至正十六年，朱元璋火力全开大破蛮子海牙于采石，三月进攻集庆，活捉陈兆先，降其众三万六千人。
为了彻底收服众降将，元璋从这三万六千人中挑选了五百壮士加入自己的护卫亲军。
之后，又击败元兵于蒋山。集庆统帅御史大夫福寿战死，蛮子海牙逃跑，归附张士诚。元军水师将领康茂才投降。
元璋入城，召集官吏父老训话：元廷政治腐败，干戈四起。大军此来为民除乱，万望诸位安于职守。贤士吾以礼相待，元廷旧政有不适者，一律改之，官吏职位俸禄照旧，不许贪赃枉法，祸害百姓。（地方基层官员全部留任）
元璋改集庆路为应天府，征召夏煜、孙炎、杨宪等十余人，葬御史大夫福寿以表彰其忠。
此时，元将定定扼守镇江，别不华、杨仲英屯扎兵宁国，青军张明鉴占据扬州，八思尔不花驻守徽州，石抹宜孙守处州，其弟厚孙守婺州，宋伯颜不花守衢州。
此时倪文俊也在大杀四方：攻常德路，总兵官俺都剌遁。又占澧州路。再下池州，卜颜帖木儿收复池州，再攻池州，卜颜帖木儿卒。攻衡州路，元帅甄崇福战死。攻岳州路，杀威顺王子歹帖木儿。
而张士诚攻占平江后，想拿下杭州。驻守杭州的江浙行省丞相达识帖睦迩求救于驻守嘉兴的杨完者，并许以高官。
张士诚派张士德率兵数万人攻取杭州，达识帖睦迩弃城逃走，并传令杨完者夺回杭州城。张、杨大战于杭州，经数日激战，“士德大溃，收拾残兵，十丧八九”。
杭州被夺回，张士诚派张士信、史文炳率水兵数万，沿运河北上，兵临嘉兴城。杨完者将张士诚所部诱至峡谷，苗军埋伏于两岸，把备好的火把投入敌船，风助火势，苗军趁机出动，。“斩首七千，俘虏数千，张士信以伏水遁还”。
苗军威震东南，扩军二十万。元廷升杨完者为江浙行省右丞、骠骑将军。杨完者以功自骄，求娶庆童闺女。庆童不许，但苗军势张，达识帖睦迩强为主婚，庆童不得已，被逼嫁女。
趁张士诚在杭州与元军死磕，徐达进取镇江，邓愈攻克广德。元璋自领吴国公，设江南行中书省，自领省事。以李善长为参议官，郭景祥、陶安为郎中，各分房掌事。置前、后、左、右、中翼元帅府。
又让杨宪送文书给张士诚，张士诚很气，扣下杨宪，带兵进攻镇江。徐达率兵将其击败，包围常州（此时是张士诚地盘），元璋到镇江，拜谒夫子庙。派儒士告知父老，勤于农桑。
张士德驰援常州，徐达伏兵破之，俘虏张士德。
士诚以粮二十万石、金五百两、银三百斤和杨宪换张士德。元璋数其挑衅之罪，索粮五十万石。士诚不与。徐达攻克常州。
张士诚无奈，让蛮子海牙与周仁持书，投降达识帖睦迩。达识帖睦迩乃拜士诚太尉，士信枢密同知，然士诚自擅土地，城池府库甲兵钱谷皆自据如故。
