既然国家的安危系于军队的强弱上，而军队的强弱在很大的程度上又取决于将帅的素质和才能，那么选择将帅之重要就可想而知了。所谓“千军易得，一将难求”，说的就是对将帅选择的重要与要求之严格。诸葛亮对将帅的选择，与他治国举贤授能一样，注重德才并重。德，就是良好的道德，这里面包括对国家的忠诚，处事以公的原则，同时也包括爱民的思想。眼里如果没有老百姓，处事不考虑民众利益的将帅，他就不是国家的良辅，就没有资格当军中的主帅。才，就是要求作为将帅要精通军事，懂得谋略，善于打仗。
在蜀国，能够称得上合格的将帅，在诸葛亮的心目中并不多。从《三国志·诸葛亮传》中所叙，以及《出师表》中所涉及的，只有将军向宠和后来担任蜀汉主帅的姜维，诸葛亮才认为他们够称得上是德才并重的将帅，可见他对将领的选择要求之严。
对军事将领全面军事素质的要求，集中体现在下面的一段话中：
一个将领要审知天时与地利，更要注意人和，要关心和爱护部属；既要熟悉各种攻防兵器，擅长运用掌握，又要注重赏罚公正严明对士卒作战勇敢与否所起的作用；要洞察敌人的阴谋，善于掌握敌人的动向，要了解进军路上的险阻，何处安全，何处危险，要变被动为主动；进军和退却，要掌时机；防守要充分部署、提高警惕，进攻要加强力量，扩大声势；攻与防，都一定要积极发挥士兵的作用；对成功和失败都要充分估计到，要争取尽量减少伤亡。（原文见《诸葛亮集·文集》卷3）
总而言之，诸葛亮强调：一个优秀的将领，一定要深谋远虑，要集思广益，切不可独断专行。
在具体治军的方法上，诸葛亮采用礼治和法治相结合的办法。
所谓礼治，就是用儒家思想进行教育。诸葛亮在治国治军方面，最反对“不教而诛”。平时要重视教化，对军队要在思想上用礼义忠信的封建伦理观念武装将士们的头脑。为什么要这样做？诸葛亮解释说，从军事观点上讲，一个将帅能够“善养士卒”就可称得上是“仁”；将士如果能“以身殉国”，就是“忠”；不为利禄富贵所动摇，就是“义”；胜利了不骄傲，不居功，是“礼”；能够“奇变莫测，动应多端”，就是“智”；“赏不逾时，刑不择贵”，就是“信”。能够做到忠、义、礼、智、信的军队，就是一支战无不胜的军队（以上见《诸葛亮集·文集》卷4）。
以法治军，就是强调要以典型、赏刑来警戒官兵。如果说礼治是务虚的话，那法治就是务实的了。在诸葛亮看来，厉行法治是军队的法宝，他说：“一个作将帅的，统率着百万的军队，要使这么多人束肩敛息，躬身并足，集中注意力，连大气也不敢出，连头也不敢抬起来服从命令，靠的是什么呢？靠的是法制。”（原文见《诸葛亮集·文集》卷4）如果“赏罚不明，法令不信”，即使有“百万之师”，也是“无益于用”的。诸葛亮非常推崇先秦军事家孙武、孙膑等人，赞赏他们在治军之中执法严明的作风。他认为，将士作战立了功，就要按功劳的大小给予奖赏，如果违犯了军法，那就不管他地位有多高，平时对他多亲近，也要依法处罚。著名的例子，就是忍痛挥泪斩马谡。马谡违犯军令，失了街亭，被处以死刑。当时蒋琬到汉中对诸葛亮说：“天下未定，杀掉智能之士，岂不是很可惜吗？”诸葛亮回答：“孙武之所以能够制胜天下，就是靠他严明的军法。现在刚刚和敌人交战，就因人而使军法受到破坏，怎么能够去讨贼呢？”（原文见《三国志·蜀书·马良传》裴注）可见诸葛亮对以法治军的态度是相当坚决的。法治对于诸葛亮本人也不例外，当第一次北伐失败时，他上疏承担责任，自贬三级。
在用“礼”与“法”治军的同时，诸葛亮还十分注意对军队进行技术训练，即重习练。他说：“一支经过高度习练的军队，如果由一个才能不高的将帅来指挥，不见得就会失败；如果一个很有才干的将帅，统率的是一支没有训练的军队，也很难取胜。”
对军队具体的的技术训练中，诸葛亮要求将士要掌握行军、作战、屯驻的要领，懂得进退攻守的次序，发挥各种兵器的效用。他还在军队中提倡互教互学的训练风气。他说：“一人可教十人，十人可教百人，百人可教千人，千人可教万人，万人可教三军，然后教练而敌可胜矣。”
