内忧外患使清王朝处于生死存亡的时刻。为了自身的存在和发展，晚清统治集团不能不正视现实、痛定思痛，寻求新对策。对外，不惜以最大代价尽快结束战争，换取暂时的和平。面对残暴的侵略者，晚清统治集团深感无力抗衡，不得不屈从于列强的无理要求，不惜出卖大量权益进行妥协，迅速签订《北京条约》，以此为代价换取了中外关系的暂时缓和，使清王朝得到喘息。对内，尽可能维护和加强封建君主专制体制，维系封建统治集团内部的关系，巩固和加强国家机器的统治，由此导致了晚清政局的变化。
（一）总理衙门的建立
鸦片战争前，清政府认为同外国关系仅是“理藩而已，无所谓外交也”。外国使臣来华，都由理藩院或礼部接待。鸦片战争后，由两广总督专办与欧美国家的交涉，并赐予钦差大臣头衔，称为“五口通商大臣”。《天津条约》和《北京条约》相继签订后，各国相继在中国设立使馆、派驻使节。他们为控制清政府，不愿意以“蛮夷”的身份同带有封建衙门习气的清政府的外交机构“理藩院”打交道，同时认为地方总督无权处理涉外事务，多次要求建立专门机构。而清政府与英、法等国签订《北京条约》后，对外交涉事务增多。恭亲王奕、大学士桂良、户部左侍郎文祥等联名奏请在京师设立总理各国事务衙门，接管以往礼部和理藩院所执掌的对外事务。1861年1月20日咸丰帝批准成立总理各国事务衙门，简称“总理衙门”。
总理衙门是清政府为办洋务及外交事务而特设的中央机构。由亲王或军机大臣统领，并按军机处体例，设大臣、章京两级职官。总理衙门刚设立时，奕、桂良、文祥三人为大臣，此后人数略有增加，从七八人至十多人不等，其中奕任职时间长达28年之久。总理衙门主管外交、通商及其他洋务事宜，它下设英国、法国、俄国、美国、海防五股，同文馆和海关总税务司署是其附属机构。还管辖南洋通商大臣和北洋通商大臣，选派出国公使等，也有自己的银库。其中，英国股主办与英国、奥地利两国交涉事务，兼办各口通商及各关税事务等事；法国股主办与法国、荷兰、西班牙、巴西四国交涉事务，兼办管理保护教民及招用华工等事；俄国股主办与俄国、日本两国交涉事务，兼办陆路通商、边防疆界、外交礼仪、本衙门官员的考试任免、经费开支等事；美国股主办与美国、德国、秘鲁、意大利、瑞典、挪威、比利时、丹麦、葡萄牙交涉事务，兼管海防设埔、保护华工等事；海防股主办南北洋海防，包括长江水师 、北洋海军、沿海炮台、船厂以及购置轮船、枪械、制造机器和置办电线、铁路、矿务等事。中日甲午战争后改名日本股。总理衙门最初主持外交与通商事务，后来涉及外交及与外国有关的财政、关税、军事、教育、矿务、交通、邮电、同文馆等，无不归该衙门管辖。总理衙门存在了40年，直到公元1901年光绪（二十七年），据清政府与列强签订的《辛丑条约》规定，总理衙门改为外务部，但在六部中地位仍是最高的。
总理衙门记录了19世纪末日薄西山的大清帝国与欧美各列强进行外交周旋的全部过程。特别是改名为外交部后，其具体职责基本相同，但已经成为晚清政府最重要的决策机构之一。在总理衙门之下，分设北洋、南洋通商大臣，南北洋大臣为专职，在业务上是相对独立的，与总理衙门的关系是平行的，兼办海防和其他洋务。在遇到疑难问题时，可与总理衙门协商，由总理衙门备顾问并代奏朝廷。随后，正式成立总税司署，由英国人李泰国为总税务司。总税务司掌管了中国海关的业务和人事大权。1863年李泰国离任回国，由英人赫德继任达40多年。从某种程度上讲，总理衙门的成立是洋务运动开始的更重要标志。此后，列强从自身利益出发，改变对华策略，由“打”变“拉”——有的馈赠洋枪洋炮，有的愿派教官帮助训练清军，有的甚至要主动出师帮助清廷剿杀太平军，企图用各种手段扶持这个摇摇欲坠的反动政权以使刚刚签订的条约尽快得到兑现。清王朝则批准由奕代表总理衙门提出的“外敦信睦而隐示羁縻”的方针，力图“以和好为权宜，战守为实事”，利用暂时和缓的国际环境加强抵御外侮的力量。
