十月庚午，兵部尚書楊博言：「江西之寇，始于南贛賊巢，合廣西叛兵，益以本鄉惡少，遂至蔓延不制。前奉詔督責諸臣，以九月報平，而今且過期不效，請更申飭，刻期蕩平。仍令照邊方事例，半月一馳奏賊情。又御史段顧言，生長邊陲，素閑韜略，可就委以兵事。海道副使譚綸，嘗練土兵，足稱智勇，今以守制回籍，宜令墨衰效用，以靖地方。且閩、廣之賊，所倚重者數巢穴耳，使以勁兵乘虛擣瑕，攻其必救，賊必牽于內顧，乃可平矣。」上令胡宗憲督率進剿，餘如議。
十一月甲午，以禮部尚書袁煒為武英殿大學士，入內閣，典機務。
庚子，改郭朴為吏部尚書，令吏部尚書歐陽必進致仕。
十二月丁卯，戎政尚書王邦瑞卒。
邦瑞，宜陽人。嚴毅有執，器識甚偉。初，庚戌，虜薄京城，奉命巡視九門，陳守禦五策。虜退，請更營制，遂定為三大營，即以邦瑞為兵部尚書，協理戎政。時仇鸞為大將，欲節制九邊諸將，邦瑞力折不可。因劾鸞跋扈不道，鸞陰中之，詔奪其官。歷官四十年，所至有建立，猶以廉節著。卒，謚襄毅。
丁丑，兵部尚書楊博，以京營之兵頻年坐食，漸成驕惰，乃議謫選番戍。其說有四：「一則使京軍習見烽燧，涉歷勞苦，可以轉弱為強；二則居庸鎮邊，原有懷、保在外，警報絕少，即使有警，去京師百里，而近可朝發夕至，視調宣、大、保定之兵，勞費頓殊；三則春防之日，本鎮止留邊兵二枝，一遇虜警，不免分置，顧此失彼，誠得京兵守二區，則邊兵得專守古北口，在此為虛聲，在彼為實用；四則部署已定，可視來春緩急為進止，不至虛發以耗芻糧。」上是之。
辛巳，（「辛巳」，原作「辛丑」。按是月干支無辛丑，據明實錄世宗實錄卷五0四嘉靖四十年十二月辛巳條改。）詔重刊前禮部尚書胡濙所進衞生易簡方書，傳布天下。
嘉靖四十一年壬戌春正月丙戌朔。
丙申，京師地震。
己亥，兵部尚書楊博言：「今年履端之始，雲澤屢降。第薊鎮、宣、大逼隣虜境，十室九空，農事方興，牛種不給，恐遷延過時，則秋成無望。臣前在左、右衞目擊其苦，若及今稍為處給，計種一石，可得子粒數石，比之荒歲召買省價實多。請發馬價銀三萬兩，分給三鎮，以為方春播穀之費。」上嘉其留心邊計，許之。仍令各鎮從實舉行。
庚戌，戶科給事中鄧練，奉詔查理薊鎮軍營，盡得官吏侵牟兵馬虛耗之數，以巨萬計。還，言：「邊餉日虧，皆原任總督許論調度失宜，管糧郎中閻光潛、劉勃出納不明之罪。而所以致弊之由有十，大略虛填籍伍，濫收家丁，偵報不以實，調遣不以時，主兵或代客兵出戰，客兵或代主兵入守，門皂官承，盡食軍門之餉，商民將領，胥成影射之風，其他無名冗役，無益浪費，不可勝數。皆當痛革。」上從之。
辛亥，左都御史潘恩言四事：
一言「邇來管錢糧者，牟羡餘之利；理刑名者，狥出入之私；閘廠關津，則留難商旅；差遣勾當，則騷擾軍民；諸司私家，每用小票取物于市；巡城御史，乘轎多役官夫，設酒科及樂戶。耳聞目見，殊失官常。乞敕兩京都察院嚴禁。」
