空前绝后的军事大帝国
《提尔西特和约》的缔结使拿破仑一跃而成为欧洲大陆最大的独裁者，达到了历史上任何一位统治者都未曾有过的高不可攀的权力顶峰。通过一系列扩张战争，拿破仑重建并扩大了昔日查理大帝的光辉霸业，其疆域广阔无比，西起大西洋，北达波罗的海，南至意大利半岛的靴尖，东端则已伸展到了巴尔干半岛的达尔马提亚海岸。拿破仑拥有四顶头衔，他不仅是法兰西帝国的专制皇帝，还是意大利国王，莱茵邦联（萨克森也参加进来）的保护者，瑞士的统治者。他对下述这些地区同样有着绝对的发号施令权：比利时、西德意志、皮埃蒙特和热那亚已被纳人了法兰西大帝国疆域内；在荷兰，他委派了弟弟路易做国王；在那不勒斯，国王是他的兄长约瑟夫；在德意志中北部地区，他建立了一个威斯特法利亚王国，交给他的另一个弟弟热罗姆治理；在过去从属于奥地利的大片七地，他夺来后交给了自己的附庸巴伐利亚国王；在欧洲大陆北部沿海地区，汉堡、不来梅、吕贝克、但泽和柯尼斯堡等重要贸易港口都在法军占领之下；在波兰地区，驻扎着达武元帅的占领军，拿破仑把新成立的华沙大公国交给另一个附庸和奴仆萨克森国王。此外，地中海上的爱奥尼亚群岛和达尔马提亚海岸也属于拿破仑。在欧洲传统强国中，普鲁士只剩下很小一部分领土，从昔日的一等欧洲强国沦落为拿破仑的小唆up，对他的每一句话都是心惊胆战；奥地利屡战屡败，此刻也是不声不响，表示顺从；俄国刚刚与法国结成同盟；只剩一个英国还在继续进行斗争。控制如此庞大的帝国，驾驭如此众多的民族，这不是一般的统治者力所能及的，而对拿破仑这样一个军事天才来说，抬理比征服更难。他的策略很简单，就是在武力基础上的掠夺和压榨。
从法国人民和其他被奴役的国家人民那里残酷榨驭来的帝国收人每年可达7.5亿至7.7亿法郎，足够补偿拿破仑的巨额支出，连庞大的军费开支也可一并报销。
意大利算是不依附于法国的“独立”王国，每年也要缴纳给法国3600万金法郎。至十管理意大利的费用，则从意大利王国的财政收人中特别拨款开销。拿破仑的继子欧仁·德·博阿尔内作为意大利的地方长官，代行管理之职，其称号是副王。驻扎在意大利的法国军队，更不用说，是意大利出钱维持的。拿破仑直接或间接统治的其他国家也得付出这类费用，也就是说，驻扎在别国的法国占领军是由被占国家人民养活的。拿破仑用强索战争赔款和征收各种苛捐杂税的办法从被征服国家掠夺了大量的黄金。
拿破仑对于随侍左右的文官武将十分慷慨。在签订《提尔西特和约》之后，他赏给达武元帅100万金法郎，赏给内伊元帅将近30万金法郎的终身年金，贝蒂埃元帅获得了50万金法郎外加40.5万年金，其余替他卖命的元帅和将军不管功勋大小，也一律大加稿赏，加官进爵。
外交大臣塔列朗、警务大臣富歇和财政大臣高丹等人得到的赏赐虽比不上出生人死的元帅们多，但也是够丰厚的。近卫军和军队中所有实际参加战斗的军官，都得到了奖赏，很多人还得到了优厚的年金，负伤的比未负伤的多得两倍。但是这种慷慨行为并未使法国国库多花费一个法郎，因为除了战败国要向战胜国法国偿付大量赔款之外，拿破仑还对这些国家征收特别的苛捐杂税，数额可达几千万，例如从威斯特伐利亚王国征收4000万，从汉诺威得到的土地金2000万，从波兰征收3000万至3500万等等。这些款项根本不是通过国家预算而是依靠赏婪的剥削得未的，都由他个人任意支配他从这一笔笔别国人民的血汗钱中拿出很大一部分来搞赏自己的亲信，剩余的钱则储存在杜伊勒里宫的地下室内。据他自己说，1812年他在那里存有3亿金法郎他的宫廷费用，亦即他的正式的皇室生活费用，数目为2500万法郎，是由法国国库支村的，但比起那些由他完全支配的无限制的巨额不义之财而言。实在是微不足道。拿破仑声称：“战争应该以战养战。”这成了他的帝国和他的军队严格遵循的原则，奴役剥削被占领国家的辩护词。
因此，在拿破仑手里有一种非常特别的、每年都要由被征服国家交给他支配使用的几千万法郎收入，他把这些钱很慷慨地分送给自己的部下。但是元帅将军们得到这些巨额的赏赐，却使他们产生了追求荣华富贵的安逸生活的愿望，因为此前他们整个一生几乎都是在连绵不断的战争中度过的，现在他们要享受生活的美味佳肴，不可避免地对枯燥乏味的军营生活表示厌烦，由此他们变得越发的懈息骄横。军事才能开始严重退化。在金钱的滋养下，拿破仑的朝廷沉溺在奢华的生活中，旧贵族和新贵族互相比赛宴会、筵席和舞会上的阔气。暴发户们挥金如土，外国和附庸国的王公贵族络绎不绝地前来朝见法兰西皇帝，长期居住在世界的首都巴黎，花掉大量的金钱。这是一个永不间断的光辉节日，儿尔赛宫、卢佛宫、杜伊勒里宫、爱丽舍宫、圣克卢宫、枫丹白露森林、马尔梅松夏宫……处处装饰得如同童话里的仙境。法国在旧制度下都从来没有过这种金碧辉煌的景象，从来没有过这么一大群浑身珠光宝气的红男绿女穿梭于宫廷之间。但是在穷奢极欲的狂欢声达不到的宫廷深处，幽静的内室里，他们的君主却依然在俯视着一张军事地图，他的眼中又有了下一个受害目标远在奥斯特里茨战役之后，拿破仑的部下就觉得必须最后停下来了，因为法国已经达到难以想象的空前强大的地步。在《提尔西特和约》签定后，大臣和将领们就一直提心吊胆，他们害怕的是，拿破仑的领土大得实在惊人。拿破仑的伟大成就简直就像是一个奇怪的童话，而不大像历史中的事实。他们很多人都认为，要在史册中续写新的童话将会越来越困难，越来越危险，但是他们的皇帝却仍不满足半岛战争的开始—侵占葡萄牙拿破仑虽然获得了一连串令人眼花缭乱的军事胜利，但他所面临的棘手难题依然不少。尽管他一口气击败了欧洲大陆上三个最为强大的敌国：奥地利、普鲁士和俄国，但是对手们并来就此俯首帖耳，为防止他们卷土重来，拿破仑还需要维持一支强大的军队。对海峡彼岸的夙敌英国，他却无可奈何，顽固的英国依然拒绝媾和，在它没有屈服之前，欧洲没有和平可言。可是自从特拉法尔加海战惨败之后，法国海军已经无法同英国海军较量，更无法动用陆军去征服地处海岛之上的英国。
拿破仑惟一打垮英国的希望就奇托在通过“大陆封锁”政策的实行，来彻底断绝英国同欧洲大陆的一切经济贸易和商业往来，从而困死英国，不战而屈人之兵但是拿破仑有一块心病，法国的两个南方邻国，伊比利亚半岛上的西班牙和葡萄牙，并不和法国同心同德，如果不能有效地控制西班牙和葡萄牙两国漫长的海岸线，大陆封锁只不过是枉费心机。西班牙虽说是法国的盟友，但却貌合神离，特别是特拉法尔加海战以来，情况变得越来越糟。至于葡萄牙，除少数米法派外，有权阶层和有钱阶层都明确地站在英国一边。所以拿破仑早就想制服这两个国家，只是苦于东线作战腾不出手来，提尔西特和约一签订，拿破仑就认为时机已到。决心征服整个伊比利亚半岛，将西、葡两国纳人大陆体系。
大战之后，局势初定，此时的俄国成了法国的盟国，普鲁士则刚破打翻在地，一时半会儿还爬不起来。
但是有迹象表明，屡战屡数的奥地利依然不死心，对昔日的失败耿耿于怀，正暗中做着再打一场战争的准备。
拿破仑察觉到了这一潜在危险，但他在制服西班牙和葡萄牙之前并不想刺激奥地利，为此，他曾指示刚刚接替塔列朗出任外交大臣的香巴尼，要他就奥地利秘密备战一事向奥地利驻法大使梅特涅提出措辞审慎的警告。同时，为防止不测，拥有20万人马的大军团并未遣散复员，而是分成六个军区继续占领着普鲁士和波兰，占领军的总部就设在柏林。拿破仑把常胜之师留在东耿吓唬奥地利，以为只靠实力外交就可使敌人屈服，同时期望不战而吞并整个伊比利亚半岛。这当然是拿破仑一相情愿的想法，他粗暴对待别国的做法早已激起受害国家上下一敌的极大不满，他的政策导致的结果是两头落空，既未能阻止奥地利向法国宣战，也未能轻而易举地拿下西班牙和葡萄牙，拿破仑和法国即将被拖入长期战争的泥淖中不能自拔。