（二）辛酉政变
第二次鸦片战争刚结束，1861年8月咸丰帝病死在热河，他的妃子那拉氏（慈禧）勾结恭亲王奕等人在英国驻北京公使的支持下，密谋策划，发动了辛酉政变，夺取了清政府的最高权力。从此，在那拉氏垂帘听政的近半个世纪里，由于她执行了“量中华之物力，结与国之欢心”的卖国路线，使中国越来越深地陷入灾难重重的黑暗深渊。
辛酉政变是清朝最高统治集团的政治斗争，其结果使得清政府的权力格局发生了重大变化。咸丰帝在位时，咸丰帝与其弟恭亲王奕，因皇位继承问题，彼此不和。奕遭到罢斥， 咸丰帝转而重用肃顺。肃顺精明强干，但为人专横跋扈，排斥异己，权欲很强，他与怡亲王载垣、郑亲王端华等人结党操纵朝政。肃顺等人常以除弊为名，屡兴大狱，株连百官，结果不仅未能制止官场上的腐败现象，反而闹得众怨鼎沸、人人自危，使自己处于孤立的境地。奕被咸丰帝调离军机处回上书房读书，几乎断绝了其在政治上发展的可能。
1860 年 9 月当英法联军攻陷北京之际，咸丰帝在出奔热河前，任命奕为钦差大臣，见机行事，负责和列强谈判。这似乎恢复了奕的政治地位，给人委以重任的印象。但事实上，奕在北京主持政务，不但受到排挤，更像咸丰帝抛弃其他臣民一样，将自己的弟弟——长期以来的一个潜在对手，留给洋人处理了。但后果竟事与愿违，随着客观形势的变化及奕的政治才能发挥，他不仅成功地完成了与列强的谈判，而且赢得了留守京城的王公大臣（如大学士桂良、协办大学士、户部尚书周祖培、吏部尚书全庆及潘祖荫、宋晋等人）及僧格林沁、胜保等统兵大员的好感，树立起自己的威信。通过签订《北京条约》和处理一系列善后事项， 奕开阔了眼界，改变了“华夷”等传统僵化的观念，也因而获得了外国人的好感。英法联军撤出北京后，奕等人一再奏请咸丰帝回京，肃顺等人却极力阻挠。这样，在清朝中央实已形成了热河和北京两个权力中心。
1861 年 8 月 22 日，咸丰帝病逝，年仅 6 岁的皇子载淳继位，改年号为“祺祥”。 咸丰帝留下遗诏：命载垣、端华、肃顺、景寿、穆荫、匡源、杜瀚、焦佑瀛八人为顾命大臣，总摄朝政，辅佐幼小的皇帝。八大臣执政完全把留守北京的奕排斥在外，又不许慈禧太后干预政事，终使清朝最高统治集团内部的权力斗争激化起来。慈禧是一个权力欲极强的女人，想乘载淳年幼夺取最高权力，她把东宫太后慈安拉到自己一边，又暗中联络在京的奕。奕在取得外国势力的支持后，借奔丧之名，前往热河，与慈禧密谋政变，而后又立即返京进行布置。在两宫太后的催促下，八大臣被迫同意带着咸丰灵柩回北京。10月26日，两宫太后带着小皇帝载淳启程回京，肃顺护送咸丰帝灵柩在后。11月1日慈禧等人抵京。次日即发动政变，八大臣在政变中失去了一切。载垣、端华被赐死，肃顺被处斩立决，至于景寿等五人被革职。而八大臣的心腹一大批中央政府官员被革职。同时，宣布“两太后垂帘听政”，命奕为议政王，掌管军机处。桂良、文祥、沈兆霖，宝鋆、曹毓瑛等人也被任命为军机大臣。这一政变因发生在农历辛酉年，因此被称为“辛酉政变”，也称“北京政变”或“祺祥政变”。而后又改年号“祺祥”为“同治”（同治年号的来历，有两种说法：一是取开国祖宗“顺治”年号，以示吉利；二是说两宫太后共同治理天下，或者说是母子共同掌权）。
