在清政府大力提倡尊崇佛教政策鼓励下，藏传佛教（尤其是格鲁派）在西藏、青海、四川、云南、内外蒙古和五台山等许多地区，都得到了广泛的传播和大力的发展。
清朝时期，格鲁派教法在蒙古各部中的传播和发展达到了鼎盛阶段。清代蒙古流行的主流宗教是藏传佛教，其中又以格鲁派占统治地位。蒙古大漠南北寺庙林立，以多伦诺尔的汇宗寺、固阳的五当召（广觉寺）、库伦的甘丹寺（庆宁寺）最为著名。据统计，清朝中期，内蒙古地区的喇嘛约有15万人，清朝末期约10万人，约占男子人口总数的40%-50%左右，个别地区达到60%左右。内蒙古地区大小寺庙共有1800多座（参见德勒格：《内蒙古喇嘛教史》，内蒙古人民出版社，1998年，第152——153页）。藏传佛教在蒙古作为主流宗教文化而发扬光大，并且还对蒙古的文字创造、医学、艺术等文化发展产生过不容忽视的影响。
清政府采取的“兴黄教之所以安众蒙古”、扶持格鲁派的政策，也推动了藏传佛教格鲁派在内地的发展，使它在满族和汉族地区也迅速地传播开来。北京、承德山庄、五台山等地，均形成了有规模的藏传佛教寺院，并且极为兴盛。
随着格鲁教的势力在藏区的安多、康区及周边地区的发展壮大，它的教法也在这些地区生活的其他民族中传播并产生了深远的影响。
比如聚居在安多藏区腹地的土族，他们与藏族处于杂居状态。据《土族简史》记载，土族早期信奉藏族原始宗教——本教。到了元代，藏传佛教中的萨迦、宁玛、噶举等派相继在土族地区得以传播，15世纪以来，格鲁派也传播到了土族地区，并兴盛起来。随着格鲁派势力的扩张，它在土族地区就逐渐凌驾于萨迦、宁玛、噶举等派之上，由此土族人都改信格鲁派。
甘肃省祁连山北麓的裕固族，早在唐末、五代时期，就已经与藏族有了接触。元朝，藏传佛教中的萨迦派传播到裕固族中，被他们信仰。到了明代中期，裕固族也开始信仰格鲁派。自清代以来，格鲁派就成为了裕固族民众中最主要的信仰教派。据史书记载，清光绪年间，裕固族地区的格鲁派寺院达到10余座。
15世纪末，格鲁派传入了云南德钦、中甸、维西以及宁蒗永宁等藏族、纳西族和普米族地区。明朝中叶，格鲁派兴盛于这一带。到了清初，格鲁派在云南德钦、中甸、维西等地区已经有了相当的规模，并发展到了宁蒗永宁的纳西族等地区。从那开始，这一地区自称“纳日”的纳西族的信仰以格鲁派为主。不过，在格鲁派传入之前，噶玛噶举派从公元11世纪末至13世纪中期就已经在这些地区传播，而且在纳西族首领木氏土司家中获有极高的地位。因此，在云南纳西族地区也有很多民众信奉噶玛噶举派。
第七节藏传佛教各教派
一、宁玛派
宁玛派是藏传佛教中最古老的一派。“宁玛”在藏语中有“旧”或“古”的意思，藏传佛教的密宗有新密和旧密之分，这个教派以旧密传承为主。所以称之为“旧”，又因为它的教法传承非常古老，可以追溯到吐蕃时期，基本上继承了由莲花生、无垢友、贝若杂纳等著名学者传下来的秘密教法、修行方式和咒语咒术等，历史源远流长，所以称之为“古”。
虽然它的历史如此古老，但是在前弘期，藏传佛教其实并没有宗派之别，作为一支独立的宗派，宁玛派也是在后弘期才正式形成的。
（一）形成与发展
佛教密宗在初传入藏地时，由于当时的大多数人受文化和思想的局限还不能接受它，所以密宗的传播在当时是受到限制的。如在赤祖德赞和热巴坚的时代，就曾经严格限制密教典籍的翻译，那些已被译出的密典和一些已有传承的密法，也都只能秘密地传授。
不过，也正因如此，在朗达玛灭佛之时，那些密法仍能秘密地在修行者家中以父子兄弟相传的形式承继下来，没有间断。不过在此过程中，密宗有可能自觉或不自觉地渗入了某些本教的内容，总之旧密与11世纪以后翻译的新密有所不同。
传授这些旧密教法的修行者，在长达几百年的时间内都散居于民间，是宁玛派的主体力量。不过，最初他们既没有寺院，也没有僧伽组织，亦没有成系统的教义体系。
