咸丰九年（1859），15岁的王懿荣随母晋京，与父亲团聚，承欢膝下。一家人相见，喜悦之情溢于言表。
王懿荣来到这清王朝政治、经济、文化的统治中心——北京。虽说是太平军、捻军还没有彻底剿灭，第二次鸦片战争，在主和路线下开埠赔款还没有换约。表面上，北京仍是歌舞升平的欢乐气象。其实这时的大清王朝，已是政治腐朽，吏治败坏，每况愈下，积重难返。整个王朝，“官吏士民，狼艰狈蹶，不士不农不工不商之人，十将五、六。普天之下，大抵富户变贫户，贫户变饿者。”貌似昌盛的帝国，只剩下一副衰败的躯壳。
曾几何时，时光倒转100多年前，王朝盛世，海内升平，莺歌燕舞，四海承风。为了使帝国长治久安，传之万世而不竭，乾隆皇帝给子孙名的第一个字排泛出三个字：永、绵、奕，道光皇帝又排泛了五个字：载、溥、毓、恒、启，连在一起，正是万世一系的心思。然而，他们始料不及的是，刚刚过去100年，这个官场混乱腐败，吏治簠簋不饬的痼疾，成了王朝的不治之症。整个王朝贪污受贿，因循敷衍，粉饰太平，上下相欺，行者不讳，闻者不惊。全国上下在残酷的超经济剥削下，广大贫苦农民要交纳比以往多出几倍的赋税，清王朝已经是危机四伏了。
尽管如此，这个以个体小农业和家庭手工业相结合为基础的封建土地制度和剥削制度，以保障极少数的贵族、地主、士绅们的特权地位的社会秩序，庞大的官僚机构和军队的国家机器，还在回光返照中慢慢运转着。
王懿荣像众多官宦世家子弟一样，为这个衰败的王朝，不断地想方设法补救，注射起死回生的良方妙药。为甘愿充当帝国中兴的新鲜血液，王懿荣已暗下决心，终生拼搏，洗去往日家族耻辱，以换回家族的荣誉和昔日辉煌。
这期间，王懿荣先后受业于表伯张恩煦先生。张恩煦，本邑古现村人，与王懿荣是同乡，又有亲戚关系，字墨林，是咸丰十年（1860）进士，授官直隶乐亭县知县。他当时正在京读书应试期间，义不容辞担负起王懿荣的学业来。他教王懿荣学习《朱柏庐格言》、《增广贤文》、《劝世良言》等等。颇令他称奇的是，王懿荣天赋奇佳，并有过目不忘的才能。几个月后，其他的弟子学不会的诗书，王懿荣已是熟背如流。张恩煦打心眼里喜欢，但自己要应试，深恐他自己才疏学浅，耽误了这个孩子，乃力劝王祖源和谢太夫人为之另聘高贤。于是，谢仁山、崔清如等先生又成了王懿荣的业师。崔清如，山东茌平人，咸丰十年（1860）进士，授翰林院编修，官至湖南岳常澧道台。谢仁山，名荣宗，廪生，在辛酉（1861）英法联军火烧圆明园中殉难。他也是王懿荣母舅。
咸丰十年（1860），英法联军发动了第二次鸦片战争。四月份，英法联合舰队在南方占据了浙江定海，继而又挥师北犯，占据我山东烟台及荣成成山角。此时，北方河南一带饥民又发生骚乱。王懿荣父亲奉旨回山东登州兴办团练。15岁的王懿荣也随父来到了济南。
团练，意为团集训练，历代封建统治阶级用为编练的地方部队的名称，始见于唐代。清代前期招募乡兵，旋募旋散，均系临时性质。嘉庆年间，镇压川楚白莲教起义军，战守均赖乡兵，遂有乡勇、团勇之别。随营打仗，官给口粮者为乡勇；地方筑堡防守，口粮不自官出者为团勇。其后遇有战争，常命各地招募团练，或称招募乡兵、乡团，如广东昇平社学所集之众，经费均不出于官，太平军蜂涌时期，各地举办团练，办法不一。有招募外来游民者，有以本地乡民为主者；有专门防守本地者，有轮流调营出战者；至如曾国藩的湘军，从团练化为正规军，则为特殊之例。
咸丰帝这次降旨，选一些在地方有势力的望族官员回籍兴办团练，其用意颇深，表面上是为抵抗英法联军而组织地方武装，实际上，这时山东捻军反清活动频繁，咸丰帝怕他们与太平天国的残余力量联合起来，所以将其反清的气焰及早给予扑灭。王祖源回登州筹办团练事宜，王懿荣随行就读于泺源书院。
书院，是中国封建社会特有的一种教学组织和学术研究机构。在封建社会里延续千年左右。它始于唐玄宗时，勃兴于北宋初年。元明时期官方开始控制书院，渐渐走向官学道路。