拿破仑现已被自己所取得的辉煌军事成就所陶醉，他深信自己无论是在战略上还是在策略上都是一贯正确的，他的非凡能力确已证明他是欧洲最伟大的军事家，法国陆军在他的指挥下所向无敌，欧洲一些精明的外交老手被他玩弄于股掌之间，许多显赫一时的王室贵族t旬在他的脚下簌簌发抖。惊人的胜利令拿破仑的头脑有些发晕，他无以伦比的军事判断力和政治敏感性开始退化。事后证明，征服西班牙和葡萄牙是拿破仑相当不明智的决策，专制统治者的秉性使得他的失误无法挽回，他的皇朝根基将因此被动摇，这将是拿破仑帝国走向衰败的开始。
两班牙国王查理四世是一个无能的统治者，他将一切国家大权交给了首相戈多伊掌管，戈多伊是西班牙王后的情夫，但却深得查现四世的宠信，1792年至1808年间，实际上是戈多伊在统治着两班牙，1795年，他在法西和平条约签订之后，被封为“和平亲王”。可就是这个得到国王信任的首相，知恩不报，背地里却在干着出卖其主子的勾当，竟然同拿破仑密谋让法军自由通过西班牙领土进人葡萄牙。拿破仑以为，西班牙不过是他攫取葡萄牙的一块垫脚石，至子西班牙，靠贿赂、拉拢和欺骗就可得逞。他与戈多伊商定，一旦拿下葡萄牙，就将其领土瓜分，作为报酬，戈多伊也可得到相当一部分葡萄牙领土1807年7月19日，拿破仑警告葡萄牙王国政府，为了其自身利益起见，最好是从9月1日起，禁止英国船只进人其港口。7月29日，他又命令陆军大臣克拉克在临近西班牙边界的巴约纳组建一支拥有2万人和40门大炮的军队，作为人侵伊比利亚半岛的先头部队。
7月31日他也向丹麦王国政府提出了类似的禁运要求，接着在8月16日，又要求丹麦舰队与法国合作但是英国人早就注意到了这支舰队，决心不让其被法国所利用7月26日英国派出由卡思卡特和甘比尔率领的一支强大的海陆联合远征军开赴丹麦，要求丹麦舰队投降。因为丹麦人拒绝屈服于恫吓之下，英军遂子9月2日未经宣战便炮轰其首都哥本哈根，到了9月7日，该城被迫报降，18艘战舰和52艘其他船只都被英国人占为己有。经历这番耻辱之后，丹麦即开始与法国结盟，向英国宣战，可是拿破仑垂诞的舰队却不复存在，这样法国海军就更难与英国海军匹敌了9月8日，拿破仑政函西班牙国王说，必须使葡萄牙脱离英国的影响，迫其就范。同日。他还写了一封威胁信给葡萄牙摄政王，警告他当心继续与英国结盟所造成的后果。可是有了丹麦的前车之鉴，葡萄牙人拒绝听从拿破仑，封闭他们的港口。闻听此消息，拿破仑大怒，决定立即采取军事行动。10月12日，他写信告知西班牙国王，法国准备对葡萄牙动用武力，并称将把宗主权让给西班牙。他写道：
过去16年来，葡萄牙无耻之极，就像是英国的一个封臣。里斯本港一直是他们取之不尽用之不竭的宝库。现在是向他们关闭波尔图和里斯本这两个港口的时候了。我预计朱诺将军的部队最晚11月1日可抵达布尔戈斯，与陛下的军队会合。然后，我们就可以武力进占里斯本和整个葡萄牙。届时，我当与陛下会商对该国的处置，但无论如何，像您所希望的那样，宗主权是您的、如果不把英国从大陆孤立开来，不在欧洲每一个港口对它的贸易实行封锁，我们就不可能有可靠的和平。在这一方面，我指望陛下的强有力的合作；因为如果要在这个世界上恢复安宁，必须迫使英国接受和平。
10月22日法国正式向葡萄牙宣战，27日，拿破仑签署了他同西班牙国王商定的枫丹白露密约，根据这一条约，葡萄牙王国及其殖民地将按拿破仑的意志分割，西班牙只不过拥有名义上的宗主权10月31日，由朱诺将军率领的一支2.2万人的军队受命从巴约纳出发，取道西班牙向葡萄牙首都里斯本进军。这就标志着一场旷日持久的半岛战争的开始。为了不让任何一座葡萄牙要塞落人西班牙人手中，朱诺军每日行军14英里。法军经过的道路崎岖难行，沿途荒无人烟，粮食难觅，干是法军便骚扰抢劫当地农民，而农民也随即进行报复，杀死掉队的士兵。由于葡萄牙军队无力进行坚决的抵抗，法军经过长达1个月的急行军之后，于11月30日到达葡萄牙首都里斯本，不过也已累得半死，而他们的追捕对象—葡萄牙摄政王连同王室其他成员早在法军到达前3天就在英国军舰的护送下逃往巴西，葡萄牙的舰队也一同逃脱了。占领葡萄牙的法军在当地胡作非为，肆意搜刮，不仅断绝了葡萄牙最重要的海外贸易通道，还强令该国缴纳了1亿法郎的战争特别税，令葡萄牙人痛恨不已。
半岛战争的扩大—蹂踱友邦
拿下葡萄牙并不是拿破仑的惟一目的，他同时要求派兵进驻西班牙，且数量不限，西班牙国王哪敢不从。
拿破仑还不肯就此罢休，他决定乘此机会赶走无能的波旁王室，将混乱的西班牙并入自己的帝国。
11月初，拿破仑下令在巴约纳组建一个3万人的军，由杜邦将军指挥，杜邦以前是一名很有能力的师长，1805年的乌尔姆之战和1807年的弗里德兰之战时，杜邦在内依军里屡建战功。随后，杜邦军谎称支援朱诺的葡萄牙军团而越过了比利牛斯山脉，其实它的使命是纵向穿越西班牙内陆，直抵大西洋海岸，占领西班牙的重要海军基地加的斯港。其实，杜邦的军队不过是即将组建的西班牙占领军的先头部队而已，后续法军接踵西至。在杜邦军之后，蒙塞元帅的军队跟着进人西玖牙。此前，蒙塞的部队负责监视英吉利海峡和大西洋沿岸。到1808年1月底，杜邦军已抵达巴利亚多里德，蒙塞军则逼近布尔加斯2月，由迪埃斯梅将军指挥的另一个军从比利牛斯山脉靠地中海的一端进人西班牙，并占领了加泰罗尼亚，在西班牙北部的潘普洛纳要塞，还有一个师。缪拉元帅受命作为拿破仑的代理人指挥驻西班牙的全部法军。拿破仑得意地向其兄长那不勒斯国王约瑟夫吹嘘说：
我在马德里方圆75英里的范围内有8万兵力朱诺在葡萄牙还有3万人。……尽管如此，我却未尽管如此，我却未从大军团抽调一兵一卒，在波兰和奥德河上我仍握有30万大军。
拿破仑得寸进尺，又指示外交大臣香巴尼告知西班牙王国政府，5万法军将进入首都马德里，并谎称法军此举是为了取道加的斯去进攻英国在伊比里亚半岛南端的直布罗陀要塞达种解释不过是自欺欺人，法国露骨的侵略行径引起了西班牙人的极大愤慨1808年3月18日在马德里以南25英里的阿兰胡埃斯爆发了民众暴动，事态迅即影响到首都，戈多伊被作为卖国贼而逮捕，还挨了一顿痛打。查理四世在民众的压力F被迫让位于其子阿斯图里亚斯亲王，后者即位后称为斐迪南七世。拿破仑一看西班牙形势不稳，更加快了侵略步伐。缪拉率领杜邦军和蒙塞军强行进驻马德里，贝西埃尔元帅指挥的近卫军精锐也进人西班牙境内作为后援。
1808年4月，拿破仑亲临巴约纳，在那里继续指挥侵占西班牙的军事行动。此时，在西班牙境内的法军已有11万之众，这些部队分为三个集团：贝西埃尔的近卫军为右路，在布尔戈斯有3万人；缪拉所部为中路，在马德里及周围地区有5万人；迪埃斯梅军为左路，在加泰罗尼亚有3万人。拿破仑以为有这样一支大军作为后盾，足以抵御西班牙人任何可能的认真抵抗，他对西班牙人民炽热的爱国主义情绪和顽强的抗争精神始终估计不足。他虽预计法军会遭到反抗，曾指示他的元帅将军们要注意集中兵力，避免部队分散和孤立，并要保持补给线的畅通，但事实土由子法军深人西班牙领土数百英里，它的战线已经拉得过长，而且还在继续延伸，因此法军的补给线变得越发脆弱，部队也处于更加孤立的状态，拿破仑的告诫并不起作用。归根结底，这都是他执意要入侵西班牙所造成的后果斐迪南七世的即位并不合拿破仑的心意，他觉得儿子不如父亲那样对法国驯顺，因此拒不承认新国王，还把全体西班牙王室成员召集到巴约纳听训。