直到11世纪，“三素尔”——大素尔·释迦迥乃（1002——1062年）、小素尔·喜饶扎巴（1014——1074年）及其子卓浦巴·释迦僧格（1074——1134年）的素尔祖孙三人出现，他们把吐蕃时期传下来的密法分门别类，整理成体系，并加以弘扬。他们建立了邬巴垅寺，从此宁玛派才有了自己的寺院，并有了成规模的宗教活动。可以说，大素尔·释迦迥乃是宁玛派的奠基人，而小素尔·喜饶扎巴正式开宗，卓浦巴·释迦僧格则将它发扬光大，由祖孙三代的努力，宁玛派才正式成为了一个独立的宗派。
元末时期，宁玛派教法的集大成者、高僧龙钦饶绛巴将这个宗派的教义作了全面系统的整理、归纳，又以《龙钦七宝藏论》等名著将之发展和弘扬，扩大了宁玛派的宗教影响。龙钦饶降巴尊者到过不丹、印度，还在在不丹建立了塔巴林寺，后来宁玛派又从不丹传到了尼泊尔。
在第五世达赖喇嘛时期，宁玛派因受到他的支持而得到了较大发展。直到今日，它也是藏传佛教中规模和影响较大的一派。如今坐落在四川省甘孜藏族自治州色达县境内被称为“世界上最大的佛学院”的色达喇荣五明佛学院，便是由宁玛派高僧晋美彭措（1933-2004年）所创立的一所以宁玛派教法为主的藏传佛教新型佛学院。当代著名佛教高僧、不丹王室的前国师钦哲仁波切（1910-1991年），以及国内深受大众欢迎的堪布索达吉、慈诚罗珠、希阿荣博等上师，也都是出于这个传承。
（二）九乘判教法和大圆满法
宁玛派的“九乘判教法”是在藏传佛教中极富特色的判教方法。它把整个佛法分为九乘，即显宗三乘——声闻、独觉、菩萨，外密三乘——事续、行续、瑜伽续等，内无上三乘——摩诃瑜伽（大瑜伽）、阿鲁瑜伽（随类瑜伽）、阿底瑜伽（最极瑜伽）。其中，九乘教法之冠——最上一乘的阿底瑜伽，就是“大圆满法”。
大圆满法是宁玛派的特殊教法，它在宁玛派教法体系中有着至高无上的地位。所谓“大圆满”，是指一切众生都具有的本来清净和光明的心性，也叫做“自性清净心”或“自然俱生智慧”。它不仅是众生先天具有的成佛的潜在性，也是世间一切现象的根源和基础。
这种自性清净心无生无为，本来空寂，不可能用概念和逻辑的方法去获得对它的真实理解。它并非绝对的“空”，而是“体空性有”，是“光明”的觉性。它能显现一切染净世界，这些显现为染净的外境之自性是“空”。由于众生不了解实相，将性空之境执以为实，由此起惑造业，所以流转轮回。如果能真正地体悟自身本有的清净心性，了知现空无别，也就能知烦恼与菩提无二无别，从而彻底觉悟，解脱生死，达到光明圆满的境界、获得佛果——这需要经过对大圆满法的修行实践才可达到。
大圆满法又分为心部、界部、口诀部（或译为“教授部”）三部。心部注重体悟心性，通过直接观见心性的明空本净，现起自然智慧，从而解脱，成就法身。界部把一切法都视为“自然本智法性界”所显现的影像，偏重于明、空平分秋色，主张通过脱离心所思虑的对象去修“空”。口诀部认为，心部虽重视体悟心性，却没有了悟法性，执着于意察，界部虽主张平等修，但却执着于法性之意察，失之于空。口诀部则超越了前二者，将一切轮回涅槃之法都汇归入离空执的法性之中，因此没有轮回涅槃的分别，于这种超越二元两份的无分别境界中证得法性。
二、噶当派
噶当派是在宁玛派之后出现的一个较早的教派。藏语“噶”字是“佛语”的意思，“当”字意为“教授”或“教诫”。按照《土观宗派源流》的说法，“噶当”要表达的意思，是把佛的一切言教——三藏教义，全都无一遗漏地摄入到阿底峡大师的“三士道”的教授之中，作为修习。
（一）创建和发展
噶当派尊奉阿底峡大师为开派祖师，他写的《菩提道炬论》奠定了噶当派的思想基础。
阿底峡大师在西藏传法12年，培养了众多著名的藏族弟子。其中，对噶当派的形成和发展做出了巨大贡献的有三大弟子——前藏的库敦·尊智雍仲、俄·勒贝喜饶和仲敦巴·杰威迥乃，其中又以仲敦巴·杰威迥乃最出名。
1054年，阿底峡大师圆寂，大弟子仲敦巴成了大师众弟子的首领和师长。1057年，仲敦巴在热振地方创建了热振寺，这个寺院成了当时专门宣扬阿底峡大师佛学观点的唯一道场。仲敦巴以这个寺院为根据地，正式创建了噶当派。