清初，对书院采取抑制态度，怕书院宣传反满思想，不利于统治。雍正十一年（1733），清政府才下令各省督抚在省城建立书院，济南泺源书院便是这年由山东巡抚岳濬改建的官学书院。泺源书院，取名于济南西南，北流至泺口入古济水（即今黄河）。《春秋·桓公十八年》：“公会奇侯于泺。南宋初，伪齐帝刘豫堰以东曾屡次淤断，屡次疏通。此处称泺水。即济南东北不注山东麓北流入黄河段。”
清代书院为当时教育政策服务，也是科举预备重点场所，多以考课型为主，学习《四书》、《五经》是重点教育内容。此外还学习注释儒家经典和阐明儒家学说的著述。八股文习作和学规学习也是书院教学内容。书院还常聘一些知名学者、饱学之士来书院任主讲。
王懿荣在书院读书，同学中最要好的当数诸城的尹彭寿和掖县的张士保了。当时书院掌院山长为匡源。匡源，字鹤泉，胶州人氏，祖上匡翼之，明成化进士，历官贵州巡抚、广东按察使、四川布政使等。匡源，道光进士，选庶吉士，授翰林院编修。后几经升迁擢为吏部侍郎。旋入军机处任军机大臣。
咸丰十年（1860），英法联军入侵北京，咸丰帝逃往热河，在承德避暑山庄立行宫，匡源随驾在承德。
咸丰十一年（1861），咸丰帝在承德病危，召见内务府大臣肃顺，及军机大臣等7人为“赞襄政务大臣”，辅弼皇太子。
匡源极度不情愿地卷入其中，已不能自拔。后两宫太后和奕与顾命八大臣如同水火，终于回北京发动政变，下旨：“将载垣、肃顺、端华革去爵职赐死”，匡源因是饱学之士，被网开一面受到革职处分。齐鲁家乡对读书人最为宽厚，他们接纳了这位儒学大师，匡源受聘于泺源书院，讲经授史，他非常器重王懿荣。后来，王懿荣在编撰金石著作《汉石存目》、《南北朝存石目》时，均得到匡源的帮助，提出很好的修改建议。
这一年底，王懿荣在泺源书院肄业，随父亲回京。回京后，经乡人介绍，王懿荣又拜礼部员外郎周悦让为师。
周悦让，字孟伯，山东莱阳人。王懿荣以同郡之谊而事奉之。周悦让道光二十七年（1847）丁末科进士，与李鸿章同年。他性情耿介，不事权贵。地位显赫的李鸿章曾多次向他致馈问候，但他始终不曾回拜。咸丰十年（1860），英法联军进攻北京，咸丰皇帝逃往承德，在京的官员也纷纷逃避，礼部衙门为之一空。唯独周悦让坦然如同平日，照常奔波礼部衙署恪尽职守。周悦让经学造诣很深，儒学根底深厚，又有经世致用的思想。他们师生二人性情相投，又有同郡之谊。周悦让处处传授经世致用的思想，引导王懿荣开阔视野胸襟，向“先天下之忧”的范仲淹学习。周悦让所学不崇门户之见，他虽本于汉学，却又能兼收并蓄，无穿凿破碎之弊，所以精纯。著有《经通》十六卷，常为王懿荣讲解经义之学，对王懿荣入仕为官之道产生了重大影响。同样，周悦让的著作都由王懿荣整理校订。
《莱阳县志》记载：“悦让之没，邑人徒仰其名，无复能详道者颖。《倦游庵椠记》闻福山王懿荣谋为刊行，后懿荣殉国难未果，瑰宝久湮可惜哉。”反映了周悦让著作的价值，也反映了王懿荣对恩师的崇敬与怀念。
同治元年（1862），这年五月，王懿荣与蓬莱县城里人黄兰成婚。
早在王懿荣的祖母于太夫人在世时，王懿荣2岁，祖母同他的母亲谢太夫人就为他选择门楣相当的亲事。通过亲戚介绍探听，蓬莱黄家有一女名黄兰，仪容端方，性情柔顺，甚是中意，便为王懿荣订下了这门娃娃亲。
王懿荣岳父黄宗敬，字熙庭，蓬莱城里人。当时任直隶邢台县典史，旋擢知县。黄家也是出身官宦世家，黄宗敬祖父黄岩，乾隆五十二年（1787）进士，官广西平南县知县。父亲黄璿光是附贡生，官江西南城县丞，署南城县知县。致休后，就养于黄宗敬在保定的寓所。
黄兰生于道光二十一年六月三十一日（1841年8月16日），父亲在邢台典史的捕衙内。6岁时随母亲王夫人回到蓬莱，住城里城西上马台。就在此时，于太夫人保媒到蓬莱向黄家求婚。黄兰的母亲王太夫人即修书此事奉告保定公爹黄璿光。
黄璿光认为可以答应这门亲事，他对独生子宗敬说：“吾郡大姓，惟福山王氏德最厚，故其世泽也最大。子孙蕃昌，科第绵延。中丞公（指王兆琛）第五子尤孝友淳笃，其后必大，可许之也。”