正因为诸葛亮以“礼”、“法”治军，军队训练有素，阵容严整，因而蜀军的战斗力是比较高的。纵观蜀军在历次北伐战斗中，胜多败少的情况来看，诸葛亮治军的成效应该是很卓著的。
诸葛亮在治军方面，还有值得一提的方面，这就是史传上所称的“长于巧思”。这是指诸葛亮在改进兵器和运输工具方面有所创新，创造性地发展和丰富了古代的兵法阵图，在军事科学方面有一定的贡献。
弩，是一种用机械力量射箭的兵器。诸葛亮改进人连驽，称之为“元戎”，这是一种杀伤力很大的劲弩。1964的年，在成都附近出土的蜀汉铜弩机，证实了是经过诸葛亮改进的人连弩的一种。
木牛、流马都是木制运载工具（主要用来运载粮食）。木牛是一种木制独轮车，在汉代以前就有了，汉代称之为鹿车。诸葛亮据此把它改进成“一脚四足”的木牛。木牛大体上可载一人一年的吃粮（约600多斤），每天可走20里地。在木牛的基础上，诸葛亮又加以改进，制成了流马。流马是木制四轮小车，行走的速度比木牛快，也较平稳，适合蜀国山地的运输。木牛、流马都是用人力推拉，不用铡草喂牲口，对解决蜀国向前线运输粮食起了不小的作用。
八阵图就是八种阵形变化之法。早在春秋战国时期就有“八阵”的名称，如《孙膑兵法》中就有“八阵”、“十阵”等篇目。诸葛亮很讲究阵法，他的八阵图就是在学习继承古代兵家的布阵之法的基础上创新出来的，在实践中，确实使魏军吃了不少苦头。
诸葛亮八阵法之详细内容，没有留传下来，后来有的书上绘制了八阵图，大多是后人的伪作。相传诸葛亮曾经聚石为八阵图，以此来训练军队。石垒八阵图的遗迹现存有三处，一在今陕西省勉县南，一在今四川省奉节县南江边，一在今四川省新都县的牟弥镇。哪一处是真的，哪一处是假，尚无确论。其实不管是真是假，由于年代久远，现从遗址中也无法探究出诸葛亮八阵图的具体面貌。
诸葛亮创制的八阵图对后代影响很大。唐代的军事家李靖，在精研八阵图的基础上，又创制出六花阵法。唐代杜甫在观看奉节江边的八阵图遗址之后，写下“功盖三分国，名成八阵图。江流石不转，遗恨失吞吴”的诗句，来抒发对诸葛亮的怀念之情。
七擒孟获南抚夷越
在叙述“七擒孟获”故事之前，必须先介绍南中叛乱的由来。
在蜀汉管辖的南中地区（辖境包括今天云南、贵州和四川南部一带），自古以来被称之为“夷越之地”，居住着叟、青羌等多种少数民族。东汉中后期，政治腐败，贪官污吏横行，对人民横征暴敛，南中各民族也深受这种暴虐统治之害。哪里有压迫，哪里就有反抗，东汉统治者对西南各族人民的压迫和剥削，激起了各族人民的多次反抗。虽然每一次起义和反抗，都被统治者残酷镇压下去，但斗争风云总是此起彼伏，从未间断。
面对东汉时期这种民族矛盾尖锐复杂的情况，诸葛亮早在《隆中对》中就提出了“西和诸戎，南抚夷越”的民族和睦方针，认为这是刘备集团占据益州后巩固内部、求得发展的重要前提之一。刘备入主益州之后，先后派了“轻财果毅”的邓方和处事干练的李恢为南中地区主政长官。由于他们很好地执行了诸葛亮的“和抚”政策，注意不过重剥削压迫少数民族，约束了地方官吏和豪强的霸道行为，在一定程度上得到了南中各族人民的支持和拥护，缓和了当时尖锐的民族矛盾，蜀汉政府对南中地区的控制也得到了加强。
但是蜀汉政府的“和抚”政策，都遭到一部分蓄意制造分裂的汉族豪强地主和少数民族“夷帅”的抵制和反对，他们蠢蠢欲动，伺机发动叛乱。
就在刘备病死不久，益州郡（治所在今云南省晋宁县东）豪强地主雍闿乘蜀汉力量削弱的时机，发动了大规模的武装叛乱，杀死了当时的太守正昂，又抓了继任太守张裔，把他押送给东吴。此时东吴也公开声援这股叛乱势力，任命雍闿为永昌太守。东吴的插手，使南中的局势更趋复杂化。
接着，越巂（治所在今四门省西昌东南）少数民族贵族高定、牂牁（今贵州省西部）太守朱褒也跟从雍闿，起兵反叛。雍闿又拉拢当地另外一个少数民族首领孟获，并制造谣言，挑拨民族关系，使不少人受欺骗而参加到叛军中去。这么一来，除永昌郡以外，叛乱几乎席卷了整个南中地区。