他竟然强迫斐迪南七世把王位交还给他的父亲，进而又威逼查理四世再次退位，以便把王位移交给自己的哥哥—时任那不勒斯国王的约瑟夫。这种骇人听闻的行为更加激怒了西班牙人，5月2日马德里的民众率先反抗。爆发了着名的五月事变。3.5万人涌上街头向法国人示威，有人甚至从窗户里向法军士兵开枪，但是法军动用武力将事变镇压下去，造成2000西班牙平民丧生，命令开枪的缪拉因此得到了拿破仑的赞许。约瑟夫被封为西班牙国王，于7月迁人他的新首都马德里。破逮捕的西班牙王室成员在法国警察的监视下前往指定的流放地—枫丹白露和瓦朗斯血腥的镇压并未使西班牙人就此屈服，五月事变揭开了西班牙人民反法运动的序幕，虽然没有了自己的国王和政府，也缺乏统一的领导，但是这个具有强烈民族自豪感的国家还是敢于向当时的欧洲最强者发起挑战在西班牙各省，抵抗运动以省政务会（西班牙语称为“洪达”）为核心。
虽然在名义上西班牙仍与法国结盟，与英国处于交战状态，但是不少“洪达”已经吁请英国给予援助。散布于各地的装备粗劣的西班牙军队也在各自为战。反抗法国占领军的武装斗争如燎原之火迅速蔓延，法军所到之处，都遭到西班牙人的顽强抵抗。法军从进人西班牙的最初一刻起，就遇到无数的几乎每天都要发生的反抗事件。有一次法军进入一个乡村，乡村里空无所有，居民都藏到森林里去了，只有一个年轻的母亲带着一个孩子，还发现一些存粮。法军军宫怀疑是否有人捣鬼，在让饥肠辘辘的十兵吃这些食物之前，先问这个女人，里面是否下了毒药。军官得到的回答是没有，但他还不放心，命令她自己先吃一些，这位农妇毫不犹像地吃了。军官还不满足，命令农妇拿这些粮食喂她的孩子，母亲马上执行了这一要求。于是一些法军士兵放心地吃了，可只过了短短几分钟，进过食的母亲、孩于和士兵都痛苦地死去了、这是对侵略者最强烈仇恨和最极端反抗的表现。起初遇到这样的事情还使法军吃惊，但后来这就变成了司空见惯的现象，只要到过西班牙战场，谁也不会感到惊奇，除了拿破仑。他对这场战争的性质根本不理解，西班牙人民的强烈反抗完全出乎拿破仑的意料之外。
法国对昔日的盟国毫不留情地发动了战争。最初，法军依靠优势兵力和装备。镇压了一些小规模的起义并在北部的桑坦德逐退了一支登陆的英国海军陆战队。
但很快拿破仑就发现事情变得越来越棘手，西班牙人依靠天时、地利、人和的优势来对抗装备精良的法军。左路的1.4万法军在萨拉戈萨受阻，右路贝西埃尔的1.5万近卫军在加利西亚地区也遇到了大股敌人，在南部，为数2万人的杜邦军队正在进军加的斯的途中，已经越过希拉莫雷纳山脉并洗劫了古城科尔多瓦。拿破仑错误地估计了形势，以为贝西埃尔的处境较为担扰，于是给他增派了援军，西对于孤军深人的杜邦军团，他却认为即使受挫也无关紧要，只需后撤即可。可是战事的发展出乎拿破仑的意料，7月14日，贝西埃尔的近卫军在梅迪纳向拥有3.5万人和40门大炮的西班牙加利西亚军团发起进攻，结果西班牙军队不堪一击，损失了数千人和全部火炮，而法军仅伤亡300人，但是在南方，西班牙的卡斯塔尼奥斯将军率领3.5万人夺取了希拉莫雷纳山脉的隘口，切断了杜邦与马德里之间的联系。梅迪纳之战后过了一周，拿破仑才想起要增援杜邦，此时他发觉敌人如果占领希拉莫雷纳山脉，南面的法军就将陷入绝境。这一考虑已为时过晚，拿破仑本不该让杜邦推进到离马德里如此遥远的一个南方贫瘠地区，且又没有采取什么措施保护其供应线，致使杜邦的军队前后受困，弹尽粮绝。就在拿破仑下令增援的前一天，即7月20日，杜邦率领1.9万法军在马德里以南160英里的拜兰被迫向西班牙人投降，这是迄今为止拿破仑的军队在欧洲受到的最严重的挫败，说明拿破仑的文韬武略出现了问题。但是拿破仑一贯自我感觉良好，当然不愿意为这次惨败承担责任，相反，他却指责杜邦愚蠢、无能和懦弱。不幸的杜邦被释放回国后，立即受到军事法庭的审判，结果被定为懦弱和背叛罪，遭致当众贬al和m夺军衔，并被判处二年徒刑。
拜兰大捷极大地鼓舞了西班牙人民反抗法国侵略者的斗志和信心，而庸碌无能的新国王约瑟夫木来就不情愿从安逸的那不勒斯来到马德里受煎熬，他抵达首都的那天正好是法军惨败的次日，闻此噩耗，他又赶紧打点行装向北逃夫，把马德里重新交还给了面班牙人。拿破仑只好准备从东欧抽调大批部队开赴面班牙，他开始意识到，此时一旦奥地利对法宣战，法国就将不得不面临两线作战的可能性。
法军吃了败仗之后，开始变得小心谨慎，拿破仑决定援兵未到之前，在西班牙的法军暂时采取防御战略，如果有可能，第一个目标是收复马德里，其次是要保持连接葡萄牙的交通线畅通，另外要守住靠近法国的西班牙边境地区，以确保退往法国的主要后路，等待大军抵达后再伺机反攻。拿破仑命令在德意志的第、第五、第六3个军以及3个骑兵师火速向西班牙转移，同时还准备了一支配有各种火炮的攻城部队但是，英国的干涉使得拿破仑期望轻而易举地征服西班牙和葡萄牙的计划被彻底打乱，半岛战争的形势已经不以拿被仑的意志为转移了。6月，英国政府决定以伊比里亚半岛为突破口，派通一支远征部队去阻止拿破仑的进一步扩张，一个重要人物就此登场。8月1日，陆军中将阿瑟·韦尔斯利爵十率领一支1.23万人的英匡远征军在葡萄牙海岸登陆，并向首都里斯本进军。韦尔斯利1769年5月1日生于爱尔兰首府都柏林，比拿破仑年长三个月，其兄是印度总督，他毕业于英国着名的伊顿公学，并曾在法国的昂热军事学院就读，1787年起加人英军，是拿破仑后半生最可匹敌的战场对手。拿破仑后来承认他的治军之才与己不相上下，而且具有更为小心谨慎的长处。韦尔斯利未来将被封为威灵顿公爵，并将两度出任英国首相，此是后话在葡萄牙登陆的英军在罗里萨和维米耶罗先后两次大败来诺的葡萄牙军团，而且由于英国掌握着海上控制权，地面部队可以不断得到增援；相反，法军的陆上交通线并不畅通，友军相距遥远，使得朱诺的军团处境相当孤立。在这种情况下，为免遭杜邦军的覆灭厄运，朱诺只好同英国协商停战，主动放弃葡萄牙。根据8月31日达成的辛特拉协议，朱诺的部队全部经由海路撤出葡萄牙，回到法国的大西洋港口城市拉罗舍尔。英军遂控制了整个葡萄牙，兵力也增至3.5万人，并改由陆军中将约翰·穆尔爵十指挥。穆尔接到英国政府的命令，要与西班牙军队协同作战，以把法军彻底赶出西班牙英国同时还从海上向西班牙和葡萄牙的抵抗力量提供武器援助。随着时间的推移，法军面临的对手越来越强大，轻率人侵的后果已经显现出朱了。
貌合神离：埃尔富特会晤
