道教对佛教也有广泛而深刻的影响，如明代四大高僧之一的祩宏、另一个高僧德清均受道教影响，盛倡三教一家。德清还著有《道德经注》、《观老庄影响说》、《庄子内篇注》等。道教思想对晚明社会思潮中重个体、求自由的启蒙思想的形成，对重博物、求实证的理性主义思想的形成都有比较大的贡献。还有一些知识分子直接参与了对道教的发展。他们所作的工作主要是个体修炼方面，重在丹法。
明代晚期，由于社会动荡混乱，战火纷飞，民不聊生，民间产生了数十种秘密宗教，例如罗祖教、黄天教、三一教、红阳教、混元教、闻香教、西大乘教、龙天门教、圆顿教、收元教等。入清之后，民间宗教更多达二百种以上，大的就有八卦教、一柱香教、青莲教、金丹教、黄崖教、刘门教、真空教、三一教等等。这些民间秘密宗教创建时往往把道教作为一个重要的思想资源，例如黄天教倡言劫变的思想就是来源于道教，八卦教的命名就与道教易学有关。其它民间宗教也吸收了不少道教义理，其布教方式、斋戒仪规等方面也多与道教的神道设教之术有类似之处。此外，这些民间宗教多修炼内丹，如黄天教说：“还丹一粒，神鬼难知，超凡人圣机，包裹天地”（《普明如来无为了义宝卷》）。红阳教可以说是道教的一个支派。它尊混元老祖为最高神，老子被尊为“老君圣人”。它很重视斋醮祈禳。总之，民间宗教的勃兴可以说是道教在民间的再兴，或者说是民间道教的复兴。
明代，道教对民间文学、戏曲和小说的影响比元代更大。八仙故事流传很广，演说吕洞宾点化度人的杂剧至少有十一种之多，著名的有《吕洞宾三度城南柳》、《吕洞宾戏白牡丹》等。此外还有演说铁拐李、韩湘子、蓝采和的，还有八仙全体出场的《八仙过海》、《八仙庆寿》等等。张天师、许逊、孙思邈、王重阳、丘处机、萨守坚等道士也被搬上了舞台。充满道教内容的神魔小说也如雨后春笋般大量涌现出来，如《封神演义》、《西游记》、《东游记》、《北游记》、《南游记》等等，《水浒传》、《三国演义》、《红楼梦》等长篇小说也深受道教内丹学影响。道教音乐这时随着道士成为执祀人员而登上大雅之堂，成为国家祭祀的主体音乐。一些乐曲深受道教影响，如《八极游》、《洞天春晓》（删节本即《岳阳三醉》）等。
绘画方面，四十三代天师张宇初、四十四代天师张宇清、四十七代天师张玄庆都是有名的画家，道士冷歉、吴伯理也有很好的画作流传于世。戴进（1388～1462年）、沈周（1427～1509年）、倪端等有名的画家也深受道教思想影响。
自此玄言绝，长应闭洞门
——道教的衰落
明代中期以后，道教开始步人全面衰落时期。全真教在明代不受官方重视，正一道固然受尊宠，但上层道士养尊处优，生活糜烂，腐化堕落，带动了道教戒律松驰，品行卑劣，或者依靠道观的田产和香火收入谋生，不把道教义理的学习、创新和道术水平的提高放在首位，这导致道士的素质比此前有了明显的衰退。
清代道教势力单薄，组织松驰，系统的教义无人继承，道术流于歧途和浅陋。
道教的衰颓，其实并不是从明代中期开始。早在1258年，以少林寺长老福裕为首的佛教徒在元大都的辩论中战胜了以张志敬为首的道教徒，道士被勒令落发为僧，一部分被改为道观的佛寺得以恢复，一部分道经被焚毁。1281年，正一天师张宗演、全真教首领祈志诚、大道教首领李德和在长春宫又与佛教徒再次展开论战，依然以失败告终，一部分道经再次被迫焚毁。这固然有佛教排挤、官方在一定程度上袒护佛教的缘故，但道教两次辩论不能取胜本身就说明了这时的道教在哲理、义理方面已经出现了停滞的迹象。道教上层人物“冠之以宝冠，荐之以玉畦，被之以锦服”（《牧庵集》卷十一《长春宫碑》），既不可能继续高谈苦行危节、清心寡欲，也失去了往昔的高雅、萧洒、超脱的形象，更为重要的是，他们再也没有发展道教理论的动力。这时的全真教总体来看已经开始衰落，它的影响大体上只限于内丹修炼，但这是个体修炼的私人活动，在民间的家庭生活中就可以进行，不容易变成一种社会活动。以忠孝为口号的净明教这时也衰落了，统治者和士大夫更感兴趣的是理学，而不是这种粗俗的东西。剩下的只有正一教还在依靠官方的支持而惨淡经营，但也因为不注重义理的创新和道术水平的提高而逐步暴露出衰败的迹象。何况，在思想意识方面，统治者这时更看重的并不是道教、佛教，而是与社会、政治最切近，对维护社会、政治秩序最有用的以朱熹哲学为代表的程朱理学。