二言「邇來御史，帷急簿書期會，與承迎趨走之末，不暇聞有司賢否，雖行舉劾，必及代期，以故貪吏日縱。今後諸司治行，不時奏聞，不者，回道以不職論。」
三言「憲職嚴重，必纖毫無汙，然後人不得而議之。今御史廵歷，供應饋遺之費，動至百數，甚或公受保舉謝儀，私索地方土物。今後毋過自奉，毋厚私交，仍禁革守令常例，一切羡餘紙贖，悉歸公帑。」
四言「有司任情出入，鍜鍊成獄，或所犯本無重情，而家道豐盈，必為羅織，假積穀之例，託兵費之名，多則罰金數百，少亦輸穀數十，比追罄產，有同没籍。今後宜坐應得之條，勿加一切之罰，違者具實參奏。」
疏入，上以為深切時弊，令務實舉行。
三月壬寅，賜貢士徐時行等二百九十九人進士及第、出身有差。
五月丁亥，命「都督僉事劉顯充總兵官，鎮守廣東、南贛，參將俞大猷副之。一應戰守事宜，會同督撫官協謀剿賊。仍令江西紀功御史段顧言兼覈廣東功罪以聞。」從兵部尚書楊博議也。
戊戌，詔罷今年考選庶吉士。
時仕路混淆，賄賂公行，庶吉士素號清選，至是亦以賄賂營求，貧者稱貸為資。有持券入貸于司禮太監黃錦者，錦密以聞。上聞而惡之，報罷。
壬寅，御史鄒應龍劾嚴嵩子世蕃，「憑藉父勢，專利無厭，私擅爵賞，廣致賂遺。而伊子錦衣嚴鵠、中書嚴鴻、家奴嚴年、中書羅龍文為猶甚，即數人之中，嚴年猶為黠狡，不才士夫競争媚奉，號曰『鶴山先生』。猶有異者，世蕃遭母喪，上以嵩年老，特留侍養，令其子鵠代為扶櫬。世蕃名雖居憂，實喜得計，擁侍姬妾，屢舞高歌，已為鬼神所厭，抉其目矣。臣請斬世蕃首，懸之藁竿，以為人臣兇橫不忠孝者之戒。」
先是，上聞世蕃淫縱，心惡之，漸疏嵩。凡軍國大計，悉諮之大學士徐階，故應龍奏入，遂稱旨。下世蕃等于諸司擬罪，坐世蕃煙瘴衞充軍，鵠、鴻、龍文邊遠衞充軍，年錮于獄。
六月丁丑，淳安縣知縣海瑞，抗直不阿上官。初，鄢懋卿以鹽法都御史巡行郡縣，所至招權嚇財，叱咤風生。懋卿妻從行，為裝五綵輿，令十二女子舁之。令長以下見懋卿皆膝行蒲伏，至以文繡被廁床，白金飾溺器，千里傳送，絡繹道途。比至淳安，供應甚薄，瑞復抗言：「縣小民貧，不足容車馬。」懋卿雖怒甚，然知其不可辱，為斂威去之，而密嗾御史袁淳媒孽其短。其後懋卿、袁淳俱以貪寵敗，而瑞得申白敘用云。
己卯，三邊總督喻時奏豫邊防五事：一、調腹兵以補空邊，二、視功次以激勇力，三、量緩急以攤軍儲，四、處供饋以豫冬防，五、備戰馬以充衞額。言：「三邊四鎮，地里浩渺，兵稀糧少，戎律失弛。仍嚴革橫派，廣恤窮軍，精察地形，熟演武藝，明斥堠，遠哨聽，詰奸慝，招投降。凡保障陝民者，罔不盡心以為之豫。」