拿破仑意识到伊比里亚半岛的事态变得日趋严重，他只能暂时采取缓兵之计，等待他的精锐部队从遥远的德意志赶朱，再希图一劳永逸地解法西班牙的残局。此时，他感到有点左右为难，身边缺少能够独当一面的得力助手，如果他本人不能亲临战场，就没人可以代行指挥之权。帝国大军是拿破仑亲手缔造的，也只有拿破仑本人才能驾驭自如，他虽然培养提拔了大批将领，其中已有19人晋升为元帅，但除了屈指可数的几个人，如马塞纳、达武和苏尔特以外，就再没有什么人有能力指挥一支独立作战的军团了。绝大多数高级将领不过是一介武夫，徒有匹夫之勇，他们对拿破仑俯首帖耳，唯命是从，根本不会独立思考，拿破仑也从不鼓励他们自我决断，他只要求他们盲目听从他的指挥，而他们也仅服从他一个人的领导。所以说，拿破仑的军事帝国貌似强大，其根基实际上很脆弱，法国的命运全部寄托在一个人的身上，这是极其危险的，只要拿破仑有什么三长两短，整个帝国恐怕顷刻之间就会瓦解现在拿破仑已身处困境，西班牙新国王约瑟夫是个无能之辈，他的副手儒尔当元帅也不甚高明，缪拉正好在养病，马塞纳则刚刚在枫丹白露举行的一次射击比赛中被拿破仑误伤，一只眼睛失明，而这武这位很有才千的元帅，又必须在东欧指挥留守的法军。所以要想在西班牙扭转战局，还得靠拿破仑亲自出马。可是近来，拿破仑又不断收到报告说奥地利正在秘密扩军备战，在难以兼顾的情况下，他想到了他的新盟友俄国拿破仑转地约请沙皇亚历山大一世到德意志境内的埃尔富特来会晤，破商今后两国的共同行动。在埃尔富特，法俄两个同盟国家都希望更清楚地看看对方有什么好牌，以便借此来玩弄外交上的把戏。双方互相欺骗，彼此都知道这一点，虽然暂时还不是完全知道。两国在任何事情上都是互不信任的，而同时又互相需要。1808年9月27日。拿破仑一见到亚历山大就热烈拥抱亲吻，并且此后的两周里不断重复这些亲昵动作。两位君主每天一起去检阅部队，出席舞会、宴会、看戏、打猎、骑马溜达。他们如此亲密，最主要的是要让别人知道他们在拥抱亲吻；对于拿破仑来说，如果奥地利人不知道的话，这些拥吻就会失去全部偷快的感觉；对于亚历山大来说，如果土耳其人不知道的话，这些拥吻同样也会失去其全部偷快的感觉。对于拿破仑来说，此次埃尔富特会晤，最重要的事情就是，当他还没有结束在西班牙的战争以前，应使奥地利不致进攻法国。而要做到这一点，沙皇就必须在奥地利决定进攻的时候积极反对奥地利。但亚历山大既不想承担也不想履行这一直接的义务。他甚至拒绝了拿破仑为引诱俄国提供军事极助而拥供的土地报酬。在埃尔富特，塔列朗第一次出卖拿破仑，他与沙皇秘密勾结，劝告亚历山大抗拒拿破仑的霸权。亚历山大从中了解到拿破仑帝国并不像外表显示出来的那样牢不可破，但是亚历山大还是害怕拿破仑，无论如何现在不愿与他决裂。所以法俄同盟在形式上仍然有致，但是今后拿破仑不可能再指望它了拿破仑还与沙皇联名写信给英国国王乔治三世，要求他考虑全面的和平，但毫无回音。法俄两国最后签署了一个秘密协定，该协定进一步确定了双方通过《提尔西特和约》建立起来的同盟关系，俄国同意和法国一起对付英国。但是尽管拿破仑一再鼓动劝说，沙皇也没有答应一旦法国同奥地利再次爆发战争，俄国就加人法国一方对奥宣战，亚历山大只是谨慎地表示将保持中立。
决不提助奥地利。拿破仑对这个协议并不大满意，但好歹得到了俄国的承诺，消除了最大的隐患。于是拿破仑下令削减驻守在东欧的大军团，仍旧留在德意志的部队有7.5万人，改称莱茵军团，由达武指挥，贝尔纳多特军留守汉堡，苏尔特和拉纳的军队则奉命开往西班牙。
在对付奥地利之前，拿破仑决定先要解决西班牙问题。
拿破仑亲征西班牙
在大幅度削减了东线的兵力后，拿破仑把主要精力转向西线。10月30日，他在近卫军的簇拥下，离开巴黎，11月5日抵达西班牙北部城市维多利亚，开始直接指挥西班牙境内的法军。法军现有5个军以及近卫军、骑兵，人数已近20万，其中维克多元帅的第一军有2.9万人，苏尔特元帅的第二军有2万人，蒙塞元帅的第三军有2.4万人，勒费弗尔元帅的第四军有2.3万人，内伊元帅的第六军有3万人，圣西尔将军的第七军有3万人，贝西埃尔元帅的近卫军加上骑兵有3.5万人。此外，莫蒂埃元帅的第五军和朱诺将军的第八军也正在法国本土集结，必要时可再增加4.3万人。这是一支令人生畏的庞大兵力，粉碎散布在各地的11.5万西班牙正规军和民兵似乎绰绰有余。相比之F，西班牙军队装备较差，训练和纪律都很糟糕，没有统一的指挥，各部队之间也缺少协同配合，给法军创造了各个击破的机会。
拿破仑决定首先要收复马德里，与此同时，还要确保从维多利亚至法国的交通线。他将维克多的第一军、苏尔特的第二军以及勒费弗尔的第四军编为右路集团，向维多利亚以西扫荡，中路的内伊军南下，左路的法军2个军统归拉纳元帅指挥。当拉纳的部队与拜兰的胜利者卡斯塔尼奥斯将军指挥的西班牙军队遭遇时，内伊军立即赶来协助拉纳，对卡斯塔尼奥斯所部合围夹击。11月23日，西班牙军队在埃布罗河谷的图德拉遭到惨败，3000人被俘，损失26门大炮。法军乘胜南下，势不可挡，一直推进到瓜达拉马山前。这条山脉高达6000英尺，是马德里的北部屏障，西班牙军队有1.2万人在此据守，但还是被维克多的第一军强攻突破，西班牙人又损失了10多门火炮，许多人当了俘虏。拿破仑不停顿地向马德里进军，在法军炮火的威胁之下，无险可守的西班牙首都终于在12月4日投降。接着，拿破仑命令北面的苏尔特军维续西进，将另一支西班牙军队逐退至西班牙西北部的加利西亚，维克多军据守中部，拿破仑本人则打算率领4.2万军队沿着塔古斯河谷顺流而下，以重新征服葡萄牙，并消灭盘踞在那里的英军。这时，在葡萄牙的3万英军奉英国政府之命，也已进人了西班牙境内。约翰·穆尔爵士的部队10月底从里斯本出发，11月中旬集结在马德里以西120英里的萨拉曼卡一带，但是西班牙当地武装并未给予英军什么支持，他们既不提供给养也不配合行动，英军只好单独行动。12月，穆尔决定进攻北面孤军突进的苏尔特军，英军此时有2.8万人和66门火炮，而苏尔特军只有1.8万人，形势似乎对英军有利。但穆尔起初并不知道拿破仑的动向，在北进途中抓获了一些法军俘虏后，才获悉拿破仑的主力正向他开来，并企图切断他与葡萄牙基地的联系。吃惊之余，穆尔火速命令部队向西北方向撤退，开往加利西亚的海港城市拉科鲁尼亚，以便在万不得已时撤出而班牙。
得知英军的动向时，拿破仑正在马德里忙于改组西班牙政府，并为进军葡萄牙做准备，英军占领萨拉曼卡并和苏尔特军遭遇的消息打乱了他的原先部署，他立即决定向马德里西北的巴利亚多里德进发，力争将英国人赶下大海。12月下旬，他留下约瑟夫国王和第一、第四两军把守马德里，自率4.2万人前去支援苏尔特。拿破仑一路强行军以图赶上退却的英军，但到了1809年1月，由于奥地利的动向令他时刻不安，他感到必须立即退回巴黎，准备应付东线日趋紧张的局势，便把继续追击的任务交给苏尔特和内伊，自己则匆匆地离开西班牙退回巴黎。
由于西班牙的战事来能结束，1809年度的断兵又已被用于补充在西班牙的法军，拿破仑只好再征召1810年度的断兵8万人。西班牙的战局现交由他的参谋长贝蒂埃元帅负责，如果英军登船退走，则由约瑟夫国王接管在西班牙的全部法军的指挥权，皇帝写信告诉约瑟夫说：“欧洲的局势迫使我返回巴黎3周。如无意外，我大约在2月底即可回来。由波尔图和加利西亚同时攻入葡萄牙的计划，贝蒂埃将会告诉你。我预计1月21日可到达巴黎，大部分路程都要骑马。关于我离开这里的事务必保密14天，就说我去萨拉戈萨了。”