朱熹对他身后的道教的影响，不仅表现在道教教团组织和道教学者对朱熹个人的推崇，而且广泛而深刻地影响到道教义理的各个方面。道教人物推崇朱熹，固然与朱熹思想在后期中国社会中的地位有关，企图攀附理学而弘倡道教。但更主要的是因为朱熹思想与道教有本质上的共通之处。
朱熹把道教的《太极图》从深山洞府中搬进了孔庙的殿堂，把《先天图》赫然列于六经之首的《周易》的前面，奠定了其思想实质有与道教相通之处的基础。朱熹的许多思想本身就来源于道家、道教，经过他的改造后仍然与道家、道教哲学相通之处甚多，在一定意义上可以说，道家、道教哲学的精义已被朱熹纳入其体系中作了融贯统铸的工作，从而把它们升华到了一个更高的层次。所以，朱熹身后的理学家不再如宋儒一样遮遮掩掩，而是直接公开地用道家、道教思想阐述理学思想，如真德秀、娄谅（号一斋）、王阳明等。这个共同点也使得道教援引理学作论证，几如顺手牵来，如取己物。道教哲学之所以在宋末至元代中期这一段时间迅速完成了由心性自然论向心性境界论的转变，从而在理论上达到完全成熟，在义理上达到最高峰，与朱熹哲学纳道入儒并建构了集儒道两家思想精华之大成的庞大体系并非没有关系。与道士相比，朱熹不可谓不是专业的哲学家。朱熹哲学在形而上的层次既来源于道家、道教，又远远超越了道家、道教。道教在短时间之内不可能在形而上的思辩方面超过朱熹哲学，因而它们只能吸收、借鉴、改造朱熹哲学并使之与自己的个体修炼活动相适应，把本体、本源改造为修炼的终极目标和最高的理想境界，把朱熹哲学中存天理灭人欲等功夫信念和遵循人伦礼法规范等功夫论的具体内容与道教的修炼活动结合在一起，并改造为道教徒追求理想境界的应用理论和实践操作的规范。这样移植的结果，在理论体系上并没有太多的创新，也就不可能超越朱熹哲学。
实际上，宋代以后道教大量容纳朱熹理学思想说明，宋代以后道家、道教思想已呈现出总体上的衰落景象，新思想、新理论的诞生已不可与隋唐时期比拟。道教的根本是进行修炼，目的是得道成仙，探讨理论问题仅仅是为了信己信人，是手段，不是目的。何况，修炼主要是技术问题，理论固然有指导的作用，但毕竟是第二位的，所以，道教虽然可以在种种问题的解答上冒出智慧的思想火花，但始终难于形成纯粹的集大成的思想体系。所以，在一定意义上，可以断言，宋代以后道教义理思想的总体衰落，朱熹哲学基本上把道家、道教的内核包融进来而在社会上占据显赫地位，是一个主要原因。
为了生存和发展，道教学者们所能做的，就是道教的普及工作。这固然扩大了道教在社会上的影响，但也导致更为严重的道教生存的危机，因为这把道教建设的重点由人文性的玄道方面转变到了道术——科学性、技术性的内丹修炼——方面了。道教本身所含有的科学精神与其根本性的人文精神之间，虽然在一定程度上可以统一起来，但相互之间的差距也是本质性的。就命的修炼而言，道术修炼所能达到的具体效果在特定历史条件下首先取决于对人体生理、心理的研究和认识所达到的程度，其次取决于个体的生活方式和生存的样态。世俗化的加深无疑增加了内丹修炼的难度，降低了修炼达到目标的速度。就性的修炼而言，世俗生活无疑也增加了炼心复性成道的修炼难度。这两方面的合力使得个体的具体修炼所获得的成效与道教理论所揭示的修炼的理想目标之间的差距被大大凸显出来，从而使得道教对普通大众的实际影响力反而被削弱了。道教义理的发展早已出现的停滞局面无力扭转，这些问题也就没有获得解决。
这一时期，道教基本上只是对前人的工作做一些修修补补，抱残守缺。谈论哲理，他们没有超过禅宗；谈论伦理，他们没有超过理学。斋醮方术，这时的佛教也从道教那里学会了不少，几乎可以与道教平分秋色。