雍闿等人的叛乱，给蜀汉政权造成了严重的威胁。面对这一局面，诸葛亮头脑十分冷静。他一方面对南中采取“抚而不讨”的策略，积极做说服争取的工作，一方面着手恢复和加强吴蜀联盟。虽然在刘备病死之前，吴蜀已经基本讲和，但相互之间并不信任，东吴向魏国称臣，且又公然支持雍闿的叛乱，更是表示了不友好的态度。为了避免蜀国两面受敌，诸葛亮感到与东吴修复和好是当务之急。只有修复和加强吴蜀之间的联盟关系，解除来自东边的威胁，才能有利于南中平叛和以后的北伐曹魏。
就在刘禅继位当年（公元223年），诸葛亮派了具有卓越外交才能的邓芝出使东吴，经过邓芝的不懈努力，孙权终于断绝了和魏国的关系，而重新和蜀国结盟，同时派遣使臣回报蜀国，从此吴蜀正式言归于好，这种结盟的关系，一直保持到蜀汉被灭亡。
蜀吴重新和好联盟，蜀汉内部经过一番整顿也已稳定。此时又传来了魏文帝曹丕兴师复征东吴的消息，这真是一个平讨叛乱的好时机。蜀汉建兴三年（公元225年）春天，诸葛亮率领大军，浩浩荡荡，向南中进发。
临出发时，参军马谡前来送行，诸葛亮向他征询破敌之策，马谡建议说：
南中凭借地势险要且僻远，不服从朝廷已经很久了，即使今天收复了他们，大军一退，他们还会继续叛乱。用兵的道理，在于攻心为上，攻城为下；心战为上，兵战为下。希望丞相不要专用武力，采取安抚的办法，使他们心悦诚服，从而消除后患。
马谡这一番话，甚合诸葛亮的心意，立即把它采纳，作为平南的根本策略。
蜀军分成3路前进：东路军由马忠率领，进攻牂牁郡；中路由李恢率领，进攻益州郡；诸葛亮率领西路军，直扑越巂。蜀军具有极强的战斗力，叛军根本不是对手。不久，西路军一举消灭了高定的叛军，收复了越巂。与此同时，东路军也打败了朱褒，攻进了牂牁郡。东西两翼的叛乱武装被肃清之后，三路大军在诸葛亮指挥下，分别直捣叛乱的最后据点益州郡。
这年5月，诸葛亮率军渡过了沪水（今金沙江），进入了益州郡。此时前来与高定会合的雍闿在内江中已被高定的部下所袭杀，孟获做了叛军的主帅。孟获在益州地区很有威望，那里的少数民族和汉人都很听他的话。诸葛亮决心对这位少数民族首领采用“攻心”战术，使他心悦诚服，以改变南中时常“叛乱”的局面。于是他命令将士要生擒孟获，不准杀害。
当孟获在盘江上游（今云南省曲靖市地区一段）要和诸葛亮决一雌雄之时，第一仗就被生擒活捉。诸葛亮好言抚慰他，还布列营阵，带他参观，然后问他说：“你看我们的军队怎么样？”孟获虽然被擒，但内心还是很不服气，他傲慢地回答说：“原本不知你们的虚实，所以打了败仗。今天承蒙赐观营阵，看起来也不过如此。若是能放我回去整兵再战，我是一定能够打败你们的。”诸葛亮听了，知道他不服，就笑着把他释放，并叫他整顿兵马，再来决战。
孟获回去集合部众，又来战斗，结果还是兵败被捉。就这样，诸葛亮对孟获一连纵擒达七次之多，在最后第七次诸葛亮释放孟获时，孟获既钦佩而又感动地说：“丞相天威，我们南人决不再造反了。”
诸葛亮降服了孟获，继续统兵南下，不久，蜀军六路大军在滇池会师，至此，叛乱全部被平定，南中战事基本胜利结束。诸葛亮对孟获“纵擒”是“攻心”政策的具体体现，是诸葛亮采用军事和政治相结合方针的胜利。在此次南征中，诸葛亮的军队纪律严明，禁止烧杀抢掠，注意搞好同当地少数民族的关系，在坚决打击叛军主要头目中的死硬分子的同时，争取次要而有影响的头目。正因为如此，蜀军从春天三月出兵，至秋天“遂平四郡”，用了不到半年的时间，就把长达两、三年之久的反叛势力剪除。在这么短的时间内，取得了这么大的胜利，这是与诸葛亮采取“攻心为上”的用兵方略分不开的。“七擒孟获”的故事，确实称得上是战争史上的一段佳话。
平叛胜利结束，蜀军全部撤回成都。为了争取少数民族首领和蜀汉政府合作，诸葛亮尽量录用当地各方面有影响的上层人物，让他们担任南中地区各级政府官吏。对于其中威信较高、实力较强的首领，诸葛亮还把他们带回成都，给他们很高的官职，如孟获就在蜀汉朝廷中担任了负责监察之御史中丞。诸葛亮这么做，就是为了增强民族团结，以便更好地治理南中，无疑也是对东汉以来汉人统治少数民族、实行残酷压迫的弊政的改革，其历史意义不容低估。