1月中旬，紧追不舍的法军终于在拉科鲁尼亚赶上了英军，双方进行了一场激战，结果穆尔在战斗中阵亡，英军损失6000人，但余部得以登船撤离。拿破仑以为半岛战争大局已定，虽然葡萄牙尚有待征服，但此事可以放在彻底打败奥地利以后再说。但他错了，英国并不打算就此放弃争夺伊比里亚半岛，1809年初它与西班牙、奥地利先后签汀了同盟条约，组成第五次反法同盟。随着法国与奥地利之间再次爆发战争，拿破仑已经不可避免地犯下两线作战的兵家大忌。
两线作战：第三次法奥战争的爆发
由于奥地利一直在整军备战，拿破仑觉得应该对奥地利进行一场决定性的战争，以彻底打垮这个顽固的死敌。
1809年1月下旬，拿破仑置西班牙的战事于不顾，从巴利亚多里德秘密回到巴黎，立即着手组建对奥作战的部队。他先是命令贝西埃尔将镇守西班牙北部各地的近卫军调回巴黎，然后又请来伤愈复出的马塞纳指挥一个新组建的军，该军由4个步兵师和1个骑兵师组成，预定3月上旬在莱茵河畔的斯特拉斯堡集合完毕。这时，有关奥地利的最新军事情报源源不断地送到了拿破仑手中，使拿破仑感到了局势的严重性。据估计，奥地利军队主力拥有9个军，统由查理大公指挥：主力分为两路，右路奥军4个军位于波希米亚境内，约有16.5万人，左路奥军3个军位于施蒂里亚和卡林西亚地区，也有9.5万之众。这26万军队负责进攻法军。另有两个军作为预备队，共10万人，一个在临近波兰的加利西亚地区，面对法国的盟友华沙大公国，由斐迪南大公指挥，另一个由路易大公指挥，负责保卫首都维也纳奥地利军队合计拥有36万人，这是一支令人生畏的庞大军事力量，看起米奥地利是倾尽全力准备一搏了。
相比之下，在德意志境内的法军兵力要薄弱得多，达武、乌迪诺和贝尔纳多特的部队加在一起也不过9万人，因此在援兵米到之前，拿破仑报本不可能像1805年时那样进行主动出击，他决定先采取防御态势，聚集兵力，后发制人，持奥地利军队暴露意图之后再予以打击。当务之急是立即增兵德意志，但是由于西班牙的局势不稳，他无法从那里抽调太多的部队，只好向他的盟友讨救兵。为此，拿破仑向莱茵邦联诸国警告说，他们将要面临奥地利人侵的威胁，因此必须在国内进行动员，并把军队交给他调遣。这些仆从国的君主不敢不从，于是拿破仑又获得了大约10万人的援兵，但这些军队的战斗力不强，仅有巴伐利亚军队稍有实力。巴伐利亚国王马克西米连？约瑟夫恳求让他的王储指挥本国军队，却被拿破仑一口拒绝，他把指挥权授予了但泽公爵勒费弗尔元帅，此人因能力不强，刚被拿破仑从西班牙战场上撤换下来。贝尔纳多特则奉命从汉堡调往德累斯顿，负责指挥萨克森国王所提供的军队拿破仑的这种做法，极大地刺伤了盟友的自尊心，但他根本不在乎。在他眼里，这些貌似尊贵的君主其实一文不值，只要他着不顺眼，他们随时可能沦为乞丐。
他也看不起他们提供的军队，只让他们做点看家护院的杂活。拿破仑还是将战胜奥地利军队的重任交给了他所信赖的法国军队，他命令用马车将近卫军火速从西班牙授回巴黎，以便能早日听从他的调遣。由于缪拉已被晋封为那不勒斯国王，拿破仑改由贝西埃尔指挥在德意志境内的骑兵部队，贝西埃尔原先的职务则由克勒曼元帅接替，此人曾在马伦哥战役中表现突出，并与朱诺一起在葡萄牙打过仗。拉纳元帅也奉命离开西班牙，前往德意志。
拿破仑估计奥地利最早将于4月中旬发起进攻，他还有一些时间加紧组建在德意志的大军。到目前为止，他已拥有14个步兵师，14.5万人，257门火炮，9个半骑兵师，2.7万人，分属第二、第三、第四、第七（巴伐利亚军）4个军和1个骑兵军，由拉纳、这武、马塞纳、勒费弗尔和贝西埃尔分别指挥。近期内还有望得到近卫军的增援，这支精锐部队拥有1.8万步兵和4000骑兵，60门火炮。为了保护后方，还正组建第八军（奥热罗元帅指挥）、第九军（萨克森军队，由贝尔纳多特指挥）和第十军（由威斯特伐利亚国王热罗姆波拿巴指挥）。拿破仑打算在法军完成集结之后，将大本营设在多瑙河上的小城多瑙沃尔特，斯特拉斯堡将作为主要的补给基地，法军正在大量制作面包干粮，并准备在多瑙河上组织船运，输送弹药给养可是，没等他准备停当，奥地利却已抢先一步发起进攻。4月9日，查理大公未经宣战就率领4个军14万大军越过边境侵人巴伐利亚，其左翼直逼首都慕尼黑。科洛华特伯爵的第五军作为右路，在多瑙河以北配合行动。约翰大公的军队则侵人意大利。由于消息不及时，拿破仑在奥军越境的第2天才惊悉奥地利的进攻已迫在后睫，指手不及的他当时还逗留在巴黎，代行指挥之权的参谋长贝蒂埃元帅也在后方的斯特拉斯堡。此人虽具有一名好参谋长的素质，但缺乏决断力，根本不适合指挥全军，在拿破仑不在场的情况下显得手足无指法军各军团尚在集结运动中，分布得也很散，如果奥军行动迅捷的话，本来是有可能将法军各个击波的，但是查理大公由干吃过拿破仑的亏，因面变得小心翼翼奥军行动十分迟缓使法军得以避龟—场惨败。
反客为主：呈累根斯堡—埃克缪尔战役
拿破仑4月13日离开巴黎，两天后抵达斯特拉斯堡，并于4月17日前出至多瑙沃尔特设立了大本营。
此前一天，拿破仑继子欧仁亲王指挥的驻意大利法军进攻南下的约翰大公军队，但被击败，欧仁破迫退至皮亚维河对岸与此同时，在蒂罗尔地区也爆发了反抗巴伐利亚统治的大规模暴动。另外，查理大公率领的主力部队正缓慢地向多瑙河上的重镇累根斯堡挺进，该城由达武的第三军（5.72人）把守由于位置突出，达武的军队还受到了多瑙河北岸的奥军科洛华特的威胁，面临两面突击的第三军随时有被粉碎的危险。拿破仑所处的军事形势十分险恶，原先在德意志的大批军队已被调往面班牙，面赶来增援的近卫军正在途中，骑兵军团也尚来完成集结，达武和勒费弗尔的军团正受到两倍于他们的奥军的进攻。他目前可以动用的预备队只有位于因戈尔施塔特的一个重骑兵师（5100人）以及刚刚抵达奥格斯堡的乌迪诺的第二军（2.13人）和马塞纳的第四军（3.76人），而这两个军由于长途行军已经疲惫不堪。全部法军加起来有14.8万余人，当面奥军却有18万多人。
尽管局面不利，拿破仑还是险中求胜，天才地制订了一个扭转战局的计划〕他命令达武军团撒出累根斯堡，在多瑙河以南的丘陵地带同勒费弗尔的巴伐利亚军（27万人）会合，井肩作战，坚守阵地，顶住奥军主力的正面进攻。与此同时，乌迪诺军和马塞纳军要克服体力不支的困难，从奥格斯堡东进至伊萨尔河畔的兰茨胡特，包抄正在进攻累根斯堡的奥军主力部队的左翼，切断其交通线。这是拿破仑在千钧一发之际采取的应急措施，该计划的关键在于法军能否胜任不间断的行军和战斗。开战之前。他再次向法军官兵发表文告，宣布第三次对奥地利的战争开始：
士兵们！（莱茵）邦联的领土业已遭到侵犯奥地利的将军希望我们看到他们的部队就逃跑，把我们的盟国丢弃给他们，可我却像闪电般地到来了。
士兵们！当奥地利君主上次来到摩拉维亚营地的时候，我就在你们的环绕之下；你们都曾听到这位君主哀求我宽大为怀，并且向我发誓要同我建立永恒的友谊。作为三次战争的胜利者，奥地利都曾得到我们的宽大之息，可它三次违背了誓约！我们过去的成就是我们现在所期待的胜利的可靠保证1因此，让我们勇往直前，让敌人一看到我们就承认我们是他们的胜利者！
