随后，亚历山大率军向迦德罗西亚前进，所经过的地区大都是沙漠。沙漠里生长着许多没药树，树干上产一种树胶。沙漠里还产一种甘松根，又多又香。随军的腓尼基商人非常热衷于收集没药树树胶和甘松根。他们让骡子驮上这些东西走。沙漠里还生长其他一些奇怪植物，但亚历山大的部队行进在这样的沙漠里，逐渐陷入困境。路途坎坷，供应难筹，特别无法忍受的是，部队常常找不到饮水。部队人马不得不利用夜间赶路，以避开白天令人难熬的酷热。每晚长途跋涉在离海很远的地方。因为迦德罗西亚沿海完全是一片荒漠，亚历山大曾派人到海边考察一下，看看那一带有没有淡水和其他必需品，结果令人失望，那里淡水奇缺。这样就使亚历山大原来的计划落空了，因为他本来计划沿海边走，一路视察现有的海港，并尽可能地为海军创造一些方便条件，如挖井、准备抛锚的地方等。后勤供应组织的周到是亚历山大军事胜利的重要条件，但现在后勤供应陷入困境，亚历山大不仅无法给他的海军提供必需的物资，他自己率领的部队也严重地缺粮缺水。
粮食的匮乏已使粮食的分配无法正常进行。亚历山大来到迦德罗西亚境内的一处粮秣较充足的地方，搞到了一些食物。他下令把这些食物包扎起来，贴上盖有自己图章的封条，分配给各运输队，让他们运到海边去。饱受饥饿之苦的士兵，甚至警卫，竟在运送途中，划开加封的给养包，把食物分吃了。他们实在饿极了，已顾不上考虑这种行为是否会受到国王的惩罚了。亚历山大知道后，饶恕了这些犯法的人，并派部队到各处去尽量多搞一些粮食，只要是可以吃的，如椰枣和羊，都尽量多收买一些。
但是，这只是困难的开始，更可怕的归途在后面，对于某些人来说，归途将成为不归之路。到迦德罗西亚的首府还有一段漫长的令人生畏的路。从欧瑞坦地区出发，最后到达迦德罗西亚首府总共走了整整60天，多数人都认为，亚历山大的部队在亚洲所经历的一切苦难加起来，也比不上他们在这段行军路上所遭受的罪。事前曾有人告诉亚历山大这条路非常难走，从来没有谁率领部队走过这条路。有一个女酋长从印度逃跑时走过这条路，幸存者只有12人，居鲁士曾到过这里，企图侵入印度，结果由于一路荒无人烟，全军损失了绝大部分。据说，亚历山大听了这样一些传说后，反而激起了要和居鲁士一比高低的斗志，毅然决定走这条路。尼阿丘斯说，亚历山大走这条路，是因为海军舰队距这里不远，他可以有望得到海军给他提供的给养。不管出于何种原因，亚历山大走这条路是一个完全错误的决策，使原来一直组织得很好的后勤工作陷于瘫痪，使部队遭受了不必要的严重损失。
在迦德罗西亚沙漠，夜晚的温度也在35度以上，白天更热如火炉。巨大的流动沙丘使部队不断改变行军方向，沙土既深又烫，踩在上面就像受火刑，每迈出一步都非常艰难。酷热和干渴使大批人马倒下了，特别是随军的妇女和儿童，死亡的非常多。驮运重物的牲口大都因疲劳、干渴而倒毙了，没有倒毙的也被部队士兵杀了吃肉，然后报告说它们是累死的或渴死的。亚历山大虽然知道士兵杀牲口吃肉，也只能假装不知道，因为他知道大家都参与了这种犯罪活动。在这种极端困难的情况下，军队的团队精神也减弱了，病号和累坏了躺倒的人都无人照顾了，甚至没有人扶起他们前进。
这段路上的有些灾难完全出乎意料。迦德罗西亚这样一个干旱地区，在季风吹来时，却又暴雨成灾。有一天，部队好不容易找到一条有水的小溪，准备在旁宿营，半夜，没见天下雨，小溪却突然暴涨，洪水排山倒海般涌来，随军的妇孺大多被山洪席卷而去，亚历山大用的帐篷连同里面的一切也都荡然无存，残存的牲口竟被一扫而光。战士们好不容易才摆脱了洪水，保住了性命，但除了武器外，什么都没有了，有的甚至连武器也丢了。这次洪水造成的灾难可能不比沙漠小。
亚历山大在这可怕的归途中，在极端困难的情况下，显示了他作为一个伟大统帅应有的品质，和将士们同甘共苦，以身作则。在沙漠中行军，亚历山大和战士们一样，徒步前进，忍受着干渴和酷热。有一次，一支找水的部队在一个小得可怜的水坑，费了很大劲才淘出一点点水，然后他们飞快地跑回来，把盛在头盔里的那点水送给国王。亚历山大接了过来，向他们表示感谢。他虽渴得要命，却毫不犹疑地当着全军的面，把那点水泼在地上。他这一泼，赢得了全军的欢呼，大家心情振奋，好像都喝到了亚历山大泼出的那点水。
