廷臣屡请命芝龙出关，芝龙亦知不出关无以压众心，因分兵为二，声言万人，实不满千。以郑鸿逵为大元帅，出浙东；郑彩为副元帅，出江西。隆武仿淮阴故事，筑坛郊拜而送之。二将既出关，疏称候饷，不行。逗留月余，隆武下诏切责曰：『倘畏缩不前，自有国法在』！二将不得已，踰关行四、五百里，仍疏言饷绝，留驻如故。
大学士黄道周愤师不前，因请以师相募兵江西。曰：『江西多臣子弟，愿招之效死军前』。隆武命芝龙助之资，芝龙不与一钱，隆武惟给空劄百函而已。道周以劄号召门下得百人，居吉安，与杨廷麟、万吉元为呼应。出兵徽州，为清兵所擒，械送江宁。道周绝粒不食，积十四日不死。清内院洪承畴怜而欲生之，道周不屈，竟斩于市。
阁臣蒋德璟见郑师逗留，因自请行关确察情形，相机督战；隆武许之。比至，则疲兵弱卒、朽甲钝戈，一无可为。德璟因叹息告病去。户部尚书李长倩以饷不继，忧愤而死。
吏部郎中赵玉成与尚书张肯堂同籍江南，疏言『臣等生长海滨，请以水师千人从海道直抵君山，袭取金陵，以迎陛下』。隆武大喜，亟催芝龙造艘；芝龙笑诺。会有上疏言水师诸臣宜留其家眷以防逃归者，事遂不果。
隆武决意亲征；二月，驻建宁。楚抚何腾蛟、江右杨廷麟皆疏迎隆武，隆武意欲往江右，犹豫不定；而芝龙固请回省：『省中人数万呼拥请还，不还则绝天下望』。因驻跸剑津。
任兵部尚书吴春枝留守，晋大学士；辞不受。
六月，吴炳自江右单骑入关；命以布政提调棘闱。以编修刘以修为主考，取中举人万瓒等百余名；犹雍雍太平象也。
皇子诞生，群臣表贺，有「日月为明、止戈为武」语；隆武嗟异。大赦、覃恩，郑氏厮养俱得三代诰。
诛鲁王使都督陈谦。谦奉使至关，趑趄不敢入；芝龙与之有旧，以书招之，乃入。陛见，启函称皇叔父、不称陛下，隆武大怒，下之狱。芝龙疏救，不听。谦，武进人。乙酉春，齎弘光诏封芝龙南安伯；比读券，乃误书安南。谦谓芝龙曰：『安南则兼两广，南安仅一邑耳；请留券而易诏』。芝龙大喜，厚赠而别；及半途而南京变。芝龙德之；故至是，力救。监察御史钱邦芑密奏：『陈谦为鲁心腹，且与郑至交；不急除，恐有内患』。隆武信之。或以告芝龙，芝龙谓刑人必经其门，临期救之更便。至夜半，内传片纸，别移谦斩之。芝龙闻知，伏尸而哭，极其哀；以千金葬谦，为文以祭，有「我虽不杀伯仁，伯仁由我而死」之句。
郑芝龙微闻钱塘信急，因疏称『海寇狎至，今三关饷取之臣、臣取之海，无海则无家，非遄征不可』。拜表即行。隆武手敕留之，曰：『先生稍迟，朕与先生同行』。使奉敕至河，而芝龙飞帆已过延平矣。芝龙既去，守关将施福声言缺饷，尽撤兵还安平。