按：掌三邊者，兵力單弱，捉襟露肘，習見以為常。勇功既驗，坐觀候賞，循塗以自歛，秋防已匱糧餉，則冬春何以為生？冬春如無接濟，則主客何以為資？至于倒死戰馬，不為買補，則千騎走百人，百騎走十人，又何以取給哉？時一一料理之，卒使連奏克捷，邊鄙肅清。是何良策而致是？大約五事之中有至秘之計，一則哨丁偵探之蚤，一則官軍按伏之密，而厚待降人，能知奸宄，故迎其初來，出其不意，而成功無難耳。兵家無間用奇之法，深得之矣。視彼投降以要功而人心離散、禁哨以出塞而聲息無聞者，何如？吾見避東而擊西，攻首而畏尾，即明立按伏，將焉用之？吁，翁萬達、劉天和而後能繼之者，舍時其誰哉？
七月癸巳，戶部集廷臣議，上理財十四事。一曰省兵食。「國初邊儲無請發帑銀之例，後緣邊疆多警，或廣召募，或增營堡，始不得不仰給于京儲。然嘉靖十八年以前，僅至五十九萬，今且增至二百三十餘萬。司計者，將何以應之？今惟有選兵而已。宜令各督撫官，親詣各城，從實揀選，汰其老弱虛冒，以還先年主客原額。諸所新設營堡，查非要害，即當隨宜并省。其京營軍士，亦宜會戎政官一體清查。」二、慎調遣。三、先節約。四、完積逋。五、清屯糧。六、議收放。七、均修邊。八、停外例。九、處銅價。十、省供應。十一、杜奏留。十二、議補助。十三、議漕銀。十四、定稅法。上允其議。
八月乙丑，（「八月乙丑」，原脫「八月」，據明實錄世宗實錄卷五一二嘉靖四十一年八月乙丑條補。）詔重錄永樂大典，分韻類載，以便稽考，卷凡三萬有奇。
上初年好古，禮文之事，時取探討，殊寶愛之，几席間每有一二帙在焉。及三殿災，上命左右趨登文樓，出大典，遂得不燬。至是重校正之。
九月壬午，三殿工成。
甲申，給事中趙灼、沈淳、陳瓚為嚴世蕃黨，被劾，同時罷去。（「甲申給事中趙灼沈淳陳瓚為嚴世蕃黨被劾同時罷去」，疑將彈劾嚴黨之人訛作嚴党。明實錄世宗實錄卷五一三嘉靖四十一年九月戊戌條記：「戊戌，韶『工部左侍郎劉伯躍、南京刑部右侍郎何遷、南京通政使司右通政胡汝霖、南京光祿寺少卿白啟常、原任湖廣巡撫張雨、廣西按察司副使袁應樞、右春坊右諭德唐汝楫、南京太常寺卿管國子監祭酒事王材俱革職閒住。』至是嵩敗，伯躍等為刑科給事中趙灼所劾，雨為吏科給事中沈淳所劾，汝楫、材為刑科給事中陳瓚所劾，同時罷去。」）
按：史臣曰：「嚴嵩縱子為非，任用羣小，賴世廟陰聖，一旦拔去巨奸，如大明當空，陰沴屏伏。向時假借氣勢鼓煽聲利之徒，咸使去位，朝署為之一清。若鄢懋卿之斡局，董份之文學，唐汝楫之門第，使其持身克慎，廉靜自守，皆可以坐致通顯，乃不自愛重，甘心為市井奴隸之行，卒之身名俱辱，為世所羞稱，而又圖報復，反劾正人，萬世公論其能掩乎？後來者可以鑒矣。」奈何嵩之覆轍未幾，而張古正踵其後，殆猶甚焉。然嵩之所縱者，不過一任子之世蕃耳，乃居正則嗣修、懋修顯然登狀元，居翰苑，欲倣秦檜三世為史官。鄢懋卿等不過一身之寵榮耳，乃王篆輩亦使其子謀取名甲，世道愈趨愈下，甚矣。我皇上繼照追奪削籍，豈不有光于世廟哉！