达武于4月18日接到拿破仑的命令，但他的军次日才开始向多瑙河以南退却，因此在行动过程中与奥军三个军的前卫部队先后发生激战，幸亏奥军主力动作太慢，才使得达武的第三军侥幸逃脱了被歼的危险，但奥格斯堡于20日被奥军占领。勒费弗尔的第七军奉命向达武靠拢，但他派给达武的联络军官被奥军俘虏，因此未能很好地配合第三军的退却行动。查理大公在达武和勒费弗尔军队的防守正面部署了四个军的兵力，准备发动大规模正面攻势，而他的左翼只有席勒男爵的一个军掩护伊萨尔河谷。拿破仑命令马塞纳和乌迪诺的军队全部出动，进攻奥军的左翼，他要求法军“积极、主动、迅速”，这是胜利的关键所在4月20日，拿破仑将自己的大本营迁到了离前线不足10英里的地方，拉纳和贝西埃尔也从西班牙赶到了德意志，拉纳奉命临时指挥达武的两个师，贝西埃尔则指挥马塞纳军团的骑兵。在阿本斯贝格，行进中的法军与左翼奥军打了一场遭退战，奥军被击退，损失了1.3万人。第二天，奥军主力对在累根斯堡和埃克缪尔（在累根斯堡以南16英里）之间的达武军团和勒费弗尔军团发起进攻，但是由于该地区河谷丘陵纵横交错，丛林密布，十分有利于防守，奥军虽然人数众多，但只是零星地逐次投人兵力，结果被数量上处于劣势的法军连续击退，毫无进展。
拿被仑认为伊萨尔河谷是扭转战局的要害所在。所以他加强了法军的右翼兵力，拉纳军和勒费弗尔军的一部分被南调兰茨胡特，加上马塞纳军团分兵合击，将敌席勒军赶出了兰茨胡特，贝西埃尔的骑兵师乘胜追击，将这部分奥军驱逐出战场老远。拿破仑亲自抵达兰茨胡特视察战局，他突然意识到法军没有抓住在累根斯堡地区消灭奥军主力的大好机会，查理大公的军队才是主要威胁，席勒军不过是次要目标而已。这时这武报告说他的部队在6.6万奥军的重压下弹药将要告罄，于是拿破仑赶紧命令马塞纳和乌迪诺北进驰援达武，他也一同前往。4月22日下午，在兰茨胡特以北25英里的埃克缪尔村，法国援军向盘踞此地的奥军发起进攻，同时达武和勒费弗尔的军队也一起发起反击，查理大公的奥军全线受到攻击，到了夜幕降临时，奥军抵挡不住，向累根斯堡退却。法军的步兵由于连续行军作战，体力消耗殆尽，所以未能协同骑兵一起追击。在战斗中，法军虽然人数略少，但仅伤亡5200人，却使奥军损失了1万多人。次日，无心恋战的查理大公将主力撤到了多瑙河北岸，除留下一支强大的后卫部队据守累根斯堡外，余部继续向东北的波希米亚地区撤退，席勒军在兰茨胡特吃了数仗后也已退往维也纳。同一天，法军向累根斯堡守军发起了围攻，勇猛的拉纳元帅身先十卒，爬云梯登上累根斯堡的城墙，一举占领该城。拿破仑在前线一个观察哨观看战斗时，不巧被一颗流弹击中了脚部，这是他自在土伦战役中被一名英国士兵刺伤大腿以来头一次在战场上挂彩。
尽管由于查理大公退却及时，拿破仑最终未能消灭奥军主力，但经过四天的艰苦行军和四场激烈的战斗之后，他还是反败为胜。仰赖于训练有素的法军，他的反击计划获得了最后成功，在阿本斯贝格、兰茨胡特、埃克缪尔和累根斯堡等地取得的胜利，后来都被记录在巴黎的凯旋门上。奥军前后共损失了5万余人，并被法军劈了两半，奥地利首都维也纳的奥军只剩席勒的一支败军了。拿破仑在不利的局面下，能取得这样的结果，的确显示了他杰出的军事才能阿斯佩恩战役（1809）拿破仑竭尽全力要夺取维也纳，他迅速组织兵力向维也纳进军，力争在查理大公之前赶到那里。从阿本斯贝格到维也纳仅有110英里之遥，也没有什么天然障碍要跨越。马塞纳指挥法军先头部队追击席勒的军队，勒费弗尔率兵去蒂罗尔镇压那里可能出现的反抗，拿破仑的继子欧仁亲王正在威尼斯同约翰大公指挥的一支奥军交战，其他法军部队跟随马塞纳的部队前进。拿破仑命令马塞纳不惜一切代价克服奥军的阻击，马赛纳的军队子5月2日强攻席勒的防御阵地，导致一场血战，法军损失5000人，奥军也伤亡6000人以上，并被迫放弃了阵地。席勒随后渡过了多瑙河，向维也纳以北的查理大公军队靠拢。法军遂长驱直人，沿途未遇什么抵抗，5月11日打到了维也纳近郊。次日，拿破仑在郊外的肖恩布鲁恩宫设立了大本营，并下令炮轰维也纳城，奥军守卫部队在马克西米连大公的指挥下只象征性地抵抗了4小时便放下了武器。维也纳在4年之内第二次被法军占领，而且正好是在奥军人侵巴伐利亚的一个月之后。
占领，而且正好是在奥军人侵巴伐利亚的一个月之后。
首都虽然陷落，但奥地利并米停止战争，奥皇已逃往波希米亚，查理大公的主力还有10万之众，就在离维也纳不远的多瑙河对岸。拿破仑现在想进行第二次奥斯特里茨会战，以求一劳永逸地粉碎奥地利的军事力量。他急不可待地要法军渡过多瑙河，以寻找查理大公的军队决战，但奥军己将多瑙河上的所有桥梁破坏于是他命令法军炮兵和工兵部队连夜架桥。此时正值多瑙河水泛滥期，试图将全军在短时期内送过河去追歼10万行踪不明的敌军，这真是一个疯狂的带有赌博性质的军事行动。拿破仑一向就是个大胆的赌徒，在迄今为止孤注一掷的战争赌博中，他还一直是个赢家。西现在他又只带10万人过河，这就更加危险拿破仑选挥在维也纳和普雷斯堡之间的多瑙河上架桥，这段河道蜿蜒曲折，河中还有一个江心岛，名叫洛鲍岛。法军炮兵和工兵争分夺秒地进行架桥作业，由于缺乏必要的工具，他们花了10天才架起南北两座浮桥，以洛鲍岛为连接点。5月20日马塞纳军通过浮桥渡过了多瑙河，占领了北岸的两个村庄阿斯佩恩和艾斯林，作为桥头堡，仅遭到奥军警戒部队的轻微抵抗。21日拂晓，拿破仑本人也过了河。其实，这是查理大公精心设计的一个圈套。他的军队已经集中在多瑙河北岸的平原上，就等法军前来渡河，然后乘其半渡之际，先将上岸的部队赶下河去，然后再像打水鸭子一样把他们逐个儿消灭。拿破仑急切求战的心情正好把法军送到奥军的枪口上。
渡过多瑙河的法军4个步兵师和2个骑兵师，在5月21口下午遭到了奥地利军队的大举进攻，双方为争夺上述两个村庄展开了激烈的战斗。不巧，上游洪水这时突然汹涌而来、多瑙河水位猛涨，导致从洛鲍岛到南岸的法军主浮桥被冲垮，拿破仑和他的3万法军顿时陷人危急境地既得不到后备部队的增援，又没有弹药给养补充，而奥军乘机不停顿地发动猛烈攻击。法军经过拼死努力到午夜才把浮桥修复可拿破仑并未就此变得谨慎一些，他命令把拉纳军、近卫军以及全部骑兵都调来支援北岸的桥头阵地，准备第二天继续战斗，他还派人去征召河上游的达武军。可是没等达武部队前来，麻烦又接踵而至，奥军从上游放下满载石头和熊熊燃烧的木材的火船，火船直冲主浮桥，将它再次毁坏，而北岸的法军此时已打得筋疲力尽，弹药也将要耗尽。到了22日下午，为避免全军覆没，拿破仑只好命令北岸桥头堡的法军全部撤到洛鲍岛上，直到夜幕降临，法军都还没撤完。就在这次撤退行动中，拿破仑的一员猛将—屡建战功的拉纳元帅，受了致命伤。
此至，交战双方都蒙受了惨重的人员伤亡，法军损失更大，大部分伤员都被迫丢弃给敌军，死伤人数超过了4.4万人，奥军仅伤亡2.3万人。阿斯佩恩—艾斯林战役是不可一世的拿破仑在其军事生涯中遭受的第一次真正的失败，他的不败神话终于破灭了。此外，他还失去了一个最英勇善战的元帅。
反败为胜：瓦格拉姆决战
尽管受到了严重挫折，但拿破仑并不气馁，他还占据着江心的洛鲍岛，他称之为“拿破仑岛”，随时可以作为第二次进攻的跳板。5月22日晚，拿破仑和他的元帅们举行了一次军事会议，参谋长贝蒂埃主张放弃进攻，但拿破仑向来寻求积板主动，他决定先在拿破仑岛上固守，等待洪水消退之后，用后援部队再作一次进攻尝试。