浙东将士与清兵跨江相距，自丙戌春屡战不胜，各营皆西望心碎。王之仁上疏鲁王曰：『事起日，人人有直取黄龙之志。乃一败后，遽欲以钱塘为鸿沟，天下事何忍言！臣为今日计，惟有前死一尺，愿以所隶沉船一战。今日欲死，犹战而死；他日即死，恐不能战也』。三月，清兵驱船开堰入江，张国维命之仁统水师江心袭战。是日，东南风大起，之仁扬帆奋击之，国维督诸军渡江，清兵为之少却。会隆武使陆清源賫诏至江犒师，时马士英依栖方国安，因唆国安斩之，且出檄数隆武罪。国维闻之，叹曰：『祸在此矣』。四月，鲁王既斩闽使，恐闽发兵；又见杭州固守坚不可破，遂定议抽兵属国维西征；以余煌兼兵部尚书督师江上，而事不可为矣。清贝勒王侦知，遂屯兵北岸，用大炮击南营，适碎方兵厨灶，国安惧，叹曰：『此天夺吾食也』。私念隆武曾以手敕相招，入闽必大用；又清兵势重莫可支，于五月二十七日夜拔营走至绍兴，率马兵、阮兵以威劫鲁王而南。翌日，江上诸师闻国安走、郑遵谦移资入海，余俱溃散。惟王之仁一军尚在，国维与之仁议抽兵五千分守各营。之仁泣曰：『坏天下事者，方荆国也！清兵数十万屯北岸，倏然而渡，孤军何能迎敌？之仁有船可入海，公兵无船，速自为计』。国维不得已，乃振旅追扈鲁王。六月朔，清兵渡江。礼部尚书余煌大张朱书，尽启九门，放兵民出走；遂正衣冠，赴水死。国安、士英南行，谋以鲁王投降为入关计，乃遣人守鲁王；守者忽病，鲁王得脱，登海舶。闻国维行至黄石岩，因传命国维遏防四邑；遂过东阳，图治兵再举。清既入关，遂遁入舟山。清兵破义乌，众劝国维入山。国维曰：『误天下者，文山、叠山也；一死而已』。二十六日，清兵至七里寺。国维具衣冠，南向再拜，曰：『臣力竭矣』！作绝命诗曰：『艰难百战戴吾君，拒敌辞唐气励云；时去仍为朱氏鬼，精灵当傍孝陵坟』。从容赴园池死。兴国公王之仁载其妻并两子妇、幼女、诸孙尽沉于蛟门下，捧所封敕印北面再拜，投之水。独至松江，峨冠登陆，百姓骇谔聚观。之仁从容入见内院洪承畴，自称『仁系前朝大帅，不肯身泛波涛；愿来投见，死于明处』。命薙发，不从。八月二十四日，斩于市。兵部侍郎陈函辉，哭入云峰寺中，作绝命词八首。一曰：『生为大明之人，死作大明之鬼；笑指白云深处，萧然一无所累』。二曰：『子房始终为韩，木叔生死为鲁；赤松千古成名，黄蘖寸心独苦』。三曰：『父母恩无可报，妻儿面不能亲；落日樵夫河上，应怜故国孤臣』。四曰：『臣年五十有七，回头万事已毕；徒惭赤手擎天，惟见白虹贯日』。五曰：『去夏六月廿七，虚度一年世法；但严心内春秋，莫问人间花甲』。六曰：『斩尽人间情种，独留性地灵光；古衲共参文佛，麻衣泣拜高皇』。七曰：『手着遗文千卷，尚存副在名山；正学焚书亦出，所南心史难删』。八曰：『慧业降生文人，此去不留只字；惟将子孝臣忠，贻与人间同志』。又自作祭文一、埋骨记一，从容笑语自经死。礼部侍郎王恩任，不食死。太仆少卿陈潜夫，偕妻孟氏、妾孟氏，夫妻、姊妹联臂共沉河死。兵部主事叶汝囗〈艹〈木亘〉〉与妻王氏，同溺死。兵部主事高岱，绝食死；子诸生高朗，赴水死。通政史吴从鲁，不薙发死。原任山西佥事郑之尹，沉水死。诸暨诸生方炯、山阴诸生朱炜，俱赴水死。萧山诸生杨云门，自缢死。医生倪舜年，正襟危坐磁缸内，命掩覆朗声诵经死。清兵至金华，大学士朱大典固守，攻月余不下；用红衣炮破之，大典合门纵火焚死。总兵张鹏翼守衢州，标下副将秦应科等为清内应城破，鹏翼及乐安王、楚王、晋平王、督学御史王景亮皆被杀。马士英、阮大铖犹拥残兵数千请入关，隆武以其罪大，不许。士英计穷，遁至台州山寺为僧，为清将搜获；阮大铖迎降。贝勒俱令随内院办事。方逢年、方国安及刑部尚书苏壮，俱薙发投诚。