到了仲敦巴弟子们的时代，噶当派得到很大发展，普琼哇·讯努坚赞、博多哇·仁钦赛、坚阿哇·慈臣拔等“同门三兄弟”以及朗日塘巴、夏尔哇、加玉哇等人让这个教派发扬光大，而且还建立了噶当派的三大教法传承——教典传承、教授传承和教诫传承。
这个教派的教法传播很广，藏传佛教各教派都接受过它的影响。到了15世纪，宗喀巴大师以这个教派的教义为基础，创立了格鲁派，然后，原噶当派的僧人和寺院都先后改宗格鲁派，“噶当派”就从此消失了。
（二）“三士道”理论
噶当派教法的主要依据是阿底峡尊者的《菩提道炬论》。它主张先学显宗，后学密宗，并且根据修习佛法者的不同根器，提供了三种不同的修习途径，这就是噶当派著名的“三士道”法。
《菩提道炬论》把人按照根器的不同划分成了三大类：
“下士”、“中士”和“上士”。“下士”只求今世的利乐，不知轮回之苦，也没有要脱离轮回的愿望；“中士”深知轮回之苦，但是只求自我的解脱；“上士”不仅寻求自我的解脱，而且发愿普渡众生，具有广大的利他心愿。
这三类人学习佛法的动机不同，所修的佛法也就不同。“下士”为了获得今生或来世的善果而学佛，对应的佛法是“人天乘”；“中士”只追求自我的解脱，对应的佛法是“小乘”，并且，根据修行的方式，从中又分为“声闻乘”（由听佛说四谛法的音声而获得证悟的人）或“缘觉乘”（又称“独觉”，指世间没有佛的时候，靠自己观修缘起性空而获得证悟的人）；“上士”是为了利济众生而学佛，对应的佛法是“大乘”。这三乘的修行之道也就是下、中、上“三士道”。
“下士道”要求修行者珍惜人身、皈依三宝、止恶行善，由此集聚福德，远离地狱、饿鬼、畜牲道的“恶趣”之苦，获得人、天的“善趣”利益。但是，这种利益只是相对的、暂时的，如果要获得绝对的、永恒的解脱，就必须脱离轮回，必须行“中士道”——这就要求修行者在下士道的基础上修四圣谛、十二因缘，修学戒、定、慧三学，最后达到涅槃。但是，如果想要让广大的众生也获得解脱，那就只有佛才能做到，所以就要修习“上士道”法，发菩提心，作菩提行，为了利益众生而成佛。
三、萨迦派
藏语“萨迦”的意思是“灰白色的土”，这个教派的主寺建立在一个灰白色的山坡上，所以名为“萨迦寺”，教派也由此而得名。
（一）创建与发展
昆·贡却杰布（1034——1102年）是萨迦寺的修建者，不过，萨迦派是在他的儿子贡噶宁布（1092——1158年）主持萨迦寺的48年中才真正发展起来的。所以，贡噶宁布被后人推崇为“萨迦五祖”的第一祖，他才是这个教派的创始人。
萨迦第二祖索南孜摩（1142——1182年）是贡噶宁布的次子，三祖扎巴坚赞（1147——1216年）则是贡噶宁布的第三子，四祖是贡噶宁布的第四子贝钦沃波的儿子贡噶坚赞（1182-1251年），他也就是历史上赫赫有名的萨迦班智达，而五祖则是萨迦班智达的侄子——著名的八思巴（1235——1280年）。
在萨迦四祖时期，萨迦派取得对西藏地方行政事务和宗教事务的统治权，并且使藏传佛教开始向元朝传播。在萨迦五祖时期，八思巴被元世祖忽必烈封为国师、帝师，领总制院事，管理西藏地方政教事务，萨迦派也由此成为元朝在西藏统治的代表。在八思巴之后，萨迦派还先后出现了十几位帝师，在元代可以说盛极一时。
到了元朝中后期，随着蒙古统治势力的削弱，萨迦派的势力也日渐衰落，并且它的内部矛盾也逐渐发展，后来分成了细脱、仁钦岗、拉康、都却4个拉章，各领属民、土地。与此同时，帕竹噶举的势力逐渐强大，最终在元末明初时将萨迦派在西藏的统治权取而代之。
从那之后，萨迦派在政治上的势力逐渐减弱，但作为一个宗派，一直都在续传着。如今不丹王室的国师、当今著名的藏传佛教高僧宗萨蒋扬钦哲仁波切，就属于萨迦派传承。
（二）核心教法——道果法
萨迦派的教法和理论非常杂多，有的人以中观自续派的观点为主，有的人则持中观应成派之见，还有持唯识之学和觉囊派见解的人，另外，也还有许多人推崇宁玛派的大圆满法。不过，萨迦派自身所特有的核心教法叫做“道果法”。
道果法在总体上分为显宗和密宗两个方面。
显宗的理论传承又分为两个方面：跟随龙树的教授和跟随弥勒的教授。