更何况，在理性主义思潮在明清时已逐步上升的情况下，正一教依然不识时务地靠符箓斋醮、厌禳祈祷、巫仪方术等等求得统治者的保护和支持，求得老百姓的信仰，就必然要走向失败。朱元璋就借口元人“不知义理”，“天何有师”的理由取消了“天师”称号，只给了龙虎山张正常一个二品正一嗣教真人的称号，还对妄传“太白神”等现象表示鄙夷：“此妄诞不可信，……今后凡事涉怪诞者勿以闻。”（《涌幢小品》卷1）后来的永乐皇帝朱棣虽然曾经在武当山大兴土木，但那主要是因为怀疑被他夺取权位的建文皇帝躲在山里而企图借机搜寻的缘故。对于道教，他说过：“人能清心寡欲，使气和体平，疚疾自少。如神仙家说吐纳导引，亦只可少病，岂有长生不死之理！”（《大政记》，《古今图书集成》神异典卷二一五引）
永乐十五年（1417年），有道士进丹药及方书时，他怒斥说：“此妖人也！
秦皇汉武一生为方士所欺，求长生不死之药，此又欲欺朕，朕无所用。金丹令自服之，方书亦与毁之，毋令别欺人也。”（《明通记》）明代中期以后，膨胀得无以复加的君主专制中央集权的政治体制，哪里还容得下道教政治哲学的那一套说教？道教的王道之术没有用武之地，伦理之术也蜕化得面目全非。明代末年以后，商品经济得到了迅速的发展，市民阶层崛起，资本主义萌芽出现了，以李贽、黄宗羲等为代表的士大夫阶层的异端思潮喷涌潮动，山雨欲来风满楼，新的社会、政治秩序已经处于酝酿过程中而有待爆发。道教却没有如往常王朝交替，社会动乱时期一样为新的社会、政治秩序的出现而奔走呼号，发挥自己本有的活力，却成了维护旧秩序的帮凶，如《十戒功过格》甚至把反映市民阶层人生哲学和审美情趣的小说、戏曲视为恶而予以嚣张的讨伐。清代，道教同样发挥着维护腐朽的君主专制中央集权，维护旧的社会伦理秩序的作用。道教强调人通过与鬼神的感应，“因人所感之善恶而天随应之以祸福”，可以“令村童野叟狰狞贪昧之夫，闻之心怖而却走，诵之口讷而舌咋”，比儒家、佛教更有力量，“谓人纵不畏王法，未有不畏鬼神者”（朱律九注《太上感应篇》）。
剩下的只有斋醮科仪之术。
斋醮科仪之术最容易得到统治者的支持，因为渗透于斋醮科仪中的是人神沟通所需要的道德规范和戒律。道教的道德规范本来就与儒家的大同小异，戒律也是以儒家伦理规范为实质，戒律的实践活动当然也就容易得到统治者的支持。但斋醮科仪对社会教化的作用毕竟有限。统治者的支持当然也就有限。何况，在明代中期以后，社会理性主义思潮高涨，求真知，重实证，成为人们的普遍观念。道教的斋醮科仪之术本来就基本上是自欺欺人的把戏，在这样的社会环境中生存都难以为继，更惶论有进一步的发展。
随着世俗化的加深，道教在实践操作上与中医药、武术更加紧密地结合、融合起来，相互之间的界限变得日益模糊，表面上道教势力在向社会基层扩散，实际上是道教的社会影响力衰落的表现。道教教团势力日渐衰弱，道教作为官方意识形态的合理性在整个社会理性主义趋势增强，社会的政治、经济状况发生变化的条件下也开始在风雨飘摇之中摇摇欲坠，日趋衰落下去。这导致道教在元代的短暂辉煌之后于明代中后期出现总体上衰落的迹象，到清代道光年间则被赶出朝廷，与政治完全隔绝。道教的地位和价值也就由信仰、意识形态逐步转化为知识形态的一种。正如康熙有诗说：“颓波日下岂能回，二化子今自可哀，何义辟邪犹泥古，留资画景与诗材。”（《清朝野史大观》卷十一）
外丹烧炼在明代中期以后已经几乎绝迹。宋代以来的大量事实也证明，内丹修炼虽然能够治疗一些疾病，强身健体，在一定条件下出现一些特异功能，提高人的品性涵养水平和精神境界，但肉体成仙不死则断断不可能。就这个终极目标而言，内丹术也失败了。
符箓祈禳虽然通过心理暗示等手段，能够舒缓心理紧张，作为辅助手段对治疗一些心痼性疾病会有一定的效果，但要说它能包医百病，那也只是天方夜谭。永徽四年（653年），唐政府就下令禁止道士、女冠、僧尼为人疗疾，违者重治其罪。此后历代基本上都有与此相似的政策。这原因就是这些道教、佛教徒的符箓祈禳之术不灵，误人性命。至于说役使鬼神、劾潮驱蝗、解除自然灾害等功能，那是彻头彻尾的谎言，偶然的应验也只是瞎猫碰上死耗子。
