》并无剥夺市民参与公共事务的权利，亦不违反《基本法》及《公民权利和政治权利国际公约》。
香港市政局的前身为卫生局，成立于1883年，当时是为了加强对环境卫生的管理，之后逐步引进民选方式来产生其部分成员。卫生局根据港英政府立法局通过的《1935年市政局条例》，于1936年易名为市政局。此后，市政局在逐步扩大规模的同时，也使民选议员逐步增多，越来越成为香港市政管理和服务中的重要机构。1985年，新界地区由于人口和市政服务事务的增多而成立了临时区域议局。次年4月，临时区域议局更名为区域市政局，成为与市政局平级的专门负责新界地区相关事务的组织。两个市政局于1986年4月1日至1999年12月31日期间为香港新界9个地区提供食物卫生、清洁街道、文娱康乐设施、管理食肆等市政服务，亦是香港三级议会的一部分（第一级为全港性的立法会、第二级为区域性的市政局/区域市政局、第三级为地区性的区议会）。其执行部门为区域市政总署。区域市政总署署长同时担任区域市政局首席执行官。
1999年4月23日，香港特区政府将制定的《提供市政服务（重组）条例》刊登《宪报》。香港特区立法会对于香港特区政府提出的方案在5天后进行了首读，并于同年12月2日通过了该条例。随后于12月31日，香港特区行政长官董建华推行市政服务改革，宣布解散市政局，负责新界地区市政服务的同类机构区域市政局同步解散。两局原负责的食物环境卫生及康乐文化决策分别由新成立的环境食物局及原有的民政事务局接管；两个执行服务部门经统合后由康乐署和食物环境卫生署取代，由香港特区政府委任的民政事务专员任各区民政事务处的主管。由于市政局议员大部分是民选产生，而新成立的局署并未有任何民间代表参与及监察，董建华将两个市政局强行解散的决定，被泛民主派视为香港民主的大倒退。香港的一些市民也持反对和抵制态度。
解散两个市政局的原因很多，包括市政局权力过大，拥有独立财政、土地使用权，政府部门市政总署还执行其决策。长期以来，其他政府部门、主要官员对这两个市政局产生了不满。当时民主党在市政局拥有较多议席，影响香港特区政府的管治。两个市政局涉及许多复杂的政治关系和职能、职权关系，其中有许多的错位和矛盾，包括它们作为代议性质的咨询机构，却承担着繁重的行政管理方面的职能；两个市政局的机构重叠，虽是同一性质同一级别的机构，却分别设立，职权过于分散，缺乏有效的中央统筹；它们的许多职能与政府的职能也是重合的，导致管理中政策不协调，标准不统一，影响管理的效率；它们的机构不完整，没有实施决策的机构，所做出的决策需要通过政府的市政机构来执行；它们虽有决策权，却与执行完全脱离，管人与管事相脱节的制度安排，使矛盾经常发生。
香港特区政府撤销两个市政局，重组食物安全和环境卫生服务架构，设立新的文化艺术康乐服务行政架构，无疑是对香港政制架构的巨大调整。经过这样的调整以后，市政服务的关系理顺了，重叠的机构消除了，工作效率提高了，成本效益关系改善了。同时，应该注意的是，虽然在20世纪80年代以前，香港没有经民选产生的立法机关，当时的市政局是香港政制中唯一有直选代表的机构。市政局议员不但负责市政服务，还经常要充当非正式的“民意代表”。但是，随着立法会和区议会的代议性质日渐突出，在香港这样一个地域和人口都十分有限的地区保持三级代议结构就不必要了，减少代议机构的层次，强化两级代议，已经成为合理的选择，是符合香港社会的需要的，这一重组改革是顺利的也是成功的，达到了预期的目标。
