一名回来报捷的舰长向英国海军大臣汇报的第一句话就是：“报告，我们取得了伟大的胜利，但是我们失去了纳尔逊勋爵！”纳尔逊勋爵的遗体被保存在白兰地酒桶里运回英国，1806年1月9日官方在伦敦为其举行隆重的国葬。伦敦市中心的一个广场改名为特拉法尔加广场，以纪念这场伟大的海战。败军之将维尔纳夫曾获准参加纳尔逊的葬礼，之后他被释放回国，可是拿破仑对他的失败耿耿于怀，不想再召见他，无勋的维尔纳夫于绝望之中在雷恩的一家饭店里自杀身亡。他在遗嘱里辛酸地写道：“幸运的是，我没有孩子继承我这败将的臭名！”拿破仑对纳尔逊甚为推崇，特拉法尔加海战4个月后，他命令在所有法国军舰上都悬挂纳尔逊的画像，而且他还仿效纳尔逊的做法，命令每艘军舰都漆上醒目的大字“法兰西要求人人恪尽厥职！”
特拉法尔加海战后，帆船舰队又进行过多次交锋，但没有一次这样令人难忘，如此受人注目。特拉法尔加海战是一次真正的决定性战役，辉煌的胜利拯救了大英帝国，惨痛的失败使得法国海军一蹶不振，100年来的英法海上争霸战就此告一段落，英国舰队从此控制了海洋。拿破仑法国的海上贸易被迫停止，其海外领地也面临着英国的军事威胁。更为重要的是，英国现在可以从海上对任何一处陆地发起攻击，伺机打击拿破仑的薄弱环节。拿破仑征服英国的梦想由此成为泡影，他只好把目光转向东方，眼下的陆上敌人才是最迫在眉睫的威胁。
奇袭乌尔姆
在失去了一举击败英国的最佳时机后，拿破仑决定采用各个击破的战术，先打败反法同盟中最薄弱的一环——奥地利，必须在俄国援军赶到之前给予奥地利军队以毁灭性打击，然后再迎战俄军。他先前发出的要求奥地利军队恢复原来状态的最后通牒在9月3日被奥地利拒绝。
奥地利的如意算盘是，乘拿破仑进攻英国之机，进军南德意志和意大利，一举收复失地。为此，奥地利军队以意大利为战略重点，34岁的查理大公是奥地利最优秀的将领，他率领9.5万奥军，对驻守在意大利的法军采取攻势，以期夺回意大利北部地区。在南德意志方面，由斐迪南大公率部7.2万人，前进至多瑙河上游及其支流伊勒河一线，暂取守势，牵制法军，并等待俄国援兵的到来，在人数上获得可观的优势后再伺机向法国本土推进。斐迪南大公年方24岁，乳臭未干，实际指挥军队的是他的参谋长——53岁的卡尔·马克·冯·莱伯里希男爵，此人刚愎自用，率部独自向莱茵河一线冒进，却又想当然地以为拿破仑军队不可能很快到来。在蒂罗尔方面，约翰大公率部2.3万人，准备两面接应。
1805年7月，俄国同奥地利达成协议，决定出兵10万援助奥地利，以德意志地区为主战场。但是俄军行动迟缓，库图佐夫将军的部队8月下旬出发，要两个月后才能抵达目的地巴伐利亚，俄国人却还一厢情愿地以为他们会比拿破仑早到3个星期。此外另有俄国、瑞典、丹麦、英国和汉诺威组成的五国联军5万人，企图收复1803年被法国夺取的汉诺威，并进而侵入荷兰。俄国、英国还同那不勒斯拼凑了三国联军5万人，目的是将法军逐出意大利南部。
普鲁士则心怀叵测，它像英国一样敌视法国，但又暗中觊觎德意志地区的霸权，同奥地利有着不可调和的利益冲突。因此它一方面想参加反法同盟，通过战争来瓜分法国的领地，却又怕拿破仑先进攻它，一方面又暗地里希望法国教训奥地利，以成全普鲁士当上德意志的盟主。所以普鲁士王国政府蠢蠢欲动却又顾虑重重，最终采取了所谓的中立政策，实际上是想坐山观虎斗，视战局的发展决定下一步的行动。这种损人利己的企图事后证明是糟糕至极，结果搬起石头砸了自己的脚。
反法同盟诸国各怀鬼胎，行动却磨磨蹭蹭，而且他们还想尽量保密，可是拿破仑早已完全明白他们的意图。到了1805年8月23日，拿破仑眼看进攻英国无望，决定大军秘密东调，强行军500英里，从海峡沿岸转移到多瑙河这边来。法军取胜的希望就在于迅捷的行动和集中的兵力。敌军虽然人数众多，但是却很分散。拿破仑计划在俄军到来之前，法军主力在南德意志主战场实施战略奇袭，一举歼灭孤军冒进的斐迪南大公军队，而在意大利方面采取守势，牵制住查理大公的军队，不让他增援多瑙河方面。为此，他特意请出已退休的47岁的马塞纳元帅，让他指挥6.5万人的驻意大利法军，抗击查理大公。