亚历山大不只是和将士们一样忍受着同样的苦难，而且能在看似无望的绝境中，保持信心，临危不乱，想方设法把部队带出困境。这支艰苦行进在沙漠里的军队，后来迷路了，狂风把一切可显示方向的标志都吹得模糊不清了，在茫无边境的大沙漠里，看到的只有沙丘沙岗，向导也不知应往哪里走。这时亚历山大显示了他的杰出才能，他亲自带领一些人前去探路，走到了海边，并在海边的砂石下面找到了清新的淡水，这真是救命之水，于是，亚历山大派人把全军都带了过来。部队就沿海岸走了7天，一路都有水喝。后来，向导认出了路，部队便又向内陆行进。
亚历山大终于率领部队走出了沙漠，到达了迦德罗西亚首府，部队在这里休息数天后，开始向卡曼尼亚进军。进入卡曼尼亚后，与克拉特拉斯率领的部队会合了。克拉特拉斯从印度返回，途经穆拉山口和坎大哈，一路并没遭遇亚历山大所遭遇的困难，虽也历尽艰辛，但部队和大象都顺利而安全地到达目的地。
尼阿丘斯率领的舰队，如同亚历山大艰难地在沙漠中跋涉一样，历尽艰辛地沿着海岸航行。那里的海岸一带尽是些不毛之地，人迹罕见，给养难寻。他们要不断登岸，筹集淡水和食物，开始他们还可得到亚历山大的帮助，后来，亚历山大自顾不暇，当然就顾不上他们了。和亚历山大一样，他们也常常缺粮缺水。舰队上岸寻找淡水和食物时，碰到过吃生鱼为生的、还生活在石器时代的莫克兰民族，并和他们打了一仗。在这种情况下，研究海岸、开辟航道的任务完全被抛在脑后了，舰队只是为生存下去而奋斗。特别使舰队害怕的是鲸鱼群。这些鲸鱼喷出小山高的水柱，可以毫不费力地把舰队的一些较小船只撞翻。每当碰到鲸鱼群时，尼阿丘斯就让船队像准备海战那样摆开，号角齐鸣，士兵高声呐喊，纷纷用长矛和长标枪向鲸鱼刺去，鲸鱼立即被吓得潜入水中。士兵们高兴得大声欢呼，赞美他们的司令的勇敢机智。由于大海神秘莫测，所以有各种怪异的传说。有一次，舰队驶近一个小岛，舵手说，这是太阳神的圣地，人只要登上这个岛就会无影无踪。尼阿丘斯根本不相信这是真的，他以希腊人惯有的勇于探索的精神，毫无畏惧地登上了这一小岛，用事实证明这一传说的荒诞不经，也提高了他自己在士兵中的威信。
尼阿丘斯离开印度河，航行了80天，到达了阿尔穆兹海峡，舰队在艾马尼斯河河口停泊，尼阿丘斯带领了几个人上岸，在卡曼尼亚的古拉什凯德找到了亚历山大。亚历山大见到他们时，见他们个个面黄肌瘦、蓬头垢面，还以为他的舰队只剩下这几个人了。当尼阿丘斯报告说，舰队已到达波斯湾，只损失了4艘船时，亚历山大欣喜过望，高兴得流出了眼泪。
三支大军终于会合了，亚历山大的远征军胜利地班师回朝了。不过班师途中付出的代价太大了，有人估计，死于荒漠和海上的人数有4.5万人，几乎是亚历山大整个军事力量的1/3。特别是亚历山大率领的那一路，出发时，连同随军人员，可能有4万之众，而生还的只有1.5万人。由于损失巨大，有人认为亚历山大所选择的回师之路是错误的。不过，对于亚历山大来说，他要征服沿海尚未征服的部族，开辟一条从印度河到两河流域的航道的目的基本达到了。尼阿丘斯不仅胜利返航，而且对沿途的历史和地理作了较为详细的记录，诸如天气、风浪、海潮以及沿岸的一些土著民族及其奇风异俗等都一一作了记述。可以说，尼阿丘斯第一次探明了一条尚未为人知的海岸，在东西方之间创出了一条海上通道，其意义是巨大的。
公元前325年年底，为了庆祝征服印度和胜利班师，亚历山大在卡曼尼亚举行了盛大的祭神活动和体育、文艺比赛。祭祀海神波塞冬、祛邪者阿波罗和赫拉克勒斯，向主神宙斯谢恩。庆祝活动持续了好几天，以至后来有人说，庆祝活动好像成了酒神节的寻欢作乐。
庆祝结束了，尼阿丘斯奉命率领舰队驶向底格里斯河。公元前324年年初，亚历山大派赫斐斯申率领大部分军队、运输队和象队经卡曼尼亚沿海去波斯，他自己则带领轻装步兵、近卫骑兵沿着通向波斯境内的帕萨伽代城的道路前进。就在6年前，他们第一次进入波斯，现在他们从印度返回这里，心中肯定充满了自傲、喜悦和不可一世的自豪感。但亚历山大的脑海中，除了自豪感，可能正在考虑如何巩固他的帝国和进行新的征服活动。