为了避免重蹈前一战的覆辙，拿破仑花了一个多月的时间进行战前准备。在马塞纳的陪同下，他打扮成低级军官模样，对多瑙河水道亲自作了一次地形侦察。通过这次秘密侦察，他决定在上次渡河的地点实施佯渡而实际渡河地点则选在拿破仑岛以东多瑙河下游的另一个小岛上，该岛他称之为“亚历山大岛”。在为渡河作周密准备的同时，拿破仑也在着手整编军队，在阿斯佩恩战役中受到重创的各军都获得了来自法国本土的增援，逐渐恢复了元气。欧仁亲王的意大利军团在把约翰大公的奥军逐人匈牙利之后，也奉召赶到了维也纳。驻守在达尔马提亚的马尔蒙军也正奉命前来。5月31日拉纳因伤重不幸身亡，第二军指挥权由乌迪诺将军接掌。
经过一段时间的休养补充后，到6月底，拿破仑的军队重整旗鼓，集结起一支拥有25个步兵师、10个骑兵师和544门火炮的打击力量。另外，拿破仑还有勒费弗尔的第七军和旺达姆的第八军作为后备部队，驻守维也纳和保卫交通线。
6月30日傍晚，拿破仑用马塞纳的一个师在原先的浮桥位置发起徉攻，但奥军并未作抵抗，结果马塞纳军团得以架起一座桥梁，并重新占据了阿斯佩恩村，这个收获令拿破仑感到十分诧异。实际上，这还是查理大公诱敌深人之计，他已将13万奥军和400门火炮部署在一个半圆形的阵地上，分为左右两翼，各有三个军。
专等法军来攻。此外，他的弟弟约翰大公奉他之命率1.4万人正从普雷斯堡赶来，准备对法军形成合围之势。这次查理大公不打算再乘法军半渡之际发起攻击、而是准备打一场阵地战，在阿斯佩恩战役中打败了拿破仑，现在他对自己的计划又充满了信心。
拿破仑对查理大公的作战计划和兵力部署一无所知，但他自恃兵力强大，决意按自己的意愿行事，首先是要重新渡过多瑙河。7月4日晚上风雨交加，法军乘机从亚历山大岛架桥渡河，由马塞纳军在左翼的阿斯佩恩村作掩护，渡河的法军未遇任何抵抗，轻松上岸。在法军工程部队的努力下，一夜之间，15万大军连同战马、火炮和弹药一起送过了欧洲最大的一条河流。上岸的法军击退奥军前卫部队的阻击后，开始按预定计划向左实施大规模迂回运动，迅速接近严阵以待的奥军。两军在维也纳和普雷斯堡之间的一块小平原上形成对峙，大战一触即发查理大公的军队左翼有罗森贝格、霍亨佐伦和贝尔加德的3个军，沿着一条名叫鲁斯巴赫的多瑙河支流的北岸掘壕固守，他的右翼阵地先向西再折向西南，直至阿斯佩恩村，部署了克里劳、科洛华特和列支敦士登亲王的三个军，克里劳刚刚接替席勒担任率指挥官。奥军的两翼以鲁斯巴赫河边的瓦格拉姆村为连接点，形成一条长8英里的弧形防线，路易大公的部队作为预备队。查理大公己经赢得了对拿破仑的第一次胜利，差一点将拿破仑连同他的军队赶下多瑙河去，这使他有些忘乎所以，现在他打算通过阵地战来歼灭法军，可这个宏伟日标并不是他的军队所能胜任的。
7月5日拂晓时分，大雨突然停了，天气开始转晴并变得炎热。呈扇形前进的法军在下午3时左右完成了集结运动，并向奥军的弧形阵地靠近。查理大公却并不急于交战，因为各个军团尚来完全展开，而且他还要等待约翰大公的部队到来，但是消灭法军的最好时机已经被他丧失掉了。拿破仑是决不愿意放弃战场上的主动权的，一旦法军完成战前准备，他迅即命令发起攻击。左翼的马塞纳军队四个师与敌克里劳军已经在阿斯佩恩发生激战。右翼达武军和乌迪诺军也向鲁斯巴赫河对岸的奥军左翼阵地发动了正面进攻，但是没有得手，反而遭到奥军的猛烈反击，伤亡很大。中路贝尔纳多特指挥的萨克森军队非但没能攻下敌人的任何阵地，反倒被对方撵出了自己的出发阵地，结果狼狈面回。到夜幕降临之时，拿破仑只好下令停止进攻。准备次日再战。第一天战斗结果，法军一无所获。7月6日凌晨，奥军竟然首先发起进攻，这不禁令拿破仑大吃一惊。马塞纳的军队受到克里劳军和科洛华特军的联合冲击，被逐出了阿斯佩恩，中路的萨克森军队再次被击溃。如果奥地利军队沿着多瑙河推进，法军就会被切断退路，形势看起来十分危急。
面对这种危险，拿破仑现在只有两种选择，一是命令在维也纳的后备部队赶来支援受威胁的左翼，但这样做的困难在于路途太远，且难以保证取得决定性的战果；另一种方案是对奥军的中路和左翼实施反攻。拿破仑发现瓦格拉姆是奥军左右两翼的结合部和中心要点，于是决定拿下瓦格拉姆以期扭转战局，此外，他还可以动用右翼部队攻击奥军的左翼阵地。
危急时刻，拿破仑无与伦比的智慧再一次显现光芒。他要马塞纳不惜一切代价守住左翼阵地，然后命令将近卫军的60门火炮投人战斗，集中猛轰奥军在瓦格拉姆的中央阵地。在长时间大规模的炮击之后，贝西埃尔率领近卫军重骑兵向业已动摇的奥军步兵发起冲击，接着，麦克唐纳将军率领的意大利军步兵以及随后跟进的马尔蒙军和巴伐利亚部队都相继突破了奥军的中央防线。同时，右翼达武也渡过鲁斯巴赫河向奥军左翼迂回，准备合围瓦格拉姆。战斗异常激烈，奥军在不利的形势下进行了顽强的抵抗，两军一直酣战到下午4时。
当查理大公获悉约翰大公的军队不能及时赶到战场时，他这才意识到其围歼法军的计划已告破产，继续把这场战斗打下去也于事无补，不得不下令全军脱离战斗，向北撤人摩拉维亚山区。
奥军的撤退井然有序，只丢弃了一些重伤员和毁坏的火炮，法军也筋疲力尽无力再退，拿破仑已经把所有的预备队都用上了。瓦格拉姆一战，法奥两军都动用了400门以上的火炮展开近距离炮战，结果都蒙受了惨重的人员伤亡，法军损失高达3万余人，奥军死伤和被俘者也有3.6万人。拿破仑虽未能获得什么重大战果，但瓦格拉姆战役决定了法奥战争的结局。在以后的追击战中，法军再次获胜，奥皇觉得自己的军队不能再受到更大的损失了，遂决定向拿破仑求和，拿破仑欣然同意。
他不想过度削弱奥地利，从西班牙传来的消息也不容乐观，所以是尽快结束战争的时候厂。军事行动结束后，法奥两国经过3个月的讨价还价，才于10月14日在维也纳的肖恩布鲁恩宫最后签订了和平条约。根据此条约，奥地利被迫割让多达3.2万平方英里的领土给法国、巴伐利亚、萨克森和俄国，并同意参加针对英国的大陆体系，其陆军兵力被限制在巧万人，还要赔偿7500万法郎的战争费用。第五次反法同盟再以失败告终瓦格拉姆战役之后，拿破仑对指挥萨克森军队不力的贝尔纳多特深为不满，对他已经失去了信任，决定今后不再委以重任在战争中建立功勋的麦克唐纳、马尔蒙和乌追诺则被授予元帅衔，达武被晋封为埃克缪尔亲王，马塞纳被晋封为艾斯林亲王。
在与奥地利进行战争的同时，好斗的拿破仑还在和罗马教皇闹摩擦。他一直想削弱宗教对世俗的影响力号召力，遏止罗马天主教会的政治经济利益，并控制教会为其所用，偏偏教皇庇护七世不听他的号令，暗中与英国交好，还鼓动天主教会与他作对，于是忍无可忍的拿破仑采取了极端行动。先是在1807年出兵占领了教皇国，继而在18的年将教皇国并人法兰而帝国，宣布罗马成为帝国的自由城，在教皇宣布将拿破仑革除教门之后又公然把教皇囚禁起来，关押在离热那亚不远的萨沃纳，后又转到枫丹白露继续幽禁，置于他的直接控制之下。这一大逆不道之举，立即激起各地天主教会的强烈愤慨，他们纷纷起而反对拿破仑，并转向支持波旁王室。即使是自己的亲朋好友，只要不合其心意，拿破仑也是同样的毫不留情，1810年，拿破仑将执行大陆封锁政策三心二意的路易·波拿巴赶下了荷兰国王的宝座，进而把荷兰强行并入法国，并严厉实行大陆封锁，这又使得依赖海外贸易的荷兰人大为不满。