就这样，3岁的王懿荣与7岁的黄兰，由父母之命，媒妁之言，在双方都十分满意的情况下订了婚约。
就在王懿荣准备乡试的第一年（同治元年，1862）五月三日（5月30日），王懿荣随父亲回到故里办团练的差事刚刚完毕，王懿荣父子便匆匆北上，以迎接秋天顺天府乡试。乡试前，王懿荣在保定府十家姑子庵胡同岳父家寓所与黄兰成婚，那一年，王懿荣18岁，黄兰22岁。
王懿荣的元配夫人黄兰，也是一位诗书世家熏陶出来的典型淑女。她不善言辞，长于针指，仪容端庄，性情柔顺，婚后，由于黄夫人美丽娴淑，知书达礼，王家像冬天里吹进了一股温暖的春风。夫妻二人和气致祥，琴瑟和如，海誓山盟，恩恩爱爱，给遭受打击的王家带来了许多欢乐。第二年王懿荣家生下一女，取名保生。
那时，是王家经济最困难的时期。据后来王懿荣回忆：
寒家自先十世祖太常公以下，累世久官于外，素无田产。先祖荣禄公谢世后，家道中落。所居城西村曰古现，地当孔道，七遭兵燹，至是庐舍衣物焚掠一空。先父官兵部十余年，又连遭先伯父长安公（讳伯润，陕西长安县知县）、次伯父文安公丧。先祖荣禄公柩，自伊犁入关行至陕西，为粤匪、回匪先后相间阻，浮厝于蒲城县傅马村且廿年。时四年乙丑，先后以知府注选，始得乞假措资迎取。先灵六柩一时回籍安葬。此廿年中，京曹清苦，甚于寒素。
王家在京曹的寒素生活，全赖王懿荣母亲谢太夫人主持。日常柴米油盐，一应开销，由谢太夫人勤俭筹划。黄夫人自保定到京后，左右侍奉，协力帮助婆婆操持家务。黄夫人每日晨昏，定时向公婆请安，并随奴婢一起忙里忙外，她特别珍惜家中财物，一丝一粟，也不废弃。对待小姑小叔，如同兄弟姐妹。当时王懿荣二弟王懿棨已经成亲，妯娌之间十分和睦，人无闲言，虽无冬裘夏葛，但也褐衣疏食，“举家怡怡，不知有穷官之苦”。
黄夫人的胞兄黄昭鉴，字宝山（三），官至刑部郎中。同治五年（1866）母亲王太夫人因病来京兄寓治疗就养。黄夫人则时常分身前往省视，十分劳累。三月，王太夫人不幸病逝。黄夫人由于过分哀伤而形容憔悴。九月，长女保生因中牛痘而夭亡，又加上一层悲伤，此时黄夫人身怀有孕，不久将要临产了。
同年十月十四日（11月20日），王懿荣的次女降生于长巷上头条胡同京宅。乳名定住，王祖源给孙女起名崇瑛。黄夫人则由于劳累与悲伤，产后失血过多，身体几乎支持不住。此后，黄夫人一直嬴弱多病至到油尽灯枯。
同治七年，长子崇燕出生，时隔两年，二儿子崇烈出生。
黄夫人对子女教育非常严格。特别是不允许他们损坏东西。即使是平日嬉戏的玩具，“虽琐屑，不使毁弃暴殄。”
每年夏天，黄夫人都要将王懿荣内室所藏书画、碑帖、墨本等物，拿到日光下抖晒，以防蠹虫和老鼠。儿女们虽幼稚，对文物没有任何知识，但由于母亲严厉的教育，他们不敢接近更不敢乱动父亲的这些珍藏。
王懿荣不善于料理家务，在外又无人事关系的支撑，对上侍奉父母，对下养育儿女，经营筹划幸得黄夫人的帮助。黄夫人娘家虽然比较宽裕，但她从不向娘家借贷，全赖自家节俭安排。
王懿荣酷爱旧椠古本书、古彝器、碑板、图画之类的古籍、文物。在京任职，公务之余经常到市场寻求，时有所见。归来之后就与黄夫人谈及，黄夫人总是怂恿他去买回来。她常说：“明珠、白璧，异日有力时，皆可立致之。惟此种物事，往往昙花一现，撒手便去。移时不可复得。后来纵或有奇遇，未免即此类中之此种也。”有时家中无钱，黄夫人则将自己的裘葛、钗钏拿去典质，犹如厨笥易物，毫不吝惜。
同治三年（1864），岳父黄熙庭在直隶任丘县知县任上，捐办天津海防，部议予以奖励。当时规定，这项奖励可以移给自己的子弟亲属。黄熙庭就把这份殊荣给予了贤婿王懿荣。于是六月份王懿荣就被吏部分配到户部任额外（候补）从五品员外郎衔主事。王懿荣极不情愿当这捐来的官。但又不好拂岳父一片好意。所以，除了去衙门当差外，从不穿这五品官服。
这一年，王懿荣就要开始参加科举考试了，他将要使自己十多年来寒窗苦读的学业结出硕果，家庭压力，家族的希望，都期盼他登上仕途，重振“太史第”家庭的荣耀。