拿破仑早已洞察奥普这两个德意志国家间的勾心斗角，对它们之间存在的矛盾知道得一清二楚。他丝毫不相信普鲁士政府所谓中立的诚意，并且认为普法战争是不可避免的，但他能巧妙地利用普鲁士的中立给法国造成的有利形势。拿破仑不想同时跟奥普两国作战，于是他先拿北德意志的小邦汉诺威作为诱饵，以使普鲁士继续保持中立。8月24日，拿破仑的宫廷大总管迪罗克将军前往柏林，与普鲁士国王腓特烈·威廉三世谈判，拿破仑表示愿意将法国刚兼并的汉诺威割让给普鲁士，贪婪愚蠢的普鲁士国王一下子就上钩了。接着拿破仑又写信给巴伐利亚、巴登和符腾堡这三个德意志选帝侯以及黑森·达姆斯塔特伯爵，对他们威胁利诱，要求他们同法国结盟，这几个国家勉强答应了他的要求。这样，拿破仑争取到了几个盟友，既可以在他们的领土上作战，还可得到他们军队的支援。不过在4万盟军中，只有巴伐利亚军队稍有战斗力。
拿破仑思维敏捷，行动快速，一旦计划制订，实施起来决不浪费一分一秒。他以骑兵作为大军的前卫，先期开赴莱茵河地区。8月29日，拿破仑最终发布了进军令，在英吉利海峡沿岸等候进攻英国的17万多法军精锐将要火速奔赴莱茵河-多瑙河地区。法军的编成如下：
第一军（贝尔纳多特元帅指挥）1.5万人
第二军（马尔蒙将军指挥）2万人
第三军（达武元帅指挥） 2.5万人
第四军（苏尔特元帅指挥）2.8万人
第五军（拉纳元帅指挥） 2.6万人
第六军（内伊元帅指挥）2.1万人
第七军（奥热罗元帅指挥）1.4万人
近卫军（贝西埃尔元帅指挥）6000人
骑兵军（缪拉元帅指挥） 2.1万人
全军共计20个步兵师、11个骑兵师，17.6万人，拥有286门野战火炮。近卫军是拿破仑的精锐部队，下辖几个团的步兵掷弹兵、步兵狙击兵、骑兵掷弹兵、骑兵狙击兵，两个骑兵宪兵连，一个在埃及招募来的骑兵连和一个意大利营。法国近卫军全由百里挑一、出类拔萃的老兵组成，战斗力很强，他们有薪金，吃得好，穿着特别漂亮醒目的军服，戴着高大的熊皮军帽，显得非常神气。加入近卫军是每一个法军士兵的梦想，在这支部队里可以接近他们日思夜想的皇帝，直接保卫他的安全。拿破仑对于这支部队也是非常珍惜，轻易不肯动用。
此时，最北面的第一军在汉诺威，奉命于9月2日出发，目的地是格廷根；第二军在比利时西南部港口布鲁日，目的地是美因茨；其后两军均要进至维尔茨堡，在那里与同盟国巴伐利亚的军队会合。在奥地利军队入侵之后，巴伐利亚大公带着他的军队退至维尔茨堡和班贝格，以等待法军的援助。第三、四、五、六各军以及近卫军和骑兵都在英吉利海峡边的布洛涅，将于8月27日出发，向位于斯特拉斯堡和曼海姆之间的莱茵河各渡口前进。第七军在大西洋港口布勒斯特，行程最远，它奉命在渡过莱茵河以后占领弗赖堡地区，以封锁黑森林的出口。
拿破仑还从集结在海峡边的法军部队中抽调兵力组成一支佯攻军团，由布律纳元帅指挥，留在原地迷惑英国，余部急速向莱茵河挺进。9月2日拿破仑离开布洛涅，“英格兰军团”摇身一变成了“大军团”，不渡海峡而是要准备渡莱茵河了。伦敦得救了，维也纳却要为此付出沉重代价。从海峡沿岸到莱茵河的行军距离为375英里，这在当时算得上是远距离的大兵团运动了。拿破仑的大军团以每天15英里的惊人速度急行军，9月25日渡过莱茵河，并继续向多瑙河上游地区前进，这是军事史上最伟大的战略机动之一。这支庞大的军队出发时每个士兵仅携带了4天的干粮，各军在行进途中就地获取粮秣给养，幸好所经之处都是富庶之地，而且正好秋收刚刚结束，法军补给无虞。