隆武自芝龙去后，乃议幸赣；故关门无一守兵，寂如也。清兵至，从容过岭。然清兵入闽，或出建、或由汀、或由福宁，俱走山谷间道出不意，不必定走仙霞也。
溃兵先奔者于路，焚掠为食；至建宁，科臣黄大鹏、按臣郑为虹闭城，发仓米、库银以犒赏，俱驩呼而去，一郡独全。清兵将至浦，百姓议请出降，郑为虹不可；再请，为虹执不可。清兵至，拥见贝勒；众迫跪，为虹不屈。贝勒嘉其节，不忍杀，且劝薙发；为虹曰：『负国不忠、辱先不孝，忠孝俱亏，我生何用！宁求速死，发不可断也』。明日，复召见，责输饷；为虹曰：『清白吏，何处得金』？百姓争欲代输赎其死，为虹曰：『民穷财尽，乌乎可』！因喷血大骂。贝勒下令斩之，为虹大喊奋跃，夺刀自刺胸不死，遂见杀。百姓为之立祠。黄大鹏亦同日殉难。
隆武闻清兵信急，遂决计幸赣。于八月二十一日启行，犹载书十车以从。二十四日，抵顺昌。传清兵已及剑津，且踵至；遂仓皇骑而奔。从行者，惟何吾驺、郭维经、朱继祚、黄鸣俊数人而已；何与郭亦散去。
清兵至顺昌，获龙扛搜之，得马士英、阮大铖、方国安父子及方逢年连名请驾出关为内应疏，在已降后。大铖方游山，闻信知不免，自投崖死；仍命戮尸。士英等四人，軿斩延平城下；家眷百余口，悉给赐兵丁。
清兵过延平而东，时隆武将入赣，因停一日晒龙凤衣。清兵追至，遂及于难；并擒曾后及保驾官朱继祚、黄鸣俊，械至福州，贝勒斩隆武及曾后于市。朱继祚勒令致仕，旋为乱兵所杀；鸣俊许授五品官，以老疾辞免。礼部尚书曹学佺、通政使马思理，俱自缢。
清别遣李成栋、韩固山略定兴、泉、汀、邵、漳州等处。
九月，清兵入泉州，德化知县陈光晋迎降；大学士蒋德璟绝食死。
既而汀、漳皆降，惟芝龙尚保安平，军容煊赫；战船齐备，炮声不绝，响振天地。贝勒知泉州乡绅郭必昌与芝龙最厚，因遣必昌招之。芝龙曰：『我非不欲忠于清，恐以立王为罪耳』。会清固山兵逼安平，芝龙怒曰：『既招我，何相逼也』！贝勒闻之，乃切责固山，令离安平三十里驻军；而遣内院二人持书至安平，书略曰：『吾所以重将军者，以将军能立唐藩也。人臣事主，苟有可为，必竭其力；力量不胜天，则投明而事，乘时建功，此豪杰事也。若将军不辅立，吾何用将军哉！且两粤未平，今铸「闽粤总督」印以相待。吾欲见将军者，欲商地方人才故也』。芝龙得书大悦，遂进表降。其子弟皆劝芝龙入海，曰：『鱼不可脱于渊』。芝龙不听。至福州，朝见贝勒，握手甚欢，折箭为誓；命酒痛饮，饮三日。夜半，忽拔营起，遂挟而北矣；明统云坠。虽有遗孽，不足纪矣。