对于拿破仑的横行霸道，欧洲可以说是已到了人神共愤的地步泥足巨人：西班牙的僵局正当拿破仑率领他的大军团同奥地利军队激战之时，伊比利亚半岛的战事却正向着不利于法国的方向发展。拿破仑在1809年1月离开西班牙之前曾指示苏尔特元帅，一旦英军从西班牙地区激走，他的军队就应从加利西亚人侵葡萄牙，重新占领波尔图和里斯本。维克多元帅的军队则应从西班牙西部临近葡萄牙的巴达霍斯而进，直趋里斯本，支援苏尔特。另一个师则应从萨拉曼卡向葡萄牙进发以配合这两支军队的行动。但实际执行的情况却并非如此，苏尔特的行动没有得到友军的支援和呼应，不过他最终克服了葡萄牙民兵的抵抗，于3月29日攻占了葡萄牙第二大海港城市波尔图拿破仑在东部战场取得埃克缪尔战役胜利的第三天，也就是1809年4月25日，阿瑟·韦尔斯利爵士率领一支英国生力军重新在里斯本登陆，从而扭转了半岛战争的形势，3星期以后他就把苏尔特指挥的法军彻底赶出了葡萄牙，进而在酉班牙军队的策应下打进西班牙境内。
内伊军团也在加利西亚地区被西班牙将军拉罗曼纳的军队所牵制，无法动弹。拿破仑在维也纳得知这，不利消息后，要求内伊、莫蒂埃和苏尔特的邹队合并成一个五六万人的军团，统归资历较深的苏尔特指挥，对英军穷追猛打，将其赶下大海。拿破仑确信只要打垮英军。就可结束西班牙的战事，同时他还告诫他们必须协同作战，不得分散兵力。但是，没等这个命令送到他们手中，7月28日，韦尔斯利的英军就在马德里西南不远的塔拉韦拉击败了维克多元帅和塞巴斯蒂亚尼将军的部队。此战的胜利使韦尔斯利得以晋封为威灵顿子爵。现在英军己深人西班牙腹地，对首都马德里造成了直接威胁，拿破仑在获悉第二个不利消息后，一气之下罢免了儒尔当由苏尔特取代他的位置。可是内伊不服，拒绝听从苏尔特的调遣，结果被调回巴黎。新来的圣西尔也未能实现拿破仑的期望，又被奥热罗替代，而后者同样毫无作为。儒尔当后来又被恢复了参谋长职务，苏尔特则被调去指挥在南面的安达卢西亚的法军。西班牙战场成了拿破仑的元帅葬送莫名的坟墓，战事久拖未决，25万法军因此陷人了持久消，耗破仑战帝的，泥潭。拿破仑对西班牙的形势极为不满，曾数次写信给约瑟夫和儒尔当，严厉斥责他们把西班牙搞得一团糟。
拿破仑一熨对他的将领控制太严，总是大权独揽，现在他尝到了自己酿成的苦酒，只要他不亲自出马，形势就很难乐观。在那么多元帅中间，能独当一面的实在是屈指可数，马塞纳曾经在1799年拯救过法国，达武也曾靠自己赢得奥尔施塔特战役，但其他人就不行了，离开了拿破仑的指挥，他们就表现不出任何军事才能。当拿破仑忙于对奥地利作战无暇兼顾西班牙战场的时候，他的战争机器便开始暴露出严重的缺陷。
在西班牙的那些元帅对他们名义上的总司令约瑟夫国王极为蔑视，他的参谋长懦尔当元帅也是无能之辈，而且地位比不L拉纳、内伊、苏尔特、莫蒂埃和维克多等人，连公爵也不是，因此根本指挥不动他们。西班牙是个多山地的国家，连绵起伏的山峦丘陵把这个国家分成了若千较为隔绝的地区，在这些地区驻防的几个元帅对马德里发来的命令置若周闻。更糟的是，他们还彼此嫉妒倾轧，缺乏相互合作，致使战局每况愈下。拿破仑自离开后再也没有回西班牙，他的遥控指挥也难以奏效，于是这种混乱的局面便一直延续下去，导致拿破仑始终未能完全征服伊比里亚半岛。
在签订肖恩布鲁恩和约结束对奥战争之后，拿破仑回到了巴黎。既然已从东部战场脱身，他现在就可以亲临西班牙坐镇指挥了，局势的恶化也使他感到必须尽快结束令人厌倦的半岛战争。如果他能早口将东线的大军主力调到西班牙并亲自指挥的话，他的目的恐怕早就实现了。1809年秋，由于西班牙军队抵挡不住法军的猛烈攻势而退却，孤立无援的威灵顿无法继续推进，被迫撤回葡萄牙。在拿破仑看来，威灵顿的3万英军加上数量相当的葡萄牙军队，怎么能抵挡得住他亲自统帅的20万大军呢？至于西班牙军队嘛，不过是群鸟合之众而已。拿破仑调兵遣将，准备在1810年1月向西班牙进军，发起新一轮攻势，贝蒂埃元帅已改任驻西班牙法军的参谋长，西班牙的命运似乎已经注定但是一桩重要事件的发生改变了历史的进程。在拿破仑居住于维也纳的肖恩布鲁恩宫期间，有一名年轻的萨克森极端主义分子曾企图行刺他。虽然刺杀未遂，但这使拿破仑突然想起自己还没有一个亲生子女作为他的合法继承人，在他身后无人能接管这份庞大的帝国遗产。拿破仑不想让他的帝国像亚历山大大帝的马其顿帝国以及查理大帝的法兰克帝国那样，在缔造者去世之后就分崩瓦解，但是由于约瑟芬皇后不能生育。他没有后嗣可以继承帝位，而他那些不争气的兄弟们又没有一个适宜做他的继承人。于是拿破仑决定同约瑟芬离婚—虽然他依然很爱她，另娶一位年轻的新娘以便给他生儿育女，约瑟芬虽然对此感到悲伤，但为了帝国的未来，还是同意了拿破仑的离婚要求。惟一的障碍去除了，12月15日，帝国大宰相康巴塞雷斯宣布了经法国立法院批准的离婚判决书，并由国家发给约瑟芬一笔200万法郎的赡养金，算是拿破仑看在当年的情分上所给的待遇补偿休妻容易娶妻难，要找一个门当户对的新娘可不是一件简单易行的事情。为维持其帝国的尊严现在只有具有高贵皇族血统的大国公主才配得上拿破仑。在当时的欧洲，除了敌对国家之外，只有俄国的罗曼诺夫工室和奥地利的哈布斯堡王室的成员才具备这一资格，新娘就从这两家中选择。抄皇亚历山大一世有两个妹妹，卡捷琳娜女大公和安娜女大公后者年方14，拿破仑先向沙皇提亲，想娶他妹妹中的任何一个，但是被怀有敌意的亚历山大拒绝了。于是拿破仑转向刚刚被他征服的维也纳，经过奥地利亲王施瓦岑贝格和外交大臣梅特涅的斡旋，奥皇弗兰西斯一世终于答应将他的大女儿—19岁的玛丽·路易莎女大公，嫁给拿破仑。1810年4月2日，拿破仑和玛丽·路易莎在巴黎宏伟壮丽的卢浮宫举行了隆重盛大的结婚典礼。与古老显赫的哈布斯堡皇族联姻，无疑给出身卑微的拿破仑家族增添了荣耀，拿破仑不仅给自己的脸上贴了金，也使他的帝国因此多了几分腐奥的封建气息。次年3月，新皇后果然争气，给拿破仑生了一个儿子，大喜过望的拿破仑给这孩子取名弗兰西斯·查理·约瑟夫，并授予“罗马王”的称号，狂妄之心，溢于言表。
新婚燕尔，加上喜得贵子，使得征服西班牙的计划在拿破仑的心目中一下子降到了次要地位，他也打消了御驾亲征的念头，改由他的代理人去完成使命。婚后两周，拿破仑组建了一支新的军团，用子重新征服葡萄牙，军团司令由他所器重的马塞纳元帅担仟，下辖雷尼耶将军的第二军、内伊元帅的第六军和朱诺将军的第八军。马塞纳此时已是年老体衰，健康状况不佳，他很勉强地接受了拿破仑的任命但是拿破仑又没有严令在西班牙掌握兵权的贝西埃尔、苏尔特、莫蒂埃等诸位元帅与他密切协同配合，结果马塞纳的使命又以失败告终。
9月27日，进人葡萄牙境内的马塞纳先在布萨库山岭吃了一次败仗，损失了近5000人，而威灵顿的军队损失仅为1200多人。此后马塞纳继续向里斯本进军，却又在离里斯本不远的托里什·韦德拉什被威灵顿精心部署的防线挡住去路。拿破仑忽视了对马塞纳军队的后方提供安全保降，结果久攻不下且补给不足的马寨纳军团被迫子1811年春撤出葡萄牙。英葡联军乘胜追人西班牙境内，马塞纳于1811年5月5日在富恩特斯·德奥尼奥罗再次被威灵顿击败。同年5月16口，苏尔特的2.4万法军也在阿尔布埃拉战役中被贝雷斯福德将军指挥的为数3.5万人的英西葡联军打败。法军一再受挫，在人力物力上蒙受了巨大损失，结果却是一无所获。半岛战争的形势由此急转直下，拿破仑亲手挑起的这场战争已经很难收场了、可悲的是，他并未因此吸取教训，相反却在酝酿发动一场更为可怕的战争灾难，而这一次他要拿他的伟大帝国和他的一世英名作赌注。