在开战前，拿破仑向奥地利发出警告，要求其部队恢复平时的状态，否则他将率10万军队进入巴伐利亚。但奥地利置若罔闻，9月3日，拿破仑的最后通牒被拒绝了。奥军斐迪南大公和马克将军的部队于9月8日侵入巴伐利亚境内，10日占领其首都慕尼黑，并继续向西进至多瑙河河畔的要地乌尔姆，可是他们对快速接近的法军竟一无所知，正好成了掉进拿破仑嘴里的猎物。
9月29日，拿破仑在斯特拉斯堡向全军将士发布了一个进军公告：
士兵们：
第三次同盟的战争开始了：奥地利军队已经越过莱茵河。它违反条约，进攻我们的盟友，并将之逐出他们的首都……你们自己曾不得不急行军，借以保卫我们的边界，但你们已经越过了莱茵河……只要我们还没有确保日耳曼集团的独立，支撑住我们的盟邦，使我们的非正义侵略者的狂妄行为遭到挫败，我们就不停止前进。我们将不再搞没有保证的和平，将不再让我们的仁慈贻误我们的政策。
士兵们！你们的皇帝正在你们的中间，你们只是这个伟大民族的先锋队，如果有必要，整个民族将按照我的号召，奋起捍卫国家，粉碎这个由英国的仇恨和黄金交织而成的新的同盟。但是，士兵们！我们还将急行军，还将忍受种种疲劳和匮乏。人们正在为我们设置障碍，我们将克服它们；只要我们还没有把我们的鹰徽插到我们敌人的土地上去，我们将决不休息。
这就是著名的公告《把鹰徽插到敌人的土地上去》，从此它成为法军官兵坚定不移的必胜信念。
拿破仑亲自率领大军团向斐迪南大公和马克的右翼迂回，意图切断位置突出的该部奥军与奥俄联军其他部队的联系。法军6个军以缪拉元帅的骑兵为前卫，快速越过南德意志地区，从四面八方像一只章鱼的触须一样伸向毫无戒备的奥军。贝尔纳多特的第一军和巴伐利亚军队在南下途中，不打招呼就通过了中立的安斯巴赫侯国领土，而该国恰好是普鲁士的附属国，结果招来普鲁士人的一片愤怒抗议声，要不是拿破仑赶忙致歉，差一点就要导致一场普法战争。
法军行动之快捷出乎奥军意料，等到得知法军的真实情况时，强大的法军已成排山倒海之势从他的右面压了过来。这时马克才感到有被切断后路和包围的危险，慌乱之中他命令分散的奥军向乌尔姆方向集结，企图固守待援，可这并不是什么好办法。他既不肯暂时退却，又未派重兵扼守多瑙河以阻止法军渡河，结果导致进退失据。俄军对法军的行动也是茫然不知，而且俄奥军队之间也没有什么联合行动的计划，所以远水救不了近火。
1805年10月8日，法军大部队安然渡过多瑙河，将前来阻击的一小股奥军击溃，然后转而向西，在韦廷根又将一个奥地利加强师打败，俘敌3800人。贝尔纳多特的第一军乘胜追击，于10月12日收复慕尼黑。斐迪南大公和马克面对优势法军，连战不胜，不得已躲进了乌尔姆，法军乘机切断他们退往维也纳的后路。为了防止敌人援军的迅速到来，拿破仑分出部分兵力监视，其他部队向乌尔姆步步进逼，包围歼灭战的重任交给了他的妹夫缪拉。马克眼看大事不妙，乘法军尚未合围，派一支2万人的军队将斐迪南大公护送出去，以免其被法军俘虏。法军在乌尔姆东北方向正好露出一个空隙，斐迪南大公就从这里突围，他置指挥大权不顾，率领一小队人马逃脱，马不停蹄一直跑到了数百英里之外的波希米亚地区，可其他人就没有这么好的运气了，护送他的2万人几乎被追击的法军全歼，试图向乌尔姆以南逃跑的一个师也在途中被消灭大半。马克6万多人的部队现只剩下一半左右。
10月13日，法军做好了总攻的最后准备，拿破仑向全军将士发布了一个鼓舞军心的公告：
军人们，一个月前我们在海峡沿岸扎营对付英国，但是一个邪恶的同盟迫使我们飞到了莱茵河。……要不是你们面前的这个敌人，我们今天就已经在伦敦了。我们就已经洗雪长达六个世纪的耻辱并恢复海上自由了。
军人们，明天将是一个比马伦哥大捷辉煌百倍的日子，敌人已被置于马伦哥战役同样的境地。你们在这次会战中的丰功伟绩定将流芳百世。