辛酉政变是一场由清王朝内外矛盾的激化和最高统治层内权力斗争而演变成的宫廷政变。政变者由于得到多数文武大臣的支持，又采取了不株连的明智政策，在政局没有发生重大动荡的情况下完成了权力的移交。慈禧、奕上台后，继续依赖曾国藩的湘军镇压太平天国。在对外问题上，她（他）们改变了道、咸两朝和战不定、疑惧重重的政策，实行以和为主、保持中外“和局”的新政策。慈禧在处死载垣等人时，特别把“不能尽心和议” 列为罪状，显然意在讨好外国侵略者。西方列强对政变的结果表示满意。英国公使普鲁斯向国内报告说：这次政变的结果对我们英国十分有利。英国在中国办的《北华捷报》也写道：“我们要比以往任何时期都更有必要去支持帝国的现存政府。”辛酉政变的全过程充斥着宫廷阴谋与统治者对权力再分配的欲望。但是，实质上是新兴政治集团对顽固守旧力量的胜利。“辛酉政变”后，慈禧太后夺取了清政府的最高统治权力。从那时起，她统治中国达半个世纪之久。恭亲王奕在政变中起了至为重要的作用，政变成功后，奕成为议政王大臣并掌管军机处、总理各国事务衙门、内务府、宗人府等要害部门的实权，在中央政权中发展起自己的势力，逐渐成为清政府的决策人物。清政府中央权力结构的这一变化，对中国的政治格局产生的重大影响，清王朝实现了与西方列强的“合作”。
（三）“借师助剿”
1861 年下半年发生了四件大事。8 月22 日咸丰帝病死，9 月5 日湘军攻陷安庆，11 月2 日北京辛酉（祺祥）政变，12月9 日太平军攻占宁波。它们像催化剂一样，促使了影响晚清政局的重要事件“借师助剿”的实现。咸丰帝作为清王朝最高统治者，他对西方的态度是和战不定。咸丰帝曾在相关奏折中批示，借助西方蛮夷各国力量剿灭太平天国这些匪寇，会有太多的弊病，千万不能贪图眼前的一时之利，而结果是后患无穷。他所信任的肃顺集团对外国侵略者也心存疑忌。咸丰帝之死和辛酉政变消灭了肃顺集团，就排除了“借师助剿”的一大阻力。
辛酉政变成就了慈禧－奕的权力组合，让“万国友人”感到放心和满意，因为新一届大清帝国中央政府非常乐意与他们合作。政变后，奕和慈禧向外国侵略者表现出非常明显的“友好”姿态。对此，上海《北华捷报》预言：“有利于外国在华权益的恭亲王掌握权力，我们有充分理由相信，不久，外国的代表将对北京政府发挥较大的影响。”新的当政者一上台，立即授权曾国藩统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，并于1862年2月颁发“借师助剿”上谕。其实早在《北京条约》订立时，法、俄两国首先提出帮助清政府镇压太平天国的建议。法国专使葛罗表示：“所有该国停泊各港口之船只兵丁悉听调遣”。俄使伊格那提也夫面见奕表示为镇压南方太平军，请清军从陆路进攻，“该国拨兵三四百名在水路会击，必可得手”。接着俄国把以前答应送给清政府的一万支枪、若干门炮运到中国。早在1854年就狂言“剿贼自任”的美国，现在则积极要求为清军运送漕粮。关于是否借用外兵问题，清廷进行了几次讨论，少数人反对，奕等多数官僚表示欢迎“中外同心以灭贼为志”。与此同时，汇集在上海的买办官僚、大地主、大商人如吴煦、杨坊等，则加紧活动，支持洋人组织洋枪队。
“借师助剿”政策最积极的履行者是从曾国藩幕僚中脱颖而出、组织淮军的新任江苏巡抚李鸿章，也是最富有成果、得实惠最多的地方大员。 1862年4月，李鸿章被朝廷调派去保卫上海，他与英法组成“中外会防局” ，决定上海由洋人防守，得到清政府的批准。李鸿章得到了洋人的财力和军事支持，英国人和法国人甚至组建了数千人的“常胜军”之类的雇佣军队伍赞助他建功立业。俄国也给清廷送来50门大炮和1万支枪，并直接派兵拦截进攻上海的太平军。各国“洋枪队”也鼎力相助，“借师助剿”成为清政府的国策。
